2006 Fiscal Year Annual Research Report
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18790008
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| Research Institution | University of Toyama |
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Principal Investigator |
朱 しゅう 富山大学, 和漢医薬学総合研究所, 助手 (20377360)
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| Keywords | 人参類 / 遺伝子多型 / 同定 / DNAマイクロアレイ / 18S rRNA遺伝子 / SNPs解析 / 標準化 |
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| Research Abstract |
1.18S rRNA遺伝子の塩基配列に基づいたDNAマイクロアレイ試作品の作製
(1)Panax属13分類群の18S rRNA遺伝子の塩基配列に基づいて40種類の合成オリゴを作製し、460スポット/スライド(5つのサブアレイを2組)の人参類同定用DNAマイクロアレイの試作品を作製した。
(2)Panax ginseng、P.quinquefolius、P.notoginseng、P.japonicus(Japan)、P.japonicus(China)、P.stipuleanatus、P.pseudoginsengなど10種から得られたDNAを鋳型として18S rRNA遺伝子の部分領域を増幅したPCR産物を蛍光ラベルし、それらをプローブとして、様々な条件下でDNAマイクロアレイにハイブリダイズさせて、蛍光強度を測定した。
(3)合成オリゴの長さやTm値、及び配列の方向による影響を検討し、最適値を見出した。また、蛍光プローブをDNAマイクロアレイにハイブリダイズさせる際の最適温度を見出した。
(4)試作品での基礎検討を踏まえ、欠点が見つかった合成オリゴについて再度設計し直し、また検出の利便性を考え、DNAマイクロアレイ上のターゲットの配置を変え、新たに改良版を設計、作製した。現在、Panax属各種由来のプローブを用いた検証実験を行っている。
2.SNPs解析(一塩基伸長反応)
Panax属植物のmatK遺伝子の塩基配列に基づいて、9箇所の塩基置換を同時に検出できる、長さの異なる8種類のプライマーを設計、作製した。これらから構成された同定用プライマーセットを用いて一塩基伸長反応を行うことにより、Panax属13分類群は5グループに分けられ、さらにP.quinquefolius、P.notoginseng、P.vietnamensis、P.zingiberensisなどの6分類群が同定できた。
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