• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2007 Fiscal Year Annual Research Report

生体内代謝産物をモニターする転写制御機構の構造基盤

Research Project

Project/Area Number 18GS0316
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

森川 耿右  Osaka University, 蛋白質研究所, 寄附研究部門教授 (80012665)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 村山 明子  筑波大学, 生命環境学研究科, 講師 (50431656)
楯 真一  広島大学, 理学研究科, 教授 (20216998)
大山 拓次  大阪大学, 蛋白質研究所, 寄附研究部門助教 (60423133)
白木 琢磨  大阪大学, 蛋白質研究所, 寄附研究部門助教 (10311747)
Keywords脂肪酸 / 転写制御 / 核内受容体
Research Abstract

本研究では、核内受容体を中心とする生体内代謝産物のモニター機構という観点から、転写制御を介した生体恒常性維持機構の研究を進めている。申請の年次計画に従い、1)脂質代謝物に含まれる核内受容体リガンドの同定と構造解析、2)生体内代謝産物の構造モチーフのカタログ化、3)核内受容体共役因子の同定と解析、4)転写調節因子に制御される転写ネットワークの解析を行った。
1)核内受容体による内在性リガンドの認識機構を解析し、リガンドとして機能する不飽和脂肪酸に含まれる化学構造(結合ユニット)を同定した。脂肪酸・核内受容体複合体のX線結晶解析の結果、核内受容体による結合ユニットの認識機構、および結合に伴う活性化機構の構造基盤を明らかにした。
2)データベースから核内受容体に結合する生体内代謝産物を網羅的に収集し、その結合蛋白質の立体構造から生体内代謝産物の認識に関わる構造情報を抽出した。現在抽出された情報について共通性、特異性の有無について検討している。
3)核内受容による転写調節機構を明らかにするために、核内受容体に結合する共役因子を新たに同定した。NMR解析によりその結合様式を検討した結果、核内受容体の修飾依存性の認識機構が明らかとなった。現在、この共役因子に含まれる酵素活性ドメインの機能が相互作用により制御される機構を解析している。
4)培養細胞を用いたプロテオミクス解析で、ヒストンテールの修飾を認識する新たな核内蛋白質を同定した。siRNAによるノックダウン実験により、細胞内の代謝に関わる遺伝子群がこの転写制御因子で発現制御されていることを明らかにした。

  • Research Products

    (33 results)

All 2008 2007

All Journal Article (16 results) (of which Peer Reviewed: 15 results) Presentation (15 results) Book (2 results)

  • [Journal Article] Structural insights into the PIP2 recognition by syntenin-1 PDZ domain2008

    • Author(s)
      Sugi, T.
    • Journal Title

      Biochem. Biophys. Res. Commun. 366

      Pages: 373-378

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Electron microscopic single particle analysis of a tetrameric RuvA/RuvB/Holliday junction DNA complex2008

    • Author(s)
      Mayanagi, K.
    • Journal Title

      Biochem. Biophys. Res. Commun. 365

      Pages: 273-278

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Functional significance of octameric RuvA for a branch migration complex from Thermus thermophilus2008

    • Author(s)
      Fujiwara, Y.
    • Journal Title

      Biochem. Biophys. Res. Commun. 366

      Pages: 426-431

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Anisotropic Nuclear Spin Interactions for the Morphology Analysis of Proteins in Solution by NMR Spectroscopy2008

    • Author(s)
      S. Tate
    • Journal Title

      Anal. Sci 24

      Pages: 39-49

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] タンパク質構造の「揺らぎ」を捉える新しいNMR構造解析技術2008

    • Author(s)
      楯 真一
    • Journal Title

      化学と工業 61(In press)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Epigenetic control of rDNA loci in response to intracellular energy.2008

    • Author(s)
      Murayama, A.
    • Journal Title

      Cell (in press)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystal structures of autoinhibitory PDZ domain of Tamalin: implications for metabotropic glutamate receptor trafficking regulation.2007

    • Author(s)
      Sugi, T.
    • Journal Title

      EMBO J. 26

      Pages: 2192-2205

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structures of the extracellular regions of the group II/III metabotropic glutamate receptors2007

    • Author(s)
      Muto, T.
    • Journal Title

      PNAS 104

      Pages: 3759-3764

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Expression, purification, crystallization and preliminary X-ray analysis of the ligand-binding domain of metabotropic glutamate receptor 7.2007

    • Author(s)
      Muto, T.
    • Journal Title

      Acta. Crystallogr. Sect. F 63

      Pages: 627-630

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystallization and preliminary crystallographic study of DNA polymerase from Pyrococcus furiosus2007

    • Author(s)
      Nishida, H.
    • Journal Title

      Protein and Peptide Letters 14

      Pages: 403-405

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Activation mechanism of PPARg by its endogenous ligands.2007

    • Author(s)
      Shiraki, T.
    • Journal Title

      生化学 79

      Pages: 960-964

  • [Journal Article] Tautomerism of Histidine 64 Associated with Proton Transfer in Catalysis of Carbonic Anhydrase2007

    • Author(s)
      H. Shimahara
    • Journal Title

      J. Biol. Chem. 282

      Pages: 9649-9656

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Chimeric Structural Stabilities in the Coiled-Coil Structure of the NECK Domain in Human Lectin-Like Oxidized Low-Density Lipoprotein Receptor 1 (LOX-1)2007

    • Author(s)
      T. Ishigaki
    • Journal Title

      J. Biochem. 141

      Pages: 855-866

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Oxidized low-density lipoprotein receptor, LOX-1, on the endothelial cell-The receptor structure and functions of LOX-1 in atherogenesis2007

    • Author(s)
      S. Tate
    • Journal Title

      J. Biol. Macromol 7

      Pages: 11-22

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Analysis of the role of Aurora B on the chromosomal targeting of condensin I.2007

    • Author(s)
      Takemoto A.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res 35

      Pages: 2403-2412

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 1α, 25 (OH)_2D_3-Induced Transrepression by Vitamin D Receptor through E-Box-Type Elements in the Human Parathyroid Hormone Gene Promoter2007

    • Author(s)
      Kim M.
    • Journal Title

      Mol Endocrinol 21

      Pages: 334-342

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 新規核小体複合体eNoSCによるエピジェネティックなrRNA転写抑制機構とその意義2008

    • Author(s)
      村山明子
    • Organizer
      08'遺伝情報DECODE・冬のワークショップ
    • Place of Presentation
      新潟県南魚沼郡
    • Year and Date
      2008-01-22
  • [Presentation] 新規転写抑制複合体eNoSCによるrRNA転写制御機構と生理的意義2008

    • Author(s)
      村山明子
    • Organizer
      08'遺伝情報DECODE・冬のワークショップ
    • Place of Presentation
      新潟県南魚沼郡
    • Year and Date
      2008-01-22
  • [Presentation] 新規核小体転写抑制因子NucleomethylinによるDNAメチル化制御機構2008

    • Author(s)
      村山明子
    • Organizer
      08'遺伝情報DECODE・冬のワークショップ
    • Place of Presentation
      新潟県南魚沼郡
    • Year and Date
      2008-01-22
  • [Presentation] DNA ligase/PCNA/DNA複合体の単粒子解析2007

    • Author(s)
      森川耿右
    • Organizer
      日本生物物理学会第45回年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2007-12-22
  • [Presentation] PCNAを中心としたDNA複製装置複合体の形成と再編に関する研究2007

    • Author(s)
      森川耿右
    • Organizer
      生体超分子構造 公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      大阪
    • Year and Date
      2007-12-18
  • [Presentation] Visualization of intrinsically disordered regions of protein by high-speed atomic force microscopy2007

    • Author(s)
      森川耿右
    • Organizer
      日本生物物理学会第45回年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2007-12-13
  • [Presentation] 新規核小体タンパク質NMLによるrRNA転写抑制の生理学的意義2007

    • Author(s)
      村山明子
    • Organizer
      第30回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2007-12-12
  • [Presentation] 新規核小体因子NucleomethylinによるrRNA転写抑制機構2007

    • Author(s)
      村山明子
    • Organizer
      第30回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2007-12-12
  • [Presentation] 大腸菌ジヒドロ葉酸還元酵素のループ部欠失変異体の構造安定性と機能2007

    • Author(s)
      楯 真一
    • Organizer
      日本生物高分子学会2007年度大会
    • Place of Presentation
      下関
    • Year and Date
      2007-10-19
  • [Presentation] DIORITE法による高分子量蛋白質の分子形態解析2007

    • Author(s)
      楯 真一
    • Organizer
      第46回NMR討論会
    • Place of Presentation
      札幌
    • Year and Date
      2007-09-14
  • [Presentation] T_2緩和分散法を用いたアミノ酸変異の酵素反応に対する遠隔作用の解析2007

    • Author(s)
      楯 真一
    • Organizer
      第46回NMR討論会
    • Place of Presentation
      札幌
    • Year and Date
      2007-09-14
  • [Presentation] Protein structure analysis using the orientation dependent TROSY shift changes2007

    • Author(s)
      Shin-ichi Tate
    • Organizer
      第46回NMR討論会
    • Place of Presentation
      札幌
    • Year and Date
      2007-09-13
  • [Presentation] The identification and characterization of a novel nucleolar protein, Nucleomethylin.2007

    • Author(s)
      Murayama A,
    • Organizer
      20th Wilhelm Bernhard Workshop
    • Place of Presentation
      St. Andrews・イギリス
    • Year and Date
      2007-08-28
  • [Presentation] Structural View of the clamp-loading mechanism onto DNA2007

    • Author(s)
      Morikawa, K.
    • Organizer
      Albany 2007, The 15th Conversation
    • Place of Presentation
      Albany, USA
    • Year and Date
      2007-06-19
  • [Presentation] Structural View of metabotropic glutamate receptor activation2007

    • Author(s)
      Morikawa, K.
    • Organizer
      INPEC meeting
    • Place of Presentation
      Jaca, Spain
    • Year and Date
      2007-06-13
  • [Book] 高圧バイオサイエンスとバイオテクノロジー 2巻2008

    • Author(s)
      大前英司
    • Publisher
      さんえい出版(In press)
  • [Book] 生化学辞典 第4版2007

    • Author(s)
      今堀和友、山川民夫/監修(執筆・森川耿右 他)
    • Total Pages
      1616
    • Publisher
      東京化学同人

URL: 

Published: 2010-02-04   Modified: 2016-04-21  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi