2020 Fiscal Year Annual Research Report

遺跡出土馬のゲノムワイド解析に基づく日本列島馬の起源と交雑史に関する研究

Research Project

Project/Area Number	18H00755
Research Institution	Kanazawa University
Principal Investigator	覚張隆史金沢大学, 古代文明・文化史減額研究センター, 助教 (70749530)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	植月学帝京大学, 付置研究所, 准教授 (00308149) 川嶋舟東京農業大学, 農学部, 准教授 (00401711) 丸山真史東海大学, 海洋学部, 准教授 (00566961) 小嶋芳孝金沢大学, 国際文化資源学研究センター, 客員教授 (10410367)
Project Period (FY)	2018-04-01 – 2021-03-31
Keywords	古代ゲノム / ウマ / 日本在来馬 / 遺跡出土馬
Outline of Annual Research Achievements	最終年度である本年度では、昨年度に得られた日本列島における遺跡出土馬、東アジア遺跡出土馬のゲノムデータの解析を引き続き実施した。ゲノムデータ解析として、主成分分析、ADMIXTURE、TreeMix、f3/f4 statistics などを実施した。これらの結果は、古代ゲノム研究の国際学術会議（ISBA9）において口頭発表を実施する予定であった。しかし、コロナの影響により国際学術会議が来年度に延期したために、研究成果の公開は来年度に持ち越すこととなった。本年度は、すでに得られている古代馬及び日本在来馬のゲノムデータをより高精度にするため、先端ゲノム支援事業の支援を受けてNovaSeqによる追加データの取得を試みた。日本列島においては、松崎遺跡（古墳終末期・古代）、藤原宮跡（古代）、根城跡（中世）、大光寺新城跡（中世）、今帰仁城跡（中近世）、大嶺村跡（近代）など遺跡出土馬の側頭骨及び耳小骨（特に、ツチ骨・キヌタ骨）を対象に、プレスクリーニングを実施した。従来法の側頭骨のサンプリングではターゲット生物由来のゲノムDNAの存在率（Endogenous DNA %）は5%であった試料は、新しい手法を用いたところ60%に大きく上昇した。これら得られたゲノムデータは、古代DNA分子の特徴であるシトシンからチミンへの置換が見られており、古代馬由来のゲノムデータを高効率に取得できる分析系を新たに構築することに成功したと言える。追加取得した大規模ゲノムデータはこれまで得られた低カバレッジのゲノムデータと比較解析し、主成分分析、ADMIXTURE、TreeMix、f3/f4 statisticsなどの基礎的解析を、再度実施した。これらの結果については来年度開催予定のISBA9にて口頭発表を予定しており、その内容について国際学術誌への投稿準備を進めている。
Research Progress Status	令和2年度が最終年度であるため、記入しない。
Strategy for Future Research Activity	令和2年度が最終年度であるため、記入しない。