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2008 Fiscal Year Annual Research Report

物理科学を基盤とする人工細胞モデルの構築と機能解析

Research Project

Project/Area Number 18GS0421
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

吉川 研一  Kyoto University, 大学院・理学研究科, 教授 (80110823)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 今中 忠行  立命館大学, 生命科学部, 教授 (30029219)
秋吉 一成  東京医科歯科大学, 生体材料工学研究所, 教授 (90201285)
Keywordsリポソーム / 人工細胞モデル / 物性基礎論 / 生物物理 / 化学物理 / 自己組織化
Research Abstract

モデル細胞の非平衡条件下での振る舞いを明らかにすることを通して、生命現象の本質に迫る。そのため、具体的には次の3つの視点から研究を進めている。1)「長鎖DNAが不連続な折り畳み転移を示す」という結果を基盤として、DNAの高次構造転移による遺伝子群の活性のon/offスイッチングを実空間上の実験を通して実証する。これにより細胞内での自律的な遺伝子制御のメカニズムの解明を目指す。2)リン脂質多重層から自発的に細胞サイズの小胞が生成する機構を明らかにするとともに、モデル小胞内での転写・発現反応の加速のメカニズムを解明する。3)長鎖DNAの高次構造転移と生化学反応のネットワークからなる、生命現象の階層的システムとしての特質を究明する。以上3つの課題を総合して、細胞分化や形態形成など、生命体構築の基本原理に迫る。平成20年度において、申請当初の予想以上の成果があった。成果の一部を以下に示す。
○長鎖DNAの非特異的な環境パラメータによる折り畳み転移に関して、1分子計測を主とした系統的な実験をすすめた。特に、1価や2価の陽イオンや1価の陰イオンのDNA折り畳み転移に対する効果を解明することに成功した。
○大腸菌細胞から低侵襲な手法である光ピンセットによりゲノムを取り出した後、物理的に引き延ばすことによって高次構造を解きほぐすことに成功した。その結果、対数増殖期と定常期の細胞でゲノムの広がり方(ミクロ相分離構造)が異なる事を動的に明らかにした。
○T.kodakaraensis無細胞抽出液(S30画分)を作製し、これを用いてGFPの合成反応に成功した。これにより、生物の最小単位である超好熱菌を用いた人工細胞モデル創製が前進した。
○生細胞とギャップジャンクションを形成するタンパク質であるコネキシンをリポソーム膜表面に発現させることに成功した。この方法で、リポソームに封入した親水性ペプチドを培養細胞に導入し、培養細胞の遺伝子発現を抑制することにも成功した。この結果は、これは哺乳動物の膜タンパク質がリポソームで発現・機能化されたのみならず、人工細胞モデルが生きた細胞との間で物質の授受を行った世界初の例である。

  • Research Products

    (43 results)

All 2009 2008

All Journal Article (25 results) (of which Peer Reviewed: 20 results) Presentation (12 results) Book (6 results)

  • [Journal Article] Small anion with higher valency retards the compaction of DNA in the presence of multivalent cation2009

    • Author(s)
      T.Saito, T.Iwaki, K.Yoshikawa
    • Journal Title

      Biophys.J 96

      Pages: 1068-1075

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Emergence of Superstructures from a Homogeneous Lipid Sphere2009

    • Author(s)
      M.Negishi, H.Kitahata, K.Yoshikawa
    • Journal Title

      J.Phys.Chem.B 113

      Pages: 3264-3268

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Direct formation of proteo-liposomes by in vitro synthesis and cellular cytosolic delivery with connexin-expressing liposomes2009

    • Author(s)
      M.Kaneda, S.-i.M.Nomura, S.Ichinose, S.Kondo, K.Nakahama, K.Akiyoshi, I.Morita
    • Journal Title

      Biomaterials 30

      Pages: 3971-3997

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Interaction of Nanogel with Cyclodextrin or Protein : Study by Dynamic Light Scattering and Small-angle Neutron Scattering2009

    • Author(s)
      N.Inomoto, N.Osaka, T.Suzuki, U.Hasegawa, Y.Ozawa, H.Endo, K.Akiyoshi, M.Shibayama
    • Journal Title

      Polymer 50

      Pages: 541-546

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Hybrid Nanoapatitby Polysaccharide Nanogel-Templated Mineralization2009

    • Author(s)
      S.Yamane, A.Sugawara, A.Watanabe, K.Akiyoshi
    • Journal Title

      J.Bioact.Comp.Polym 24

      Pages: 151-168

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Nanogel-Calcium Phosphate Hybrid Nanoparticles with Negative or Positive Charges for Potential Biomedical Applications2009

    • Author(s)
      S.Yamane, A.Sugawara, Y.Sasaki, K.Akiyoshi
    • Journal Title

      Bull.Chem.Soc.Jpn 82

      Pages: 416-418

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 細胞の実空間モデル:生命現象への物理からのアプローチ2009

    • Author(s)
      滝ノ上正浩, 吉川研一
    • Journal Title

      パリティ 23

      Pages: 70-72

  • [Journal Article] アーキアのゲノムからみえるもの2009

    • Author(s)
      跡見晴幸, 福居俊昭, 金井保, 今中忠行
    • Journal Title

      蛋白質核酸酵素 54

      Pages: 120-126

  • [Journal Article] Archaeal RNA polymerase subunits E and F are not required for transcription in vitro, but a Thermococcus kodakarensis mutant lacking subunit F is temperature-senseitive2008

    • Author(s)
      A.Hirata, T.Kanai, T.J.Santangelo, M.Tajiri, K.Manabe, J.N.Reeve, T.Imanaka, K.S.Murakami
    • Journal Title

      Mol.Microbiol 70

      Pages: 623-633

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] How Does the Mobility of Phospholipid Molecules at a Water/Oil Interface Reflect the Viscosity of the Surrounding Oil?2008

    • Author(s)
      M.Negishi, H.Seto, M.Hase, K.Yoshikawa
    • Journal Title

      Langmuir 24

      Pages: 8431-8434

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] DNA compactionin ducedbyneutral polymer is retarded more effectively by divalentanion than monovalentanion2008

    • Author(s)
      T.Saito, T.Iwaki, K.Yoshikawa
    • Journal Title

      Chem.Phys.Lett. 465

      Pages: 40-44

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Chain length dependence of folding transition in a semiflexible homo-polymer chain : Appearance of a core-shell structure2008

    • Author(s)
      Y.Higuchi, T.Sakaue, K.Yoshikawa
    • Journal Title

      Chem.Phys.Lett. 461

      Pages: 42-46

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Bending modulus of lipid bilayers in liquid-crystalline phase including anomalous swelling regime estimated by NSE experiments2008

    • Author(s)
      H.Seto, N.L.Yamada, M.Nagao, M.Hishida, T.Takeda
    • Journal Title

      Eur.Phys.J.E-Soft Matter 26

      Pages: 217-223

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] In situ analysis of the higher-order genome structure in a single Escherichia coli cell2008

    • Author(s)
      E.Shindo, K.Kubo, R.L.Ohniwa, K.Takeyasu, K.Yoshikawa.
    • Journal Title

      J.Biotech. 133

      Pages: 172-176

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Expression profiles and physiological roles of two types of molecular chaperonins from the hyperthermophilic archaeon, Thermococcus2008

    • Author(s)
      S.Fujiwara, R.Aki, M.Yoshida, H.Higashibata, T.Imanaka, W.Fukuda.
    • Journal Title

      Appl.Environ.Microbiol. 74

      Pages: 7306-7312

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Expression profiles and physiological roles of two types of prefoldins from the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakaraensis2008

    • Author(s)
      A.Danno, W.Fukuda, M.Yoshida, R.Aki, T.Tanaka, T.Kanai, T.Imanaka, S.Fujiwara.
    • Journal Title

      J.Mol.Biol. 382

      Pages: 298-311

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Effective approaches for the production of heterologous proteins using the Thermococcus kodakaraensis-based translation system2008

    • Author(s)
      T.Endoh, T.Kanai, T.Imanaka
    • Journal Title

      J.Biotech. 133

      Pages: 177-182

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Direct preparation of giant proteo-liposomes by in vitro membrane protein synthesis2008

    • Author(s)
      S.-i.M.Nomura, S.Kondoh, W.Asayama, A.Asada, S.Nishikawa, K.Akiyoshi
    • Journal Title

      J.Biotech. 133

      Pages: 190-195

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Protein-conjugated QD effectively delivered into living cells by a cationic nanogel2008

    • Author(s)
      S.Toita, U.Hasegawa, H.Koga, I.Sekiya, T.Muneta, K.Akiyoshi.
    • Journal Title

      J.Nanosci.Nanotech. 8

      Pages: 2279-2285

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Thermo-responsive hydrogels with nanodomains : rapid shrinking of nanogel-crosslinking hydrogel of poly(N-isopropyl acrvlamide)2008

    • Author(s)
      N.Morimoto, T.Ohki, K.Kurita, K.Akiyoshi
    • Journal Title

      Macromol.Rapid Comm. 29

      Pages: 672-676

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dual stimuli-responsive nanogels by self-assembly of polysaccharides lightly grafted with thiol-terminated poly(N-isopropylacrylamide)2008

    • Author(s)
      N.Morimoto, X.P.Qiu, F.M.Winnik, K.Akiyoshi
    • Journal Title

      Macromolecules 41

      Pages: 5985-5987

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Siloxane-crosslinked Polysaccharide Nanogels for Potential Biomedical Applications2008

    • Author(s)
      S.Yamane, Y.Sasaki, K.Akiyoshi
    • Journal Title

      Chem.Lett. 37

      Pages: 1282-1283

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 細胞機能の実空間モデリング2008

    • Author(s)
      野村M.慎一郎, 山田彩子, 吉川研一
    • Journal Title

      生物物理 48

      Pages: 174-179

  • [Journal Article] ナノゲルDDS研究の最前線2008

    • Author(s)
      森本展行, 秋吉一成
    • Journal Title

      ファルマシア 44

      Pages: 764-768

  • [Journal Article] 会合性高分子の自己組織化:色材における基礎科学講座(第X講)2008

    • Author(s)
      菅原彩絵, 秋吉一成
    • Journal Title

      J.Jpn.Soc.Colour Mater 81

      Pages: 178-184

  • [Presentation] Hierarchical Dynamics of Chromatin : Physic Aspects2009

    • Author(s)
      吉川研一
    • Organizer
      Biophysics of Chromatin
    • Place of Presentation
      Villa Bosch Studio, Heiderberg, German
    • Year and Date
      2009-02-05
  • [Presentation] Mathematical model and real-world model for the synthesis of cell functions including nonequilibricity of biomembrane and on/off characteristics of giant DNA2008

    • Author(s)
      M.Takinoue, Y.Ma, K.Yoshikawa
    • Organizer
      The 17th CDB Meeting-Towards Synthesis of Cells-Reconstruction and Design of Cellular Function
    • Place of Presentation
      理化学研究所(兵庫)
    • Year and Date
      20081014-20081015
  • [Presentation] Discrete transition of DNA : physical and biological significance2008

    • Author(s)
      吉川研一
    • Organizer
      Soft Matter Days
    • Place of Presentation
      Gustav-Stresemann-Institutnn, Bonn, Germany
    • Year and Date
      2008-11-14
  • [Presentation] Emergence of Exotic Spatio-Temporal Structure under Photon Flux2008

    • Author(s)
      吉川研一
    • Organizer
      The 3rd INTERNATIONAL CONFERENCE ON PHOTO-INDUCED PHASE TRANSITIONS and Cooperative Phenomena(PIPT2008)
    • Place of Presentation
      大阪市立大学杉本キャンパス(大阪)
    • Year and Date
      2008-11-11
  • [Presentation] Synthesis of multiple gene products from a single polycistronic mRNA using the Thermococcus kodakaraensis-based translation system2008

    • Author(s)
      T.Kanai, T.Endoh, T.Imanaka
    • Organizer
      2008 International Symposium on Micro-NanoMechatronics and Human Science
    • Place of Presentation
      名古屋大学(愛知)
    • Year and Date
      2008-11-07
  • [Presentation] On/Off Switching of Higher-Order Structure in DNA2008

    • Author(s)
      吉川研一
    • Organizer
      International Drug Discovery Science and Technology
    • Place of Presentation
      Venue : Loong Palace Hotel, Beijing, China
    • Year and Date
      2008-10-20
  • [Presentation] 細胞に学びながら、実空間モデルで遊ぶ Amusing Toy-Model of Living Cell2008

    • Author(s)
      吉川研一
    • Organizer
      「細胞を創る」研究会1.0「若手研究者の国際ワークショップ」
    • Place of Presentation
      大阪大学吹田キャンパス(大阪)
    • Year and Date
      2008-10-16
  • [Presentation] Self-running droplet : mode switching on the autonomous motion2008

    • Author(s)
      吉川研一
    • Organizer
      5th Dynamics Days Asia Pacific
    • Place of Presentation
      奈良県新公会堂(奈良)
    • Year and Date
      2008-09-11
  • [Presentation] Packing a semi-flexible molecular chain, Knots and soft-matter physics : topology of polymers and related topics in physics2008

    • Author(s)
      吉川研一
    • Organizer
      mathematics and biology
    • Place of Presentation
      京都大学基礎物理学研究所湯川記念館(京都)
    • Year and Date
      2008-08-28
  • [Presentation] Hydrogel biomaterials by self-assembly of hydrophobized polysaccharides2008

    • Author(s)
      K.Akiyoshi
    • Organizer
      24th International Carbohydrate Symposium
    • Place of Presentation
      University of Oslo, Blindern campus, Oslo, Norway
    • Year and Date
      2008-07-28
  • [Presentation] New method for reconstitution of membrane proteins to linosome2008

    • Author(s)
      K.Akiyoshi
    • Organizer
      11th Liposome Reserch Days Confrerence
    • Place of Presentation
      横浜シンポジア(神奈川)
    • Year and Date
      2008-07-21
  • [Presentation] Self-running droplet : emergence of directional, revolutional and pseudopodial motions2008

    • Author(s)
      吉川研一
    • Organizer
      Fifth International Symposium "Engineering of Chemical Complexity
    • Place of Presentation
      The Harnack House, Berlin, Germany
    • Year and Date
      2008-05-25
  • [Book] Single DNA Molecules : Compaction and Decomposition : 第三章 DNA Interactions with Polymers and Surfactants 担当(A.Zinchenko, O.A.Pyshkina, A.V.Lezov, V.G.Sergeyev, K.Yoshikawa)2008

    • Author(s)
      R.Dias, B.Lindman Ed
    • Total Pages
      416
    • Publisher
      John Wiley & Sons
  • [Book] 自己組織化ハンドブック:序論自己組織化とは--化学担当(吉川研一)2008

    • Author(s)
      国武豊喜監修
    • Total Pages
      940
    • Publisher
      NTS出版
  • [Book] ナノゲルキャリア:第五章機能性DDSキャリアの製剤設計担当(佐々木喜浩, 秋吉一成)2008

    • Author(s)
      岡田弘晃監修
    • Total Pages
      321
    • Publisher
      シーエムシー出版
  • [Book] 次世代医療のための高分子材料工学2008

    • Author(s)
      秋吉一成, 岸田晶夫監修
    • Total Pages
      286
    • Publisher
      シーエムシー出版
  • [Book] 微生物増殖学の現在・未来:第5章ストレスと培養担当(今中忠行)2008

    • Author(s)
      福井作蔵, 秦野琢之編
    • Total Pages
      480
    • Publisher
      地人書館
  • [Book] Thermophiles : Biology and technology at high temperatures : 第十三章 Targeted gene disruption as a tool for establishing gene function in hyperthermophilic archaea 担当(H.Atomi, T.Imanaka)2008

    • Author(s)
      F.Robb, G.Antranikian, D.Grogan, A.Driessen編
    • Total Pages
      368
    • Publisher
      CRC Press

URL: 

Published: 2011-06-16   Modified: 2016-04-21  

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