分子認識能を持つDNAを利用した遺伝子多型の組合せ解析法の開発

2008 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 18750066
• Research Institution: Tokyo University of Technology
• Principal Investigator: 加藤 輝 Tokyo University of Technology, 応用生物学部, 講師 (00367195)
• Keywords: 遺伝子 / 核酸 / 臨床検査 / ハプロタイプ / 遺伝子多型 / 一塩基多型 / SNPs

Research Abstract

今年度は,実用的なハプロタイプ解析法の確立に向けて, ヒトゲノムを用いたβ2-アドレナリン受容体(β2-AR)遺伝子のハプロタイプ解析を行った。β2-AR遺伝子の3つのヘテロ接合をしているSNPs(SNP-654, SNP46, SNP252)を含む1444塩基のDNA断片を標的DNAとして用いた。これら3つのヘテロ接合しているSNPsの解析だけでは,ハプロタイプペア4/6またはハプロタイプペア8/11を判別することはできない。そこで, SNP-654周辺に, SNP-654がGのときにフルマッチThree-way junction(TWJ)を形成するDNAプローブを結合させ, このフルマッチTWJとコール酸の親和性を利用してコール酸固定化カラムによる対立遺伝子の分離を行った。さらに, 分離した対立遺伝子の他の2つのSNP(SNP46, SNP252)をDNAシーケンサーで解析した。その結果, 一方の対立遺伝子がハプロタイプ6であり, 本実験に用いたヒトゲノムはハプロタイプペア4/6を持っていることが分かった。この結果は, サブクローニング後の塩基配列解析によるハプロタイプ解析結果と一致していた。以上より, DNAの分岐構造とコール酸の特異的結合を利用し, ヘテロ接合している1対の対立遺伝子を1444塩基中の1つの塩基の違いに基づいて分離することに成功した。さらに, 薬剤の感受性研究に非常に重要であるが,SNPs解析だけでは決定できない, β_2-AR遺伝子のハプロタイプを従来より簡便に解析する方法を確立した。