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2021 Fiscal Year Annual Research Report

prediction of proton transfer in proteins based on hydrogen-bond network structures

Research Project

Project/Area Number 18H01186
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

斉藤 圭亮  東京大学, 先端科学技術研究センター, 准教授 (20514516)

Project Period (FY) 2018-04-01 – 2022-03-31
Keywords水素結合 / プロトン移動 / 光合成 / QM/MM法 / 分子動力学法 / 電子移動 / ダイナミクス
Outline of Annual Research Achievements

植物や藻類の光合成において水を分解し酸素を発生する反応を触媒する蛋白質である光化学系II,様々な機能を持つ光受容蛋白質群であるロドプシンなどのプロトン移動に着目し,水素結合ネットワークとの関連を調べた.以下はその成果の一部である.これらの成果はすべて査読付き国際誌に論文として発表済みである.
■1) 光化学系IIの触媒部位Mn4CaO5錯体からの電子移動と共役したプロトン移動機構を明らかにした.■2) 光化学系II反応中心における電子の終着点であるキノンへの電子共役プロトン移動の機構とプロトン移動経路を明らかにした.■3) 光化学系IIのキノンの放出に伴うプロトン移動の機構とその経路を解明した.■4) 光化学系IIの非アクティブな電子移動経路上に存在する酸化還元活性をもつチロシン残基(TyrD)の酸化還元に伴い,低障壁水素結合が形成されることを明らかにした.■5) 植物の光化学系IIに特異的にみられる表在性蛋白質の変異体では,変異アミノ酸周辺の水素結合ネットワークが変化するために酸素発生反応に影響を与えることを明らかにした.■6) ロドプシンにおいて色素が形成する低障壁水素結合で起こるプロトン移動により、色素の吸収波長が変化する機構を明らかにした.■7)ヘリオロドプシンではプロトン移動に誘起されて構造変化が起こることを明らかにし,その分子機構を解析した.■8) イネに存在するケイ酸輸送蛋白質における輸送機構と水素結合ネットワークとの関係を明らかにした.

Research Progress Status

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (49 results)

All 2023 2022 2021

All Journal Article (21 results) (of which Peer Reviewed: 21 results,  Open Access: 17 results) Presentation (28 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Identification of the protonation and oxidation states of the oxygen-evolving complex in the low-dose X-ray crystal structure of photosystem II2023

    • Author(s)
      Saito Keisuke、Nakao Shu、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      Frontiers in Plant Science

      Volume: 14 Pages: -

    • DOI

      10.3389/fpls.2023.1029674

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Substitution of Ca<sup>2+</sup> and changes in the H-bond network near the oxygen-evolving complex of photosystem II2023

    • Author(s)
      Mandal Manoj、Saito Keisuke、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      Physical Chemistry Chemical Physics

      Volume: 25 Pages: 6473~6480

    • DOI

      10.1039/D2CP05036F

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Mechanism of Absorption Wavelength Shift Depending on the Protonation State of the Acrylate Group in Chlorophyll <i>c</i>2023

    • Author(s)
      Tsujimura Masaki、Sugano Minaka、Ishikita Hiroshi、Saito Keisuke
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 127 Pages: 505~513

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.2c07232

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Electron-Transfer Route in the Early Oxidation States of the Mn<sub>4</sub>CaO<sub>5</sub> Cluster in Photosystem II2022

    • Author(s)
      Tamura Hiroyuki、Saito Keisuke、Nishio Shunya、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 127 Pages: 205~211

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.2c08246

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] ZBTB2 links p53-deficiency to HIF-1-mediated hypoxia signaling for cancer aggressiveness2022

    • Author(s)
      Koyasu Sho、Horita Shoichiro、Saito Keisuke、Kobayashi Minoru、Ishikita Hiroshi、Chow Christalle CT、Kambe Gouki、Nishikawa Shigeto、Menju Toshi、Morinibu Akiyo、Okochi Yasushi、Tabuchi Yoshiaki、Onodera Yasuhito、Takeda Norihiko、Date Hiroshi、Semenza Gregg L、Hammond Ester M、Harada Hiroshi
    • Journal Title

      EMBO reports

      Volume: 24 Pages: e54042

    • DOI

      10.15252/embr.202154042

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Proton transfer and conformational changes along the hydrogen bond network in heliorhodopsin2022

    • Author(s)
      Tsujimura Masaki、Chiba Yoshihiro、Saito Keisuke、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 5 Pages: 1336

    • DOI

      10.1038/s42003-022-04311-x

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Protonation structure of the closed-cubane conformation of the O2-evolving complex in photosystem II2022

    • Author(s)
      Saito Keisuke、Mino Hiroyuki、Nishio Shunya、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      PNAS Nexus

      Volume: 1 Pages: pgac221

    • DOI

      10.1093/pnasnexus/pgac221

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] D139N mutation of PsbP enhances the oxygen-evolving activity of photosystem II through stabilized binding of a chloride ion2022

    • Author(s)
      Imaizumi Ko、Nishimura Taishi、Nagao Ryo、Saito Keisuke、Nakano Takeshi、Ishikita Hiroshi、Noguchi Takumi、Ifuku Kentaro
    • Journal Title

      PNAS Nexus

      Volume: 1 Pages: pgac136

    • DOI

      10.1093/pnasnexus/pgac136

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Conformational Changes and H-Bond Rearrangements during Quinone Release in Photosystem II2022

    • Author(s)
      Sugo Yu、Saito Keisuke、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 61 Pages: 1836~1843

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.2c00324

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Release of a Proton and Formation of a Low-Barrier Hydrogen Bond between Tyrosine D and D2-His189 in Photosystem II2022

    • Author(s)
      Mandal Manoj、Saito Keisuke、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      ACS Physical Chemistry Au

      Volume: 2 Pages: 423~429

    • DOI

      10.1021/acsphyschemau.2c00019

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Absorption wavelength along chromophore low-barrier hydrogen bonds2022

    • Author(s)
      Tsujimura Masaki、Tamura Hiroyuki、Saito Keisuke、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      iScience

      Volume: 25 Pages: 104247~104247

    • DOI

      10.1016/j.isci.2022.104247

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Mechanism of Mixed-Valence Fe2.5+・・・Fe2.5+ Formation in Fe4S4 Clusters in the Ferredoxin Binding Motif2022

    • Author(s)
      Kanda Tomoki、Saito Keisuke、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 126 Pages: 3059~3066

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.2c01320

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Release of Electrons and Protons from Substrate Water Molecules at the Oxygen-Evolving Complex in Photosystem II2022

    • Author(s)
      Mandal Manoj、Saito Keisuke、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      Journal of the Physical Society of Japan

      Volume: 91 Pages: 091012

    • DOI

      10.7566/JPSJ.91.091012

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structure-guided design enables development of a hyperpolarized molecular probe for the detection of aminopeptidase N activity in vivo2022

    • Author(s)
      Saito Yutaro、Yatabe Hiroyuki、Tamura Iori、Kondo Yohei、Ishida Ryo、Seki Tomohiro、Hiraga Keita、Eguchi Akihiro、Takakusagi Yoichi、Saito Keisuke、Oshima Nobu、Ishikita Hiroshi、Yamamoto Kazutoshi、Krishna Murali C.、Sando Shinsuke
    • Journal Title

      Science Advances

      Volume: 8 Pages: eabj2667

    • DOI

      10.1126/sciadv.abj2667

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Requirement of Chloride for the Downhill Electron Transfer Pathway from the Water-Splitting Center in Natural Photosynthesis2021

    • Author(s)
      Mandal Manoj、Saito Keisuke、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 126 Pages: 123~131

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.1c09176

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Long-Range Electron Tunneling from the Primary to Secondary Quinones in Photosystem II Enhanced by Hydrogen Bonds with a Nonheme Fe Complex2021

    • Author(s)
      Tamura Hiroyuki、Saito Keisuke、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 125 Pages: 13460~13466

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.1c09538

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural basis for high selectivity of a rice silicon channel Lsi12021

    • Author(s)
      Saitoh Yasunori、Mitani-Ueno Namiki、Saito Keisuke、Matsuki Kengo、Huang Sheng、Yang Lingli、Yamaji Naoki、Ishikita Hiroshi、Shen Jian-Ren、Ma Jian Feng、Suga Michihiro
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 12 Pages: 6236

    • DOI

      10.1038/s41467-021-26535-x

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Electron Acceptor?Donor Iron Sites in the Iron?Sulfur Cluster of Photosynthetic Electron-Transfer Pathways2021

    • Author(s)
      Kanda Tomoki、Saito Keisuke、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      Volume: 12 Pages: 7431~7438

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.1c01896

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Mechanism of the formation of proton transfer pathways in photosynthetic reaction centers2021

    • Author(s)
      Sugo Yu、Saito Keisuke、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 118 Pages: e2103203118

    • DOI

      10.1073/pnas.2103203118

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Role of redox-inactive metals in controlling the redox potential of heterometallic manganese?oxido clusters2021

    • Author(s)
      Saito Keisuke、Nakagawa Minesato、Mandal Manoj、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      Photosynthesis Research

      Volume: 148 Pages: 153~159

    • DOI

      10.1007/s11120-021-00846-y

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The origin of unidirectional charge separation in photosynthetic reaction centers: nonadiabatic quantum dynamics of exciton and charge in pigment?protein complexes2021

    • Author(s)
      Tamura Hiroyuki、Saito Keisuke、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      Chemical Science

      Volume: 12 Pages: 8131~8140

    • DOI

      10.1039/D1SC01497H

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] O-DおよびC=O伸縮振動数を用いたタンパク質内pKaの予測2023

    • Author(s)
      辻村真樹、斉藤圭亮、石北央
    • Organizer
      第12回日本生物物理学会関東支部会
  • [Presentation] Energetics of time-dependent structural changes in the photosynthetic electron transfer pathway2022

    • Author(s)
      西川 凱、菅生 優、斉藤 圭亮、石北 央
    • Organizer
      第2回システム生物医学研究会
  • [Presentation] Energetics of proton transfers in the communication channel between two active sites of pyruvate oxidase2022

    • Author(s)
      高見 亮成、斉藤 圭亮、石北 央
    • Organizer
      第2回システム生物医学研究会
  • [Presentation] Why is the oxygen-evolving complex in photosystem II composed of manganese instead of iron?2022

    • Author(s)
      齊藤 昌弘、斉藤 圭亮、石北 央
    • Organizer
      第2回システム生物医学研究会
  • [Presentation] Energy transfer pathways in light harvesting complex II2022

    • Author(s)
      鍵本 拓海、斉藤 圭亮、石北 央
    • Organizer
      第2回システム生物医学研究会
  • [Presentation] Effect of chlorine substitution by iodine in oxygen-evolving photosystem II2022

    • Author(s)
      陳 楊、斉藤 圭亮、石北 央
    • Organizer
      第2回システム生物医学研究会
  • [Presentation] Origin of electron paramagnetic resonance signals from the water-splitting complex in photosystem II2022

    • Author(s)
      西尾 俊哉、斉藤 圭亮、三野 広幸、石北 央
    • Organizer
      第2回システム生物医学研究会
  • [Presentation] 水分解反応触媒における電子スピン共鳴 シグナルの起源2022

    • Author(s)
      西尾 俊哉、斉藤 圭亮、三野 広幸、石北 央
    • Organizer
      第36回分子シミュレーション大会
  • [Presentation] Molecular mechanisms of light-harvesting and electron-transfer reactions in photosystem II2022

    • Author(s)
      Keisuke Saito
    • Organizer
      International Symposium on Photosynthesis and Chloroplast Regulation
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Origin of electron paramagnetic resonance signals from the water-splitting complex in photosystem II2022

    • Author(s)
      西尾 俊哉、斉藤 圭亮、三野 広幸、石北 央
    • Organizer
      第14回筑波大学計算科学研究センター創立30周年記念シンポジウム
  • [Presentation] A newly designed hyperpolarized molecular probe enables the in vivo detection of aminopeptidase N activity from the tumor regions in animals2022

    • Author(s)
      Hiroyuki Yatabe, Yutaro Saito, Iori Tamura, Yohei Kondo, Ryo Ishida, Tomohiro Seki, Keita Hiraga, Akihiro Eguchi, Yoichi Takakusagi, Keisuke Saito, Nobu Oshima, Hiroshi Ishikita, Kazutoshi Yamamoto, Murali C. Krishna, Shinsuke Sando
    • Organizer
      WMIC2022
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 光合成反応中心における一方向の励起子電荷分離経路の分子論的起源2022

    • Author(s)
      田村 宏之、斉藤 圭亮、石北 央
    • Organizer
      第16回分子科学討論会
  • [Presentation] 光合成反応中心における一方向の励起子電荷分離 経路の起源2022

    • Author(s)
      田村 宏之、斉藤 圭亮、石北 央
    • Organizer
      2022年光化学討論会
  • [Presentation] 酵素反応速度論に立脚したアミノペプチダーゼ活性検出超偏極MRI分子プローブの開発2022

    • Author(s)
      齋藤 雄太朗、谷田部 浩行、田村 伊織、近藤 洋平、石田 諒、関智 宏、平賀 啓太、江口 晃弘、高草木 洋一、斉藤 圭亮、大嶋野 歩、石北 央、山本 和俊、Murali C. Krishna、山東 信介
    • Organizer
      第16回バイオ関連化学シンポジウム
  • [Presentation] 光受容タンパク質の色素が形成する低障壁水素結合における吸収波長2022

    • Author(s)
      辻村 真樹、田村 宏之、斉藤 圭亮、石北 央
    • Organizer
      第48回生体分子科学討論会
  • [Presentation] 低障壁水素結合における吸収波長のプロトン位置依存性2021

    • Author(s)
      辻村真樹、斉藤圭亮、石北央
    • Organizer
      第11回日本光合成学会年会・公開シンポジ ウム
  • [Presentation] 微生物型ロドプシンにおける吸収波長と分子機能の考察2021

    • Author(s)
      辻村真樹、野地智康、斉藤圭亮、小島慧一、須藤雄気、石北央
    • Organizer
      第47回生体分子科学討論会
  • [Presentation] アニオンチャネルロドプシンにおけるプロトンを介し たアニオン透過機構の解明2021

    • Author(s)
      辻村真樹、野地智康、斉藤圭亮、小島慧一、須藤雄気、石北央
    • Organizer
      第11回CSJ化学フェスタ2021
  • [Presentation] 光合成反応中心におけるプロトン移動経路同定と機能解明2021

    • Author(s)
      菅生優、斉藤圭亮、石北央
    • Organizer
      第10回日本生物物理学会関東支部会
  • [Presentation] 光合成反応中心におけるプロトン移動経路同定と機能解明2021

    • Author(s)
      菅生優、斉藤圭亮、石北央
    • Organizer
      第11回日本光合成学会
  • [Presentation] 光合成反応中心におけるプロトン移動経路同定と機能解明2021

    • Author(s)
      菅生優、斉藤圭亮、石北央
    • Organizer
      第47回生体分子科学討論会
  • [Presentation] 光合成反応中心におけるプロトン移動経路同定と機能解明2021

    • Author(s)
      菅生優、斉藤圭亮、石北央
    • Organizer
      第28回光合成セミナー
  • [Presentation] 光合成反応中心におけるプロトン移動経路同定と機能解明2021

    • Author(s)
      菅生優、斉藤圭亮、石北央
    • Organizer
      第11回CSJ化学フェスタ2021
  • [Presentation] Mechanism of the formation of proton transfer pathways in photosynthetic reaction centers2021

    • Author(s)
      Yu Sugo, Keisuke Saito, Hiroshi Ishikita
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] 光化学系Iにおける鉄硫黄錯体を介した特異な電子移動機構2021

    • Author(s)
      神田知樹、斉藤圭亮、石北央
    • Organizer
      第10回日本生物物理学会関東支部会
  • [Presentation] 光化学系Iにおける鉄硫黄錯体を介した特異な電子移動機構2021

    • Author(s)
      神田知樹、斉藤圭亮、石北央
    • Organizer
      第28回光合成セミナー
  • [Presentation] 光化学系Iにおける鉄硫黄錯体を介した特異な電子移動機構2021

    • Author(s)
      神田知樹、斉藤圭亮、石北央
    • Organizer
      第11回CSJ化学フェスタ2021
  • [Presentation] Electron Acceptor-Donor Iron Sites in the Iron-Sulfur Cluster of Photosynthetic Electron-Transfer Pathways2021

    • Author(s)
      神田知樹、斉藤圭亮、石北央
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会

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Published: 2023-12-25  

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