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2018 Fiscal Year Annual Research Report

蛍光ダイヤモンドを用いた1生体分子NMR観察法の確立

Research Project

Project/Area Number 18H01838
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

原田 慶恵  大阪大学, 蛋白質研究所, 教授 (10202269)

Project Period (FY) 2018-04-01 – 2021-03-31
Keywords生物物理
Outline of Annual Research Achievements

ダイヤモンド内の窒素-格子空隙中心(NVC)の電子スピンの量子状態は、磁場によって変化する。この変化は、NVCが発する蛍光強度の変化として、光検出磁気共鳴(ODMR)分光法により測定することが可能である。このNVCを用いた局所磁場測定法を超高感度化することで、生体分子1個の核磁気共鳴 (Nuclear Magnetic Resonance, NMR)に挑戦する。本年度は測定手法の要素技術開発として、ダイヤモンド内のNVC配置の設計を行った。ダイヤモンド基板はNV軸の方位を揃え感度を最大化するために(111)面を使用する。これまでに表面に形成した厚さ3.5μmのCVD膜に面直方向に配向した高密度(1.6×10^16cm^-3)のNVセンタが形成されているダイヤモンド基板が作製された。磁気ビーズを用いた計測により、どの程度の磁場が計測可能であるのかを見積もった。現状では1µm径磁性粒子検出に19s、500nm径磁性粒子検出に32sを要している。ダイヤモンド基板表面に近接した磁性粒子を検出するのにベストなNV層の厚さは磁性粒子径程度である。広範囲での高感度計測を行う場合には、NV数の絶対数が必要である。このために電子線照射により基板深度全体に高密度のNVセンタを作り込んだダイヤモンド基板を試作した。2mm×2mm×0.5mmのダイヤモンド基板に10^17cm^-2の電子線照射を行った。同基板により実験室中の環境磁場の計測を行った。日曜早朝の静寂な状態では環境磁場のレベルが最小となり、残りの磁場信号は2.3nT/√Hzとなった。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

NVCのODMRを用いて常温低磁場で核スピンを検出するには、現状20,000個の原子核からの信号が必要である。本研究では、まず既存の技術を極め2,000個の原子核を検出する方法を確立する。本年度はダイヤモンド基板の改良を行った。ダイヤモンド基板はNV軸の方位を揃え感度を最大化するために(111)面を使用する。これまでに表面に形成した厚さ3.5μmのCVD膜に面直方向に配向した高密度(1.6×10^16cm^-3)のNVセンタが形成されているダイヤモンド基板、2mm×2mm×0.5mmのダイヤモンド基板に10^17cm^-2の電子線照射を照射することで、より基板深度全体に高密度のNVセンタを作り込んだダイヤモンド基板を試作した。同基板により実験室中の環境磁場の計測を行った。日曜早朝の静寂な状態では環境磁場のレベルが最小となり、残りの磁場信号は2.3nT/√Hzとなった。10 nm立方に2,000個の^31P原子が含まれるDNAナノ構造の計測を想定した場合2,000個の^31Pが距離10 nmに生成する核磁化信号強度は約30 nTであるため核スピンを検出が期待できる。

Strategy for Future Research Activity

現在、NVCのODMRを用いて常温低磁場で核スピンを検出するには、20,000個の原子核からの信号が必要である。本研究では、まず既存の技術を極め2,000個の原子核を検出する方法を確立する。そのために、どのような実験条件が高感度化の鍵であるかを明らかにする。核スピンは、検出可能距離が10 nm程度と短いため、多数の原子をNVCから半径10 nmという狭い領域に閉じ込める必要がある。そこで、原子数を自在に操作しやすく、化学修飾も容易なDNAやDNAおりがみ技術で作製したDNAナノ構造(10 nm立方に1,000塩基対をパッキング可能)を観察対象に用いる。DNAには多数のリン原子(100%が核スピン1/2の31P同位体)が含まれるが、通常のタンパク質には31Pが含まれないことを利用し、ダイヤモンド基板に固定したタンパク質にDNAが相互作用する様子を可視化する。NVCの磁気感度は最新のダイナミックデカップリング技術を適用すれば検出帯域が従来法より2桁狭まることが確認されており、この程度の濃度であれば、0.1 μT/√Hzが期待できる。一方、2,000個の31Pが距離10 nmに生成する核磁化信号強度は約0.03 μTであるため、NVCの直上にDNAナノ構造が配置された場合でもその検出には10 秒の積算が必要である。ODMR計測には十分に強い励起光をダイヤモンド基板に照射しつつ、長時間の積算中にDNAの活性を維持するためには、励起光をダイヤモンド基板内に閉じ込め、DNA自体の露光は最小となるよう、全反射照明での光励起を行う。

  • Research Products

    (13 results)

All 2019 2018 Other

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 2 results) Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 3 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Enrichment of ODMR-active nitrogen-vacancy centres in five-nanometre-sized detonation-synthesized nanodiamonds: Nanoprobes for temperature, angle and position.2018

    • Author(s)
      Shingo Sotoma, Daiki Terada, Takuya F. Segawa, Ryuji Igarashi, Yoshie Harada and Masahiro Shirakawa
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 8 Pages: 5463

    • DOI

      10.1038/s41598-018-23635-5.

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] One-Pot Synthesis of Highly Dispersible Fluorescent Nanodiamonds for Bioconjugation2018

    • Author(s)
      Daiki Terada, Shingo Sotoma, Yoshie Harada, Ryuji Igarashi and Masahiro Shirakawa
    • Journal Title

      Bioconjug Chem.

      Volume: 29 Pages: 2786-2792

    • DOI

      10.1021/acs.bioconjchem.8b00412.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Fluorescent Nanodiamonds as a Robust Temperature Sensor inside a Single Cell2018

    • Author(s)
      Takeharu Sekiguchi,, Shingo Sotoma and Yoshie Harada
    • Journal Title

      Biophysics and Physicobiology

      Volume: 15 Pages: 229-234

    • DOI

      https://doi.org/10.2142/biophysico.15.0_229

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Magnetic field imaging of super-paramagnetic particles using high-density, perfectly oriented NV centres in diamond CVD film2018

    • Author(s)
      Yuji Hatano, Takeharu Sekiguchi, Takayuki Iwasaki, Mutsuko Hatano and Yoshie Harada
    • Journal Title

      Phys. Status Solidi A

      Volume: 215 Pages: 1800254

    • DOI

      10.1002/pssa.201800254

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Fluorescent Nanodiamonds as a Robust Temperature Sensor inside a Single Cell2019

    • Author(s)
      Yoshie Harada
    • Organizer
      Asian Chemical Biology Initiative 2019 Yangon Meeting
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Fluorescent nanodiamond as a robust temperature sensor inside a single cell2019

    • Author(s)
      Yoshie Harada
    • Organizer
      The Second International Workshop by the 174th Committee JSPS on Symbiosis of Biology and Nanodevices
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Studies on Biomolecules Using Single-Molecule Imaging Technique2019

    • Author(s)
      Yoshie Harada
    • Organizer
      Deutsch-Japan Kolloquien
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Diamond Sensor - Device and System Construction2019

    • Author(s)
      Yuji Hatano, Hayato Ozawa, Takayuki Iwasaki, Mutsuko Hatano, Susumu Yasuda, Takeshi Ohshima, and Yoshie Harada
    • Organizer
      The 1st International Forum on Quantum Sensing (IFQS2019)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Cell imaging with magnetic particle with on a diamond sensor2019

    • Author(s)
      Yoshie Harada, Takeharu Sekiguchi, Takayuki Iwasaki, Mutsuko Hatano, Yuji Hatano
    • Organizer
      9th FAOPS
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 高密度高配向NVセンタを含むダイヤモンドCVD膜によるバイオイメージング2018

    • Author(s)
      波多野雄治、関口武治、岩崎孝之、波多野睦子、原田慶恵
    • Organizer
      量子生命科学研究会・第2回学術集会
  • [Presentation] NVセンターの生命科学計測への適用2018

    • Author(s)
      原田慶恵、外間進悟、波多野雄治
    • Organizer
      第79回応用物理学会秋季学術講演会
    • Invited
  • [Presentation] NVセンターの生命科学計測への適用2018

    • Author(s)
      原田慶恵
    • Organizer
      蛋白研セミナー:構造生物学と計算科学の融合による動的構造生物学の新しい展開
    • Invited
  • [Remarks] 大阪大学 蛋白質研究所 原田慶恵研 研究テーマ

    • URL

      https://www.ccc.osaka-u.ac.jp/protein/nanobiology/research/

URL: 

Published: 2019-12-27  

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