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2007 Fiscal Year Annual Research Report

物理科学を基盤とする人工細胞モデルの構築と機能解析

Research Project

Project/Area Number 18GS0421
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

吉川 研一  Kyoto University, 大学院・理学研究科, 教授 (80110823)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 今中 忠行  立命館大学, 生命科学部, 教授 (30029219)
秋吉 一成  東京医科歯科大学, 生体材料工学研究所, 教授 (90201285)
瀬戸 秀紀  大学共同利用機関法人高エネルギー加速器研究機構, 物質構造科学研究所, 教授 (60216546)
北畑 裕之  千葉大学, 理学研究科, 講師 (20378532)
稲垣 紫緒  京都大学, 大学院・理学研究科, 研究員 (20452261)
Keywordsリポソーム / 人工細胞モデル / 物性基礎論 / 生物物理 / 化学物理 / メゾスコピック系 / 自己組織化
Research Abstract

生命の時空間の自己組織化という謎に迫るために、統計物理・非平衡物理・非線形科学などの物理科学方法論や手法を発展的に適用しながら、エネルギーや物質の流れのなかでの自律的システムとして生命を捉えることを目的とする。本研究においては、モデル細胞の非平衡条件下での振る舞いを明らかにするこを通して、生命現象の本質に迫る。具体的には次の3つの視点から研究を進めてきた。1)D1Aの高次構造転移による遺伝子群の活性のon/offスイッチングを実空間上の実験を通して実証し、細胞内での自律的な遺伝子制御のメカニズムの解明を目指す。2)リン脂質多重層から自発的に細胞サイズの小胞が生成する機構を明らかにするとともに、小胞内での転写・発現反応の加速のメカニズムを解明する。3)長鎖D1Aの高次構造転移と生化学反応のネットワークからなる、生命現象の階層的システムとしての特質を究明する。その結果、次にあげるような成果が得られた。
・油中の細胞サイズ液滴中でアクチンの重合反応を行うことに成功した。アクチン繊維の太さによって、液滴の界面に分布する場合と、液滴内部に剛直に存在する場合があることを見出し、そのメカニズムに関して解析した。
・油中の微小水滴をレーザー場、あるいは、重力により油水界面を通過させることによってリポソームを形成する、また、逆に水溶液中のリポソームを油水界面を通過させることによって、微小液滴(エマルジョン)を形成することを見出した。
・長鎖D1Aは多価カチオンにより凝縮構造をとることが知られている。さらに多価のカチオンの場合にどうなるのかという問題意識のもと、ポリ-L-リシンを用いてD1Aの凝縮に対する影響を調べた。その結果、重合度が大きくなるにつれ、転移が連続的になることが明らかになった。
・時分割X線小角散乱を用いることにより、基板上に積層したリン脂質膜から細胞サイズ小胞が形成されるプロセスを明らかにし、)okker-3lanck方程式を用いて、観測されたプロセスを非平衡論的に議論することで、本質的にこの自己組織化の過程をきめている物理量のひとつとして、膜の曲げ弾性に依存した波打ちダイナミクスが重要であることを示唆した。更に、繰り越した研究によってこのメカニズムの詳細を実験で確認することができた。

  • Research Products

    (27 results)

All 2008 2007

All Journal Article (17 results) (of which Peer Reviewed: 17 results) Presentation (10 results)

  • [Journal Article] Hydration process of multi-stacked phospholipid bilayers to form giant vesicles2008

    • Author(s)
      M. Hishida, H. Seto, N. L. Yamada, K. Yoshikawa
    • Journal Title

      Chemical Physics Letters 455

      Pages: 297-302

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Large-scale on-off switching of genetic activity mediated by the folding-unfolding transition in a giant DNA molecule: An hypothesis2008

    • Author(s)
      Y. Takenaka, H. Nagahara, H. Kitahata, K. Yoshikawa
    • Journal Title

      Physical Review E 77

      Pages: 82803 1-6

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] DNA compaction plays a key role in radioprotection against double-strand breaks as revealed by single-molecule observation2008

    • Author(s)
      Y. Yoshikawa, T. Mori, N. Magome, K. Hibino, K. Yoshikawa
    • Journal Title

      Chemical Physics Letters 456

      Pages: 80-83

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A mean field theory for the intermolecular and intramolecular conformational transitions of a single flexible polyelectrolyte chain2007

    • Author(s)
      Chwen-Yang Shew, Kenichi Yoshikawa
    • Journal Title

      Journal of Chemical Science 126

      Pages: 144913 1-9

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] How are small ions involved in the compaction of DNA molecules?2007

    • Author(s)
      T. Iwaki, T. Saito, K. Yoshikawa
    • Journal Title

      Colloids and Surfaces B: Biointerfaces 56

      Pages: 126-133

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Survival versus collapse: Abrupt drop of excitability kills the traveling pulse, while gradual change results in adaptation2007

    • Author(s)
      M. Tanaka, H. Nagahara, H. Kitahata, V. Krinsky, K. Agladze, K. Yoshikawa
    • Journal Title

      Physical Review E 76

      Pages: 16205 2-6

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Core-Shell structures in single flexible-semi-flexible block copolymers: Finding the free energy minimum for the folding transition2007

    • Author(s)
      N. Yoshinaga, K. Yoshikawa
    • Journal Title

      Journal of Chemical Physics 127

      Pages: 44902 1-5

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Elucidation of conformational hysteresis on a giant DNA2007

    • Author(s)
      C. -Y. Shew, Y. Higuchi, K. Yoshikawa
    • Journal Title

      Biopolymers and Biological Systems 127

      Pages: 85103 1-16

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Spontaneous Generation of Giant Liposomes from Oil/Water Interface2007

    • Author(s)
      A. Yamada, M. Le Berre, K. Yoshikawa, D. Bagle
    • Journal Title

      ChemBioChem 8

      Pages: 2215-2218

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dissociation of DNA-polycation complex by polyanions and polyampholytes2007

    • Author(s)
      C. Y. Shew, K. Yoshikawa, T. Ito, C. Yoshihara, Y. Koyama
    • Journal Title

      Chemical Physics Letters 446

      Pages: 59-64

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Wave emission from heterogeneities to control chaos in the heart2007

    • Author(s)
      A. Pumir, V. Nikolski, M. Homing, A. Isomura, K. Agladze, K. Yoshikawa, R. Gilmour, E. Bodenschatz, V. Krinsky
    • Journal Title

      Physical Review Letters 99

      Pages: 208101 1-4

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Visualization of Different Pathways of DNA Release from Interpolyelectrolyte Complex2007

    • Author(s)
      M. Asad Ayoubi, A. A. Zinchenko, O. E. Philippova, A. R. Khokhlov, K.
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. B 111

      Pages: 10853-10857

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Blebbing Dynamics In An Oil-water-surfactant System Through The Generation and Destruction of A Gel-like Structure2007

    • Author(s)
      Y. Sumino, H. Kitahata, H. Seto, K. Yoshikawa
    • Journal Title

      Physical Review E 76

      Pages: 55202 1-4

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dynamic-Processes in Endocytic Transformation of a Raft-Exhibiting Giant Liposome2007

    • Author(s)
      T. Hamada, Y. Miura, K. Ishii, S. Araki, K. Yoshikawa, M. Vestergaard, M. Takagi, a.
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. B, 111

      Pages: 10853-10857

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Weak Interaction Induces an ON/OFF Switch, whereas strong Interaction Causes Gradual Change: Folding Transition of a Long Duplex DNA Chain by Poly-L-lysine, Biomacromolecules2007

    • Author(s)
      T. Akitaya, A. Seno, T. Nakai, N. Hazemoto, S. Murata, K. Yoshikawa
    • Journal Title

      Biomacromolecules 8

      Pages: 273-278

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Regular self-motion of a liquid droplet powered by the chemical marangoni effect2007

    • Author(s)
      K. Nagai, Y. Sumino, K. Yoshikawa
    • Journal Title

      Colloid. Sur. B: Biointerfaces 56

      Pages: 197-200

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dynamical Calling Behavior Experimentally Observed in Japanese Tree Frogs (Hyla japonica)2007

    • Author(s)
      I. Aihara, S. Horai, H. Kitahata, K. Aihara, K. Yoshikawa
    • Journal Title

      IEICE Transactions E90-A(10)

      Pages: 2154-2161

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Self-emergence of Spatio-temporal Structure and Dyncamic Function2007

    • Author(s)
      吉川研一
    • Organizer
      International Workshop on Natural Computing
    • Place of Presentation
      名古屋大字
    • Year and Date
      2007-12-13
  • [Presentation] Cross-Talk between Life Science and Physical Science: DNA, Motor, Computation, etc(生命科学と物理科学のキャッチボール:情報・運動・制御の視点から)2007

    • Author(s)
      吉川研一
    • Organizer
      分子生物学会・生化学学会合同大会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜ヨコハマグランドインターコンチネンタルホテル
    • Year and Date
      2007-12-11
  • [Presentation] 紐を折りたたんでナノ秩序構造を創り出す:DNAの実験と理論による一般化2007

    • Author(s)
      吉川研一
    • Organizer
      物性研究所短期研究会「物性化学のフロンティア2007」
    • Place of Presentation
      東京大学柏キャンパス物性研究所
    • Year and Date
      2007-11-22
  • [Presentation] Lipid-tubular network formation for biochemical reaction2007

    • Author(s)
      野村慎一郎, 秋吉一成
    • Organizer
      Int. Symp. Micro-Nanomechatronics & Human Science (MHS2007)
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      2007-11-12
  • [Presentation] Modeling of Living Cell: Autonomous Motion, Micro-Reactor and Response to the Environment2007

    • Author(s)
      吉川研一
    • Organizer
      IEEE/RST International Conference on Intelligent Robots and Systems
    • Place of Presentation
      Sheraton Hotel, San Diego, CA, USA
    • Year and Date
      2007-10-31
  • [Presentation] Central carbon metabolism in the hyperthermophilic archaeon, Thermococcus kodakaraensis KOD12007

    • Author(s)
      今中忠行
    • Organizer
      Thermophiles 2007, 9th International Conference on Thermophiles Research
    • Place of Presentation
      Bergen, Norway
    • Year and Date
      2007-09-26
  • [Presentation] 動的細胞機能の実空間モデリング2007

    • Author(s)
      吉川研一
    • Organizer
      日本機械学会創立110周年記念2007年度年次大会
    • Place of Presentation
      関西大学
    • Year and Date
      2007-09-10
  • [Presentation] Hierarchical Structural Dynamic of Chromatin : Modeling from physics2007

    • Author(s)
      吉川研一
    • Organizer
      ICC-2007 Amsterdam 16th International Chromosome Conference Amsterdam RAI Exhibition and Congress Centre
    • Place of Presentation
      AmstHUdDm、NHthHUlDnds
    • Year and Date
      2007-08-27
  • [Presentation] Novel Hypothesis on the Self-Regulation of Genetic Information: Scenario from One-Dimensional DNA into Spatio-Temporal Order2007

    • Author(s)
      吉川研一
    • Organizer
      The International Workshop on Complex Systems and Networks
    • Place of Presentation
      Guilin BUDvo HotHl、桂林、中国
    • Year and Date
      2007-07-19
  • [Presentation] ナノゲル架橋ハイブリッドゲルの特性と機能2007

    • Author(s)
      秋吉一成
    • Organizer
      07-1高分子基礎物性研究会
    • Place of Presentation
      東京工業大学百年記念館
    • Year and Date
      2007-06-13

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Published: 2010-06-11   Modified: 2016-04-21  

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