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2019 Fiscal Year Annual Research Report

Systematic mutational analysis of a relationship between a protein's immunogenicity and aggregation tendency using Solubility Conttroling Peptide (SCP) tags

Research Project

Project/Area Number 18H02385
Research InstitutionTokyo University of Agriculture and Technology

Principal Investigator

黒田 裕  東京農工大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (10312240)

Project Period (FY) 2018-04-01 – 2022-03-31
Keywords生物物理 / バイオインフォマティクス / バイオテクノロジー / 免疫原性 / ウイルスタンパク質 / デング / 溶解性制御タグ / 免疫増強
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、研究代表者が開発したSCPタグ(ペプチド系溶解性制御タグ)を用いて、抗原タンパク質の凝集又は会合が、その免疫原性に与える影響とその分子機構を物理化学的な視点から系統的に解析することを目的とした。SCPタグは、対象タンパク質の末端に付加することで、溶媒条件を変えずにタンパク質の溶解性のみを制御するための3~5残基の短い配列である。
SCPタグの免疫原性への効果が普遍的であることを示すため、研究代表者がタンパク質の折り畳み研究で用いた牛膵臓トリプシン阻害タンパク質(分子量=6.5kDa)と、アジアの広い地域で公衆衛生上の大きな問題となっているデング熱の病原体であるデングウイルス由来の糖エンベロープタンパク質第3ドメイン (以下ED3; 分子量=12kDa)を用いた。ED3は、ウイルスと宿主細胞の膜融合に必須な部位と抗体認識部位の両者を有するため、ウイルス感染において極めて重要なタンパク質である。昨年度は、SCPタグをED3タンパク質の末端に付加することで会合度が制御可能であることを示し、会合度の温度、濃度及びSCPタグ配列種の依存性を、生物物理学的な測定を用いて詳細に検証した。令和元年度には、Ile から成るSCPタグ付加して会合させたED3を用いた免疫応答実験を本格的に実施した。SCPタグ付加ED3をマウスに週1回、5週間皮下注射し、その尾から血液を採取して、ED3のインビボ免疫原性をELISA法によって測定した。その結果、4か5残基のIleから成るSCPタグが免疫原性を飛躍的に向上させることを明らかにした。さらに、SCPタグの免疫原性向上のメカニズムを解析し、長期免疫記録が取得されていることが示唆された。今後は、SCPタグによる免疫原性の向上メカニズムをさらに詳しく調べ、抗デングウイルスワクチンの開発への応用を検討する予定である。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

研究計画開始直後は試料調整に遅れが出てしまい、全体的に遅れ気味になった。しかし、試料調整の問題が解決した後の実験は順調に進み、特に免疫実験においては、一部の実験が前倒しで遂行出来た。ただし、現在はコロナウイルスのため緊急事態が発生しており、再び進行が遅れ気味になりつつあるが、6月から一部の実験再開を目指している。

Strategy for Future Research Activity

令和元年度の実験は順調に進み、会合体形成と免疫原性の間に強い相関があることが示せ、さらに免疫原性向上のメカニズムを探り始めている。今後は、凝集による免疫原性向上の分子機構をさらに詳しく解明し、長期免疫記録の取得の有無を詳しく調べる予定である。さらに、SCPタグによる免疫原性の向上を、ワクチン開発への応用を検討する予定である。

  • Research Products

    (21 results)

All 2020 2019 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (7 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 5 results) Presentation (11 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 3 results) Book (1 results)

  • [Int'l Joint Research] チッタゴン大学・理学部(バングラデシュ)

    • Country Name
      BANGLADESH
    • Counterpart Institution
      チッタゴン大学・理学部
  • [Int'l Joint Research] モンペリエ大学・構造生化学研究センター(フランス)

    • Country Name
      FRANCE
    • Counterpart Institution
      モンペリエ大学・構造生化学研究センター
  • [Journal Article] Nanometer-Sized Aggregates Generated Using Short Solubility Controlling Peptide Tags Do Increase the In Vivo Immunogenicity of a Nonimmunogenic Protein2020

    • Author(s)
      Rahman Nafsoon、Islam Mohammad Monirul、Unzai Satoru、Miura Shiho、Kuroda Yutaka
    • Journal Title

      Molecular Pharmaceutics

      Volume: 17(5) Pages: 1629~1637

    • DOI

      10.1021/acs.molpharmaceut.0c00071

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Anti-Dengue ED3 Long-Term Immune Response With T-Cell Memory Generated Using Solubility Controlling Peptide Tags2020

    • Author(s)
      Islam Mohammad M.、Miura Shiho、Hasan Mohammad N.、Rahman Nafsoon、Kuroda Yutaka
    • Journal Title

      Frontiers in Immunology

      Volume: 11 Pages: 333

    • DOI

      10.3389/fimmu.2020.00333

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] How A Novel Scientific Concept Was Coined the “Molten Globule State”2020

    • Author(s)
      Kuroda Yutaka、Endo Shigeru、Nakamura Haruki
    • Journal Title

      Biomolecules

      Volume: 10 Pages: 269~269

    • DOI

      10.3390/biom10020269

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A novel caged Cookson‐type reagent toward a practical vitamin D derivatization method for mass spectrometric analyses2019

    • Author(s)
      Seki Masahiko、Sato Makoto、Takiwaki Masaki、Takahashi Koji、Kikutani Yoshikuni、Satoh Mamoru、Nomura Fumio、Kuroda Yutaka、Fukuzawa Seketsu
    • Journal Title

      Rapid Communications in Mass Spectrometry

      Volume: 34 Pages: -

    • DOI

      10.1002/rcm.8648

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Folding of the Ig-like domain of the envelope protein from dengue virus analyzed by high hydrostatic pressure NMR at a residue-level resolution2019

    • Author(s)
      Saotome Tomonori, Doret Maxime, Kulkarni R Manjiri, Yang Yin-Shan, Barthe Philippe, Kuroda Yutaka, Roumestand Christian
    • Journal Title

      Biomolecules

      Volume: 9(8) Pages: 309~309

    • DOI

      10.3390/biom9080309

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Misfolding of a Single Disulfide Bonded Globular Protein into a Low-Solubility Species Conformationally and Biophysically Distinct from the Native One2019

    • Author(s)
      Saotome Tomonori、Yamazaki Toshio、Kuroda Yutaka
    • Journal Title

      Biomolecules

      Volume: 9(6) Pages: 250~250

    • DOI

      10.3390/biom9060250

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Hydrophobic surface residues can stabilize a protein through improved water?protein interactions2019

    • Author(s)
      Islam Mohammad M.、Kobayashi Kei、Kidokoro Shun‐Ichi、Kuroda Yutaka
    • Journal Title

      The FEBS Journal

      Volume: 286(20) Pages: 4122~4134

    • DOI

      10.1111/febs.14941

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] 溶解性制御タグ(SCPタグ)を用いたタンパク質凝集体の形成速度の解析及びその制御法の開発2020

    • Author(s)
      Onchaiya Sawaros、Velmurugan Punitha、黒田裕
    • Organizer
      第9回日本生物物理学会関東支部会
  • [Presentation] Pictet-Spengler 反応を用いた抗EGFR-VHHのN末端特異的蛍光標識2020

    • Author(s)
      福谷 星、福沢 世傑、黒田 裕
    • Organizer
      第9回日本生物物理学会関東支部会
  • [Presentation] 静電相互作用により会合したデングED3タンパク質凝集体の物性と免疫原性の評価2020

    • Author(s)
      大川 真実、Rahman Nafsoon、三浦 史帆、黒田 裕
    • Organizer
      第9回日本生物物理学会関東支部会
  • [Presentation] Biophysical analysis of protein solubility and aggregation2019

    • Author(s)
      Kuroda Yutaka
    • Organizer
      International Powder and Nanotechnology Forum(IPNF) 2019
    • Invited
  • [Presentation] Investigation on the relationship between cytotoxicity and amorphous oligomers2019

    • Author(s)
      Velmurugan Punitha, Aklima Jannatul, Ohta Yoshihiro, Kuroda Yutaka
    • Organizer
      第5回国立精神神経医療センター・東京農工大学合同シンポジウム
  • [Presentation] Biophysical studies of protein misfolding, solubility,and aggregation2019

    • Author(s)
      Yutaka Kuroda, Tomonori Saotome
    • Organizer
      The 19th KIAS(Korea Institute for Advanced Study) Conference on Protein Structure and Function
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Investigation on the relationship between cytotoxicity and amorphous oligomers2019

    • Author(s)
      Velmurugan Punitha, Aklima Jannatul, Ohta Yoshihiro, Kuroda Yutaka
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Nanometer scale sub-visible aggregates can enhance a protein's immunogenicity2019

    • Author(s)
      Rahman Nafsoon, Islam M Mohammad, Unzai Satoru, Kuroda Yutaka
    • Organizer
      第19回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] Biophysical and immunological study of natively folded and low soluble precipitate species of anti-EGFR single domain antibody (VHH)2019

    • Author(s)
      Kibria Md Golam, Akazawa-Ogawab Yoko, Hagihara Yoshihisa, Kuroda Yutaka
    • Organizer
      第19回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] 深層学習によるドメインリンカー予測の改良2019

    • Author(s)
      松沢 佑紀、黒田 裕
    • Organizer
      第19回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] Biophysical studies of a protein’s amorphous aggregation and its effect on immune response2019

    • Author(s)
      Kuroda Yutaka
    • Organizer
      BSBMB (Bangladesh Society for Biochemistry and Molecular Biology) Conference 2019 “Life Sciences in Achieving Sustainable Development Goals”
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Book] 化学工業「タンパク質表面電荷が溶解性に及ぼす影響の格子モデル解析」2019

    • Author(s)
      小原 真、黒田 裕
    • Total Pages
      -
    • Publisher
      化学工業社

URL: 

Published: 2021-01-27  

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