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2018 Fiscal Year Annual Research Report

Systematic mutational analysis of a relationship between a protein's immunogenicity and aggregation tendency using Solubility Conttroling Peptide (SCP) tags

Research Project

Project/Area Number 18H02385
Research InstitutionTokyo University of Agriculture and Technology

Principal Investigator

黒田 裕  東京農工大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (10312240)

Project Period (FY) 2018-04-01 – 2022-03-31
Keywords生物物理 / バイオインフォマティクス / バイオテクノロジー / 免疫原性 / ウイルスタンパク質 / デング / 溶解性制御タグ / 免疫増強
Outline of Annual Research Achievements

本研究は、申請者が開発したタンパク質の溶解性制御ペプチドタグ(SCPタグ; 特許5273438;3~5残基の短い配列である)が抗原タンパク質の免疫原性を向上するという発見に基づく。研究では、抗原タンパク質の会合状態(「会合」及び「凝集」はタンパク質の不定形で可溶な会合体(又は凝集体)を指す)をはじめとする物理化学的性質(以下、物性)とその免疫原性との関係を系統的かつ定量的に解明し、その結果に基づいた免疫原性の新しい制御法を開発する。そのため、モデルタンパク質のデングウイルス由来の糖エンベロープタンパク質第3ドメイン(以下、ED3)又は牛膵臓トリプシン阻害タンパク質(BPTI変異体)の末端に3~5個の同一アミノ酸からなるSCPタグを付加することで可溶な凝集体(sub-visible aggregate)に可逆的に会合させ、形成された凝集体の物性を30種類以上のSCPタグに対して検証する。次に、SCPタグを付加したモデルタンパク質をマウスに皮下注射し、免疫応答の向上及び低下を全種類のSCPタグに対して検証する。
平成30年度には、SCPタグをBPTI変異体の末端に付加することで会合を制御することが可能であると示し、会合体形成の温度、濃度及びSCPタグ配列種の依存性を、分光学的な測定を用いて詳細に検証した。その結果、5残基のイソロイシンから成るSCPタグ(Ile-タグ)を付加することによりBPTI変異体の粒子半径3~4nmのsub-visible 会合体が形成されることを示した。さらに、マウスを用いた免疫応答の予備実験を実施したところ、BPTIを会合させるIle-タグが免疫原性を増強させることが示唆された。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

研究開始時には組み換えタンパク質の発現と精製に時間がかかり、計画がやや遅れ気味になった。また、平成30年10月、タンパク質精製に使用していた凍結乾燥機及び真空ポンプ装置に不測の故障が生じたため 、当装置の修理・調整が必要となり、 タンパク質精製の再開までに2ヶ月間を要した。しかしその後、実験設備がすべて揃い、タンパク質精製を順調に進めることができた。よって、平成30年度に予定していたタンパク質凝集の分光学的な測定も多少は遅れながら殆ど実施できた。以上、令和元年度末までには、当初計画の通り又はそれ以上に研究が進展できると考える。

Strategy for Future Research Activity

平成30年度までの研究では、主にBPTIをモデルタンパク質に用いてタンパク質の凝集性と免疫原性の相関を検証した。令和元年度には、さらに多くの種類のSCPタグの効果を検証し、デング3由来ED3とデング4型由来のED3(PDBID=3WE1)を用いて免疫原性の実験を行う。その結果、タンパク質の凝集性と免疫原性の相関が普遍的であることを検証すると共に、SCPタグによる免疫原性向上法の汎用性を評価する。

  • Research Products

    (23 results)

All 2019 2018 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 1 results) Presentation (18 results) (of which Invited: 4 results) Book (1 results)

  • [Int'l Joint Research] チッタゴン大学・理学部(バングラデシュ)

    • Country Name
      BANGLADESH
    • Counterpart Institution
      チッタゴン大学・理学部
  • [Int'l Joint Research] モンペリエ大学・構造生化学研究センター(フランス)

    • Country Name
      FRANCE
    • Counterpart Institution
      モンペリエ大学・構造生化学研究センター
  • [Journal Article] Large-scale all-atom molecular dynamics alanine-scanning of IAPP octapeptides provides insights into the molecular determinants of amyloidogenicity2019

    • Author(s)
      Tambi Richa、Morimoto Gentaro、Kosuda Satoshi、Taiji Makoto、Kuroda Yutaka
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 9(1) Pages: 2530

    • DOI

      10.1038/s41598-018-38401-w

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Design and assessment of an active anti-epidermal growth factor receptor (EGFR) single chain variable fragment (ScFv) with improved solubility2019

    • Author(s)
      Nautiyal Kalpana、Kibria Md Golam、Akazawa-Ogawa Yoko、Hagihara Yoshihisa、Kuroda Yutaka
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 508(4) Pages: 1043~1049

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2018.11.170

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 液液相分離の粗粒化モデル作成2019

    • Author(s)
      小原 真、河村 直樹、黒田 裕
    • Organizer
      第8回日本生物物理学会関東支部会
  • [Presentation] DEN4ED3におけるプロ配列(pro region)付加によるジスルフィド結合の形成に関する解析2019

    • Author(s)
      山本 裕子、早乙女 友規、黒田 裕
    • Organizer
      第8回日本生物物理学会関東支部会
  • [Presentation] BPTIをモデルタンパク質に用いた疎水性ペプチドタグの付加によるアモルファス会合体の細胞毒性2019

    • Author(s)
      前田 華子、Velmurugan Punitha, Aklima Jannatul, 太田 善浩、黒田 裕
    • Organizer
      第8回日本生物物理学会関東支部会
  • [Presentation] 疎水性の短いペプチドタグを付加したデングウイルス由来エンベロープタンパク質第3ドメインの免疫原性及び物性の解析2019

    • Author(s)
      塩飽 祐佳里、三浦 史帆、黒田 裕
    • Organizer
      第8回日本生物物理学会関東支部会
  • [Presentation] SCPタグを付加したBPTIの溶解傾向性におけるアミノ酸の寄与の探究2019

    • Author(s)
      髙木 開生、黒田 裕
    • Organizer
      第8回日本生物物理学会関東支部会
  • [Presentation] Nanometer scale sub-visible aggregates can enhance a protein’s immunogenicity2018

    • Author(s)
      Rahman Nafsoon, Islam M Mohammad, Kuroda Yutaka
    • Organizer
      第41回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] 短いペプチドタグを付加したデングウイルス由来エンベロープタンパク質第3ドメインにおける会合状態および免疫原性の評価2018

    • Author(s)
      三浦 史帆、Islam M Mohammad、黒田 裕
    • Organizer
      第41回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] Design and development of a soludle single-chain variable fragment (ScFc biological activity)2018

    • Author(s)
      Kibria Md Golam, Nautiyal Kalpana, Akazawa-Ogawa Yoko, Hagihara Yoshihisa, Kuroda Yutaka
    • Organizer
      第41回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] 深層学習を用いたドメインリンカー予測2018

    • Author(s)
      松沢 佑紀、河村 直樹、黒田 裕
    • Organizer
      第41回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] 格子モデルを用いたタンパク質凝集のシミュレーション2018

    • Author(s)
      小原 真、河村 直樹、黒田 裕
    • Organizer
      第41回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] 生物情報科学的手法を用いた蛋白質の構造・物性解析とその実験的検証2018

    • Author(s)
      黒田 裕 (座長:渡辺元)
    • Organizer
      第161回日本獣医学会学術集会
    • Invited
  • [Presentation] 蛋白質立体構造解析のフロンティア2018

    • Author(s)
      黒田 裕(オーガナイザー:城所 俊一)
    • Organizer
      第18回日本蛋白質科学会年会
    • Invited
  • [Presentation] 蛋白質・ペプチドの凝集と膜のないオルガネラ2018

    • Author(s)
      黒田 裕(オーガナイザー:永井 義隆)
    • Organizer
      第18回日本蛋白質科学会年会
    • Invited
  • [Presentation] 蛋白質のアモルファス凝集の生物物理学的研究2018

    • Author(s)
      黒田 裕
    • Organizer
      第18回日本蛋白質科学会年会
    • Invited
  • [Presentation] K4型デングウイルス由来エンベロープ第3ドメインの封入体の巻き戻しから生じる構造の異なる二種類のコンホマーに関する考察2018

    • Author(s)
      早乙女 友規、山崎 俊夫、黒田 裕
    • Organizer
      第18回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] 短いペプチドタグを付加したデングウイルス由来エンベロープ蛋白質ドメイン3における会合状態および免疫原性の評価2018

    • Author(s)
      三浦 史帆、Islam M Mohammad、黒田 裕
    • Organizer
      第18回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] Enhancing Solubility of Anti-EGFR Single chain Antibody Fragment (ScFV) via Solubility Enhancing Peptides (SEP) Tags2018

    • Author(s)
      Nautiyal Kalpana, Kibria Md.Golam, Akazawa-Ogawa Yoko, Hagihara Yoshihisa, Kuroda Yutaka
    • Organizer
      第18回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] Biophysical characterization of an insoluble species formed by a chemically intact single disulfide bonded BPTI2018

    • Author(s)
      Velmurugan Punitha, Kuroda Yutaka
    • Organizer
      第18回日本蛋白質科学会年会
  • [Book] タンパク質のアモルファス凝集と溶解性―基礎研究からバイオ産業・創薬研究への応用まで―2019

    • Author(s)
      黒田 裕、有坂 文雄(監修)
    • Total Pages
      283
    • Publisher
      シーエムシー出版
    • ISBN
      978-4-7813-1397-9

URL: 

Published: 2021-01-27  

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