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2021 Fiscal Year Annual Research Report

Comprehensive understanding of the role of giant viruses in the aquatic microbial ecosystem

Research Project

Project/Area Number 18H02279
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

緒方 博之  京都大学, 化学研究所, 教授 (70291432)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 長崎 慶三  高知大学, 教育研究部自然科学系理工学部門, 教授 (00222175)
吉田 天士  京都大学, 農学研究科, 教授 (80305490)
Project Period (FY) 2018-04-01 – 2022-03-31
Keywords巨大ウイルス / 進化 / 生態
Outline of Annual Research Achievements

第一に、高知県浦ノ内湾で1年半に及ぶ長期観測を行い、真核微生物、真核微生物に感染する巨大ウイルス(イミテルウイルス目)、原核生物の群集遷移解析を行った。全ての微生物・ウイルス群集が四季による季節変動を示すことを明らかにした。特に、巨大ウイルスの群集構造が季節変動を示すことは本研究で始めて明らかになった。また、群集変動速度が群集により異なることが示された。具体的にはウイルスが最も速く、次に真核微生物であり、原核生物の群集変動速度は最も低かった。これは、微生物群集を構成する種のニッチ幅が、微生物群集ごとに異なることに由来すると考えられた。例えば、ウイルスの出現は真核生物の出現に依存するが、同一の真核微生物に感染するウイルスがその時々で増加したり、しなかったりすることが、ウイルスの群集変異速度が高い理由と考えられた(Prodinger et al. 2022)。同様の解析を、時系列ではなく、局域(北極海)で同時期に行った解析でも、真核微生物群集と巨大ウイルス群集に強い相関が得られた(Xia et al. 2022)。これらの結果に基づき、頻度分布から巨大ウイルスと真核微生物宿主の関係を予測する方法を精査した。その結果、共起分析解析により、ある程度の予測が可能であることを示すことができた(Meng et al., 2021)。巨大ウイルスの遺伝子進化に関しても、真核微生物の初期進化過程で、細胞内骨格・細胞内輸送に関わる遺伝子をウイルスと生物で相互に水平伝播している様相を確認した(Da Cunha et al., 2022, Kijima et al., 2021)。巨大ウイルスの一種であるメドゥーサウイルスのトランスクリプトーム解析を行い、感染初期に、核内にウイルス由来タンパク質を輸送し、核のリモデリングが行われる可能性を支持する結果を得た(Zhang et al., 2021)。

Research Progress Status

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (11 results)

All 2022 2021 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 4 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results)

  • [Int'l Joint Research] パスツール研究所/CNRS/CEA(フランス)

    • Country Name
      FRANCE
    • Counterpart Institution
      パスツール研究所/CNRS/CEA
  • [Journal Article] Giant Viruses Encode Actin-Related Proteins2022

    • Author(s)
      Da Cunha Violette、Gaia Morgan、Ogata Hiroyuki、Jaillon Olivier、Delmont Tom O、Forterre Patrick
    • Journal Title

      Molecular Biology and Evolution

      Volume: 39 Pages: msac022

    • DOI

      10.1093/molbev/msac022

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Year-round dynamics of amplicon sequence variant communities differ among eukaryotes, <i>Imitervirales</i> and prokaryotes in a coastal ecosystem2021

    • Author(s)
      Prodinger Florian、Endo Hisashi、Takano Yoshihito、Li Yanze、Tominaga Kento、Isozaki Tatsuhiro、Blanc-Mathieu Romain、Gotoh Yasuhiro、Hayashi Tetsuya、Taniguchi Etsunori、Nagasaki Keizo、Yoshida Takashi、Ogata Hiroyuki
    • Journal Title

      FEMS Microbiology Ecology

      Volume: 97 Pages: fiab167

    • DOI

      10.1093/femsec/fiab167

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] RNA Sequencing of Medusavirus Suggests Remodeling of the Host Nuclear Environment at an Early Infection Stage2021

    • Author(s)
      Zhang Ruixuan、Endo Hisashi、Takemura Masaharu、Ogata Hiroyuki
    • Journal Title

      Microbiology Spectrum

      Volume: 9 Pages: e0006421

    • DOI

      10.1128/Spectrum.00064-21

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Discovery of Viral Myosin Genes With Complex Evolutionary History Within Plankton2021

    • Author(s)
      Kijima Soichiro、Delmont Tom O.、Miyazaki Urara、Gaia Morgan、Endo Hisashi、Ogata Hiroyuki
    • Journal Title

      Frontiers in Microbiology

      Volume: 12 Pages: 683294

    • DOI

      10.3389/fmicb.2021.683294

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Quantitative Assessment of Nucleocytoplasmic Large DNA Virus and Host Interactions Predicted by Co-occurrence Analyses2021

    • Author(s)
      Meng Lingjie、Endo Hisashi、Blanc-Mathieu Romain、Chaffron Samuel、Hern?ndez-Vel?zquez Rodrigo、Kaneko Hiroto、Ogata Hiroyuki
    • Journal Title

      mSphere

      Volume: 6 Pages: e01298-20

    • DOI

      10.1128/mSphere.01298-20

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] なんでもありのウイルス進化、だから難しい、だから面白い!2021

    • Author(s)
      緒方博之
    • Organizer
      第六回微生物生態マラソンセミナー
  • [Presentation] ナノポアシークエンスを用いた新規巨大ウイルスの迅速同定法2021

    • Author(s)
      疋田弘之, 岡﨑友輔, 緒方博之
    • Organizer
      日本共生生物学会第5回大会
  • [Presentation] Characteristics and association of microbial eukaryotic and Mimiviridae communities in the Beaufort Sea2021

    • Author(s)
      Jun Xia, Sohiko Kameyama, Florian Prodinger, Takashi Yoshida, Kyoung-Ho Cho, Jinyoung Jung, Sung-Ho Kang, Eun-Jin Yang, Hiroyuki Ogata, Hisashi Endo
    • Organizer
      10th Aquatic Virus Workshop
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Who infects whom? Assessment of Co-occurrence Methods for NCLDV-Host Interactions2021

    • Author(s)
      Lingjie Meng, Hisashi Endo, Romain Blanc-Mathieu, Samuel Chaffron, Rodrigo Hernandez-Velazquez, Hiroto Kaneko, Hiroyuki Ogata
    • Organizer
      10th Aquatic Virus Workshop
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Detecting recombination signals between giant viruses using metagenomic data2021

    • Author(s)
      Garcia K., Okazaki Y., Endo H., Ogata H.
    • Organizer
      The 44th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan

URL: 

Published: 2022-12-28  

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