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2020 Fiscal Year Annual Research Report

Directed evolution of peptides that recognize dye structures and its application for research tools

Research Project

Project/Area Number 18H02103
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

寺井 琢也  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 特任准教授 (00508145)

Project Period (FY) 2018-04-01 – 2021-03-31
Keywords有機色素 / ペプチド / 細胞イメージング / タンパク質精製 / 進化分子工学
Outline of Annual Research Achievements

本研究では「有機小分子の合理設計」と「生体高分子の配列改変」の2つのアプローチを有機的に統合することで、小分子・ペプチド複合体に基づく新規分子ツールの開発を目的としている。中でも小分子認識ペプチド、特に『色素分子の構造変化を可逆的に認識するポリペプチド』を進化分子工学的手法により取得することで、様々なケミカルバイオロジーへの応用を目指している。

本年度は「蛍光増強ポリペプチドを用いた新規細胞イメージング法」の開発を中心に研究を推進した。当初の計画ではポリペプチドの基本骨格としてランダムアミノ酸を多く含むループ状ペプチド(20-40残基)を考えていたが、前年度の研究においてあまり良好な結果が得られなかった事、また研究代表者の異動により研究環境が大きく変わったことから、既に特定の小分子リガンドを認識する事が知られているタグタンパク質に着目し、そのアミノ酸配列を進化分子工学的に改変する事で、周辺環境(イオン濃度、pHなど)に応じてタンパク質と色素との相互作用が可逆的に変化し、最終的に色素の蛍光強度が変わるタイプのイメージングセンサー分子の開発に研究の方向性をシフトした。より具体的には、ローダミン誘導体をクロロアルカンに修飾したリガンドを合成し、HaloTagタンパク質とカルシウム結合ペプチドとの融合タンパク質(数十種類を作製)に共有結合させた。この複合体にカルシウムを添加し、色素の蛍光強度を測定する事で、カルシウム濃度が低い時のみ色素とタンパク質との適切な相互作用が起こって蛍光強度が増強されるシステムを作ることに成功した。また、カルシウムキレータ―の添加によってこの蛍光増強が可逆的であることも確認した。

Research Progress Status

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (17 results)

All 2022 2021 Other

All Journal Article (2 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 1 results) Presentation (14 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Barcodes, co-cultures, and deep learning take genetically encoded biosensor multiplexing to the nth degree2022

    • Author(s)
      Terai Takuya、Campbell Robert E.
    • Journal Title

      Molecular Cell

      Volume: 82 Pages: 239~240

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2021.12.017

    • Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Interleukin-17A Peptide Aptamers with an Unexpected Binding Moiety Selected by cDNA Display under Heterogenous Conditions2021

    • Author(s)
      Anzai Hiroki、Terai Takuya、Wakabayashi-Nakao Kanako、Noguchi Taro、Kumachi Shigefumi、Tsuchiya Masayuki、Nemoto Naoto
    • Journal Title

      ACS Medicinal Chemistry Letters

      Volume: 12 Pages: 1427~1434

    • DOI

      10.1021/acsmedchemlett.1c00217

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] cDNA display法によるユビキチン化酵素(E3)基質配列のスクリーニング手法の開発研究2022

    • Author(s)
      劉建和、寺井琢也、CAMPBELL Robert
    • Organizer
      日本化学会 第102春季年会
  • [Presentation] ピペラジン誘導体と HaloTag-緑色蛍光タンパク質(GFP)融合タン パク質を用いた二酸化炭素検出蛍光バイオセンサーの開発2022

    • Author(s)
      柳町拓海、Kelvin Tsao、Wenchao Zhu、寺井琢也、Robert E. Campbell
    • Organizer
      日本化学会 第102春季年会
  • [Presentation] Rapid construction of L-lactate biosensor color variants by transposon-mediated insertion2022

    • Author(s)
      Fu Chai, Karl Matthew Lin, Yusuke Nasu, Takuya Terai, Robert E. Campbell
    • Organizer
      日本化学会 第102春季年会
  • [Presentation] 細胞内ナトリウムイオンのイメージングを目指した蛍光タンパク質有機分子融合型センサーの開発2022

    • Author(s)
      竹内 志織、Wenchao Zhu、寺井 琢也、Robert Campbell
    • Organizer
      日本化学会 第102春季年会
  • [Presentation] 小分子キレーターと蛍光タンパク質を用いた化学遺伝学的Ca2+センサーの開発2022

    • Author(s)
      朱 文超、寺井 琢也、那須 雄介、Robert Campbell
    • Organizer
      日本化学会 第102春季年会
  • [Presentation] 指向性進化を活用した新規 chemi-geneticカルシウム蛍光センサーの開発2021

    • Author(s)
      寺井 琢也、朱 文超、程 大洲、那須 雄介、CAMPBELL Robert
    • Organizer
      第15回 バイオ関連化学シンポジウム
  • [Presentation] Photoactive Yellow Protein タグを用いたchemi-genetic蛍光カルシウムイオンセンサーの開発2021

    • Author(s)
      門屋 颯人、那須 雄介, 寺井 琢也, Campbell Robert
    • Organizer
      第15回 バイオ関連化学シンポジウム
  • [Presentation] Prototype Screening of HaloTag-based Chemigenetic Indicators2021

    • Author(s)
      Dazhou Cheng, Wenchao Zhu, Takuya Terai, Yusuke Nasu, Robert E. Campbell
    • Organizer
      第15回 バイオ関連化学シンポジウム
  • [Presentation] Development of a new type of chemi-genetic calcium ion indicator2021

    • Author(s)
      Wenchao Zhu, Takuya Terai, Yusuke Nasu, Robert E. Campbell
    • Organizer
      Pacifichem 2021
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] In vitro selection of polypeptides using cDNA display technology2021

    • Author(s)
      Takua Terai, Naoto Nemoto
    • Organizer
      Pacifichem 2021
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Chemi-genetic fluorescent probes for visualizing local dynamics of metal ions2021

    • Author(s)
      Takuya Terai, Tomoya Hirata, Ryo Taguchi, Wenchao Zhu, Yasuteru Urano, Robert Earl Campbell
    • Organizer
      Pacifichem 2021
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Self-complementing split fluorescent protein-based biosensors for calcium ion2021

    • Author(s)
      Issei Yamaguchi, Yusuke Nasu, Takuya Terai, Robert E Campbell
    • Organizer
      Pacifichem 2021
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] cDNA display 技術を活用したプロテアーゼ蛍光プローブの開発2021

    • Author(s)
      寺井 琢也、藤谷 聡、根本 直人
    • Organizer
      日本化学会 第101春季年会
  • [Presentation] Towards a chemigenetic calcium ion sensor based on an engineered calmodulin and an environmentally sensitive synthetic dye fluorophore2021

    • Author(s)
      Peter Wojnicki, Kelvin Tsao, Yusuke Nasu, Takuya Terai, Robert Earl Campbell
    • Organizer
      日本化学会 第101春季年会
  • [Remarks] 東京大学大学院理学系研究科化学専攻生体分子化学研究室ホームページ

    • URL

      https://www.chem.s.u-tokyo.ac.jp/campbell/

URL: 

Published: 2022-12-28  

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