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2020 Fiscal Year Annual Research Report

Importance of lanthanides in microorganisms

Research Project

Project/Area Number 18H02129
Research InstitutionOkayama University

Principal Investigator

谷 明生  岡山大学, 資源植物科学研究所, 准教授 (00335621)

Project Period (FY) 2018-04-01 – 2021-03-31
KeywordsMethylotroph / Lanthanides / Methanol dehydrogenase
Outline of Annual Research Achievements

Methylobacterium属細菌は植物は放出するメタノールを利用してその地上部表面で優先するだけでなく、植物の成長を促進する重要な植物共生細菌である。メタノールの初発酸化酵素であるメタノール脱水素酵素(MDH)はカルシウム依存のもの(MxaF)が知られていたが、別のホモログ遺伝子(XoxF)がコードするMDHはランタノイド(Ln)依存であることが新しく発見された。これはLnが酵素の補因子となる初めての例である。また本属細菌はXoxF-MHを優先的に利用し、Ln非存在下のみMxaF-MDHを用いることから、本属細菌の生理生態にとってLnは重要な金属である。本研究ではこのLnに応じたMDH遺伝子発現制御機構の解明とLn存在下での各種遺伝子発現応答の解析を通じて、生物におけるLnの重要性を明らかにすることを目的としている。
Ln存在下で発現量が上がるタンパク質としてランモジュリン(LanM)があげられた。このタンパク質はLnを特異的に結合することが示されたが、その機能は不明であった。そこでLanM欠失株での各種メタノール代謝酵素遺伝子の発現、あるいは後者遺伝子欠失株でのLanM遺伝子発現を調べたところ、LanM欠失株ではXoxFとLn取り込みに関わるTonB-dependent receptor遺伝子の発現が下がることを見いだした。
一方、研究対象であるM. aquaticum 22A株はホルムアルデヒドの酸化に二種類の系(H4MPTとGSH依存酸化酵素)を持っている。これは前者だけを持つモデル菌株M. extorquensとは異なるため、詳細な検討を加えたところ後者も代謝に関与していることを示した。
さらに、本属細菌がメタノールへの走化性を持ち、走化性センサーもLnの有無により応答して発現量が変化することを見いだし、メタノールへの走化性センサーを3つ同定した。

Research Progress Status

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (14 results)

All 2021 2020 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 4 results) Presentation (8 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Int'l Joint Research] ムグラ大学(トルコ)

    • Country Name
      TURKEY
    • Counterpart Institution
      ムグラ大学
  • [Journal Article] Discovery of lanthanide-dependent methylotrophy and screening methods for lanthanide-dependent methylotrophs2021

    • Author(s)
      Tani Akio、Mitsui Ryoji、Nakagawa Tomoyuki
    • Journal Title

      Methods in Enzymology

      Volume: 650 Pages: 1~18

    • DOI

      10.1016/bs.mie.2021.01.031

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Preference for particular lanthanide species and thermal stability of XoxFs in Methylorubrum extorquens strain AM12020

    • Author(s)
      Wang Lun、Hibino Ayumi、Suganuma Souya、Ebihara Akio、Iwamoto Satoshi、Mitsui Ryoji、Tani Akio、Shimada Masaya、Hayakawa Takashi、Nakagawa Tomoyuki
    • Journal Title

      Enzyme and Microbial Technology

      Volume: 136 Pages: 109518~109518

    • DOI

      10.1016/j.enzmictec.2020.109518

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Methylotenera oryzisoli sp. nov., a lanthanide-dependent methylotrophic bacteria isolated from rice field soil2020

    • Author(s)
      Lv Haoxin、Sahin Nurettin、Tani Akio
    • Journal Title

      International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology

      Volume: 70 Pages: 2713~2718

    • DOI

      10.1099/ijsem.0.004098

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Lanthanide-Dependent Methanol and Formaldehyde Oxidation in Methylobacterium aquaticum Strain 22A2020

    • Author(s)
      Yanpirat Patcha、Nakatsuji Yukari、Hiraga Shota、Fujitani Yoshiko、Izumi Terumi、Masuda Sachiko、Mitsui Ryoji、Nakagawa Tomoyuki、Tani Akio
    • Journal Title

      Microorganisms

      Volume: 8 Pages: 822~822

    • DOI

      10.3390/microorganisms8060822

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Regulation of lanthanide-dependent methanol oxidation pathway in the legume symbiotic nitrogen-fixing bacterium Bradyrhizobium sp. strain Ce-32020

    • Author(s)
      Pastawan Viagian、Suganuma Soya、Mizuno Kosuke、Wang Lun、Tani Akio、Mitsui Ryoji、Nakamura Kohei、Shimada Masaya、Hayakawa Takashi、Fitriyanto Nanung Agus、Nakagawa Tomoyuki
    • Journal Title

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      Volume: 130 Pages: 582~587

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2020.07.012

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Bacteria with natural chemotaxis towards methanol revealed by chemotaxis fishing technique2021

    • Author(s)
      谷 明生
    • Organizer
      日本農芸化学会 中四国支部 第58回講演会
    • Invited
  • [Presentation] Molecular mechanism of methylotaxis in Methylobacterium aquaticum strain 22A2021

    • Author(s)
      菊池志保、藤谷良子、加藤純一、谷 明生
    • Organizer
      日本農芸化学会大会
  • [Presentation] Comparative genomic analysis of the pink pigmented facultative methylotrophs (PPFM)2021

    • Author(s)
      Ola Alessa, Nurettin Sahin, Yoshihisa Ogura, Tetsuya Hayashi, Akio Tani
    • Organizer
      日本農芸化学会大会
  • [Presentation] Genetic and functional analysis of siderophore in Methylobacterium aquaticum 22A2021

    • Author(s)
      Patrick Juma, Ola Alessa, Yoshiko Fujitani, Tokitaka Oyama, Hiroya Yurimoto, Yasuyoshi Sakai, Akio Tani
    • Organizer
      日本農芸化学会大会
  • [Presentation] 蛍光タンパク質を発現させた Methylobacterium 属細菌のアカシソ上での動態解析2021

    • Author(s)
      片山志織、由里本博也、谷明生、阪井康能
    • Organizer
      日本農芸化学会大会
  • [Presentation] 植物葉上共生細菌Methylorubrum extorquens AM1のランタノイド依存型メタノールデヒドロゲナーゼアイソザイムのレポーター遺伝子を用いた発現解析2020

    • Author(s)
      山下颯太,吉川友理, 谷 明生,中川智行,矢野嵩典,三井亮司
    • Organizer
      農芸化学会中四国支部講演会
  • [Presentation] 植物葉上共生細菌Methylorubrum extorquens AM1のランタノイド依存型メタノールデヒドロゲナーゼアイソザイムXoxF2の解析2020

    • Author(s)
      竹内赴登、山下颯太、谷 明生、中川智行、矢野嵩典、三井亮司
    • Organizer
      農芸化学会中四国支部講演会
  • [Presentation] Methylobacterium 属細菌におけるメタノール走化性の分子メカニズムの解明2020

    • Author(s)
      菊池志保、谷 明生
    • Organizer
      岡山バイオアクティブ研究会第57回シンポジウム

URL: 

Published: 2021-12-27  

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