• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2020 Fiscal Year Annual Research Report

Development and application of continuum models for morphogenesis

Research Project

Project/Area Number 18H01185
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

石原 秀至  東京大学, 大学院総合文化研究科, 准教授 (10401217)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 杉村 薫  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 准教授 (50466033)
Project Period (FY) 2018-04-01 – 2021-03-31
Keywords組織力学 / 個体発生 / 連続体力学 / パターン形成
Outline of Annual Research Achievements

生体組織のための連続体モデルの定式化を行った。特に細胞分裂が起きるとき、細胞分裂自身は周囲に力をフォースダイポールとして与えるが、一方でその参照状態を変えることで弾性エネルギーを緩和するという相反する性質を持つ。この効果を理論的整合性を満たすように連続体モデルに取り入れた定式化を行った。また、組織の自由境界や二種混合細胞系を扱えるように、フェーズフィールド(PF)を取り入れた定式化を行った。さらに、細胞の運動を極性場として取り入れることで、培養細胞の実験で見られるような振動的な集団運動を再現することに成功した。
また、実験動画から細胞のトラッキングを行い、個々の細胞の変形や細胞分裂、再配置をテンソルとして定量する解析アルゴリズムの実装を進めた。理論から導出されたキネマティックな方程式が実験データでも成り立つことを確認した(論文準備中)。また、コントロールと、組織に異常が出るdsRNAiについて比較を行った。推定した応力場と細胞の形態を比べ、両者が強く相関していることを確認し、力と変形の関係(構成方程式)について一定の知見を得ており、引き続き調べる。
他に、曲面上でのTuringパターンを調べた。曲面の形状が細胞運動やパターンを調べるために、最小限の設定として軸対象な曲面上でのパターン形成を調べたところ、これまでの知見とは異なり、平面で静止したパターンが曲面上で運動を引き起こすことを発見した。これは、1次元では起こり得ず、曲がった2次元曲面でのみで起こる新規なパターン伝達機構であることを理論的に解析した(Nishide and Ishihara, Phys. Rev. Lett. in press)。また、分子が保存量する反応拡散系が示す粗大化過程についても研究を行った(Tateno and Ishihara, Phys. Rev. Res. 2021)。

Research Progress Status

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (17 results)

All 2022 2021

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (15 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Invited: 7 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Interfacial-curvature-driven coarsening in mass-conserved reaction-diffusion systems2021

    • Author(s)
      M. Tateno and S. Ishihara
    • Journal Title

      Physical Review Research

      Volume: 3 Pages: 023198

    • DOI

      10.1103/PhysRevResearch.3.023198

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Image-based model construction and parameter estimation for epithelial mechanics.2022

    • Author(s)
      Goshi Ogita, Takefumi Kondo, Keisuke Ikawa, Tadashi Uemura, Shuji Ishihara, Kaoru Sugimura
    • Organizer
      RIKEN BDR Symposium 2022 EMERGENCE in Biological Systems: Challenges to Bridging
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 曲率によって駆動されるパターンダイナミクスの弱非線形解析II2022

    • Author(s)
      西出亮介、石原秀至
    • Organizer
      日本物理学会第77回年次大会
  • [Presentation] 変形可能なアクティブ粒子集団におけるジャミング現象2022

    • Author(s)
      斉藤稔,石原秀至
    • Organizer
      日本物理学会第77回年次大会
  • [Presentation] 接着力を取り入れたアクティブブラウン粒子モデルにおける半凝集相2022

    • Author(s)
      嶋村壮太,斉藤稔,石原秀至
    • Organizer
      日本物理学会第77回年会 国内、口頭発表
  • [Presentation] Mechanical control of epithelial morphogenesis.2021

    • Author(s)
      Kaoru Sugimura
    • Organizer
      Mathematical Mechanobiology
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 多細胞組織力学のモデリングとパラメータ推定2021

    • Author(s)
      杉村薫
    • Organizer
      2021年日本バイオインフォマティクス学会年会
    • Invited
  • [Presentation] 上皮組織力学モデルとイメージングデータの統合解析2021

    • Author(s)
      杉村薫
    • Organizer
      第94回日本生化学大会
    • Invited
  • [Presentation] 曲率に駆動される進行波パターン2021

    • Author(s)
      石原秀至
    • Organizer
      京都大学理学部物理学科談話会
    • Invited
  • [Presentation] Dissecting molecular and physical mechanisms underlying cell rearrangement2021

    • Author(s)
      Kaoru Sugimura, Keisuke Ikawa, Goshi Ogita, Shuji Ishihara
    • Organizer
      The 51st NIPS International Symposium, Frontiers in Epithelial Cell Biolog
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 多細胞パターン形成の力学 定量、分子、理論の融合2021

    • Author(s)
      杉村薫
    • Organizer
      京大薬学研究セミナー「未踏薬学領域を切り開く創発科学とは」
    • Invited
  • [Presentation] 多細胞上皮集団の力学計測とモデリング2021

    • Author(s)
      杉村薫
    • Organizer
      第四回 AMED-CREST/PRIME メカノバイオロジー 分科会
    • Invited
  • [Presentation] Kalman smoother traction force microscopy for robust force inference2021

    • Author(s)
      Aozora Matsuda、Toshinori Namba, Shuji Ishihara
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Image-based parameter estimation for epithelial mechanics.2021

    • Author(s)
      Goshi Ogita, Takefumi Kondo, Keisuke Ikawa, Tadashi Uemura, Shuji Ishihara, Kaoru Sugimura
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Image-based statistical inference of mechanical parameters governing epithelial morphogenesis.2021

    • Author(s)
      Goshi Ogita, Takefumi Kondo, Keisuke Ikawa, Tadashi Uemura, Shuji Ishihara, Kaoru Sugimura
    • Organizer
      The 51st NIPS International Symposium, Frontiers in Epithelial Cell Biology 国際、ポスター
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 上皮組織の画像から細胞の力学パラメータを推定する2021

    • Author(s)
      荻田豪士, 近藤武史, 井川敬介, 上村匡, 石原秀至, 杉村薫
    • Organizer
      メカノバイオ討論会2021  国内、ポスター
  • [Book] 力を計測して生き物の形づくりを解き明かす2021

    • Author(s)
      杉村薫
    • Total Pages
      3
    • Publisher
      高分子 70: 417, 2021 8月号

URL: 

Published: 2022-12-28  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi