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2018 Fiscal Year Annual Research Report

RNA依存性エフェクター複合体の構造機能解析

Research Project

Project/Area Number 18H02384
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

西増 弘志  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 准教授 (00467044)

Project Period (FY) 2018-04-01 – 2021-03-31
KeywordsRNAサイレンシング / CRISPR
Outline of Annual Research Achievements

非コードRNAが司る遺伝子制御は原核生物から真核生物に至るまで広く保存された分子機構である。これらの分子機構では非コードRNAがガイドRNAとしてはたらき、RNA依存性ヌクレアーゼを標的となる核酸に導くという共通原理が存在する。しかし、その分子機構はきわめて多様であり、不明な点が多く残されている。
本年度は、ショウジョウバエ由来Piwiタンパク質に関して結晶構造解析を推進した。Piwiを特異的に認識するモノクローナル抗体をCNBr活性化セファロース樹脂に固定化した抗体カラムを作製し、ショウジョウバエ卵巣由来培養細胞から内在性のPiwi-piRNA複合体を回収した。Piwi-piRNA複合体の結合したセファロース樹脂をプロテアーゼで処理することにより、Piwi-piRNA複合体を抗体樹脂から単離することに成功した。さらに、イオン交換カラムとゲルろ過カラムを用いてPiwi-piRNA複合体を高純度に精製した。精製試料を用いて結晶化スクリーニングを行い、結晶を得て、大型放射光施設SPring-8においてX線回折データを収集した。既知Argonauteの構造を用いた分子置換法により位相決定を行い、電子密度マップを得た。また、Piwiの構造解析に加え、ゲノム編集に利用されているS. pyogenes由来Cas9(SpCas9)に7つのアミノ酸変異を導入することにより、野生型SpCas9と異なり、NGGではなくNGという配列(1塩基のグアニン)をPAMとして認識するCas9改変体(SpCas9-NG)を作製し、ゲノム編集の適用範囲を拡張することに成功した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

Piwi-piRNA複合体の調製、結晶化に成功したため。

Strategy for Future Research Activity

Piwi-piRNA複合体の構造解析を推進する。

  • Research Products

    (8 results)

All 2019 2018 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 1 results) Presentation (2 results) (of which Invited: 2 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Broad Institute(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      Broad Institute
  • [Journal Article] Genome editing in plants by engineered CRISPR?Cas9 recognizing NG PAM2019

    • Author(s)
      Endo Masaki、Mikami Masafumi、Endo Akira、Kaya Hidetaka、Itoh Takeshi、Nishimasu Hiroshi、Nureki Osamu、Toki Seiichi
    • Journal Title

      Nature Plants

      Volume: 5 Pages: 14~17

    • DOI

      10.1038/s41477-018-0321-8

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cap-specific terminal N6-methylation of RNA by an RNA polymerase II?associated methyltransferase2019

    • Author(s)
      Akichika Shinichiro、Hirano Seiichi、Shichino Yuichi、Suzuki Takeo、Nishimasu Hiroshi、Ishitani Ryuichiro、Sugita Ai、Hirose Yutaka、Iwasaki Shintaro、Nureki Osamu、Suzuki Tsutomu
    • Journal Title

      Science

      Volume: 363 Pages: eaav0080

    • DOI

      10.1126/science.aav0080

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural insights into cGAMP degradation by Ecto-nucleotide pyrophosphatase phosphodiesterase 12018

    • Author(s)
      Kato Kazuki、Nishimasu Hiroshi、Oikawa Daisuke、Hirano Seiichi、Hirano Hisato、Kasuya Go、Ishitani Ryuichiro、Tokunaga Fuminori、Nureki Osamu
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 9 Pages: 4424

    • DOI

      10.1038/s41467-018-06922-7

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Engineered CRISPR-Cas9 nuclease with expanded targeting space2018

    • Author(s)
      Nishimasu Hiroshi、Shi Xi、Ishiguro Soh、Gao Linyi、Hirano Seiichi、Okazaki Sae、Noda Taichi、Abudayyeh Omar O.、Gootenberg Jonathan S.、Mori Hideto、Oura Seiya、Holmes Benjamin、Tanaka Mamoru、Seki Motoaki、Hirano Hisato、Aburatani Hiroyuki、Ishitani Ryuichiro、Ikawa Masahito、Yachie Nozomu、Zhang Feng、Nureki Osamu
    • Journal Title

      Science

      Volume: 361 Pages: 1259~1262

    • DOI

      10.1126/science.aas9129

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] 立体構造に基づく CRISPR-Cas9の分子改変2018

    • Author(s)
      西増 弘志
    • Organizer
      MBSJ2018
    • Invited
  • [Presentation] Engineered CRISPR-Cas9 recognizing a single guanine PAM2018

    • Author(s)
      Hiroshi Nishimasu
    • Organizer
      第91回日本生化学会大会
    • Invited
  • [Remarks]

    • URL

      https://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2018/6021/

URL: 

Published: 2021-01-27  

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