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2021 Fiscal Year Annual Research Report

Systematic mutational analysis of a relationship between a protein's immunogenicity and aggregation tendency using Solubility Conttroling Peptide (SCP) tags

Research Project

Project/Area Number 18H02385
Research InstitutionTokyo University of Agriculture and Technology

Principal Investigator

黒田 裕  東京農工大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (10312240)

Project Period (FY) 2018-04-01 – 2022-03-31
Keywords生物物理 / 免疫応答解析 / バイオテクノロジー / 免疫原性 / ウイルスタンパク質 / コロナ / 溶解性制御タグ / 免疫増強
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、研究代表者が開発したSCPタグ(ペプチド系溶解性制御タグ)を用いて、抗原タンパク質の会合が、その免疫原性に与える影響とその分子機構を物理化学的な視点から系統的に解析することを目的とした。SCPタグは、対象タンパク質の末端に付加することで、溶媒条件を変えずにタンパク質の溶解性のみを制御するための3~5残基の短い配列である。
SCPタグの免疫原性への効果が普遍的であることを示すため、研究代表者がタンパク質の折り畳み研究で用いた牛膵臓トリプシン阻害タンパク質(以下BPTI;分子量=6.5kDa)と、アジアの広い地域で公衆衛生上の問題となっているデング熱の病原体であるデングウイルス由来の糖エンベロープタンパク質第3ドメイン (以下ED3;分子量=12kDa)を用いた。
初年度は、SCPタグをBPTI及びED3タンパク質の末端に付加することで会合度を制御し、会合度の温度、濃度及びSCPタグ配列種の依存性を検証した。2年目には、5個のIle から成るSCPタグを付加して会合させたBPTI及びED3の免疫原性が飛躍的に向上することを示した。令和2年度は、Ileから成るSCPタグによる免疫原性向上の効果とメカニズムをELISA法とFACS法を用い詳しく調べた(一部実験はコロナ禍のため令和3年に延期した)。その結果、5個のIleからなるSCPタグを付加すると免疫増強剤(アジュバント)なしでも野生型ED3より免疫原性が200倍以上向上することが明らかとなった。令和3年度には、本技術をコロナウイルス由来のスパイクタンパク質の一部であるRBDドメイン(受容体結合ドメイン; 198残基)に応用した。その結果、RBDを大腸菌で天然構造を有する状態で発現することに成功した。さらに、RBDを抗原に用いて誘導させた免疫応答をELISA法及びFACS法を用いて解析し、RBDが誘導する免疫応答が長期に渡ること(長期免疫記憶)を示唆し、抗コロナワクチンへの応用の可能性を示した。

Research Progress Status

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (27 results)

All 2022 2021 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (7 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 4 results) Presentation (16 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 2 results) Book (1 results)

  • [Int'l Joint Research] チッタゴン大学・理学部(バングラデシュ)

    • Country Name
      BANGLADESH
    • Counterpart Institution
      チッタゴン大学・理学部
  • [Int'l Joint Research] フランス国立科学研究センター(CNRS)(フランス)

    • Country Name
      FRANCE
    • Counterpart Institution
      フランス国立科学研究センター(CNRS)
  • [Int'l Joint Research] ニューヨーク州・レンセラー工科大学(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      ニューヨーク州・レンセラー工科大学
  • [Journal Article] A Multi-Disulfide Receptor-Binding Domain (RBD) of the SARS-CoV-2 Spike Protein Expressed in E. coli Using a SEP-Tag Produces Antisera Interacting with the Mammalian Cell Expressed Spike (S1) Protein2022

    • Author(s)
      Brindha Subbaian、Kuroda Yutaka
    • Journal Title

      International Journal of Molecular Sciences

      Volume: 23 Pages: 1703~1703

    • DOI

      10.3390/ijms23031703

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Blocking PSD95‐PDZ3's amyloidogenesis through point mutations that inhibit high‐temperature reversible oligomerization (RO)2022

    • Author(s)
      Saotome Tomonori、Onchaiya Sawaros、Brindha Subbaian、Mezaki Taichi、Unzai Satoru、Noguchi Keiichi、Martinez Jose C.、Kidokoro Shun‐ichi、Kuroda Yutaka
    • Journal Title

      The FEBS Journal

      Volume: ー Pages: ー

    • DOI

      10.1111/febs.16339

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Assessment of prediction methods for protein structures determined by NMR in CASP14: Impact of AlphaFold22021

    • Author(s)
      Huang Yuanpeng Janet、Zhang Ning、Bersch Beate、Fidelis Krzysztof、Inouye Masayori、Ishida Yojiro、Kryshtafovych Andriy、Kobayashi Naohiro、Kuroda Yutaka、Liu Gaohua、LiWang Andy、Swapna G.V.T、Wu Nan、Yamazaki Toshio、Montelione Gaetano T.
    • Journal Title

      Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics

      Volume: 89(12) Pages: 1959~1976

    • DOI

      10.1002/prot.26246

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Solubility Controlling Peptide Tags of Opposite Charges Generate a Bivalent Immune Response Against Dengue ED3 Serotypes 3 and 42021

    • Author(s)
      Rahman Nafsoon、Miura Shiho、Okawa Mami、Kibria Md. Golam、Islam Mohammad Monirul、Kuroda Yutaka
    • Journal Title

      Frontiers in Immunology

      Volume: 12 Pages: 671590

    • DOI

      10.3389/fimmu.2021.671590

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Immune response with long-term memory triggered by amorphous aggregates of misfolded anti-EGFR VHH-7D12 is directed against the native VHH-7D12 as well as the framework of the analogous VHH-9G82021

    • Author(s)
      Golam Kibria Md.、Akazawa-Ogawa Yoko、Hagihara Yoshihisa、Kuroda Yutaka
    • Journal Title

      European Journal of Pharmaceutics and Biopharmaceutics

      Volume: 165 Pages: 13~21

    • DOI

      10.1016/j.ejpb.2021.05.004

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Anti-EGFR VHH Antibody under Thermal Stress Is Better Solubilized with a Lysine than with an Arginine SEP Tag2021

    • Author(s)
      Kibria Md. Golam、Fukutani Akari、Akazawa-Ogawa Yoko、Hagihara Yoshihisa、Kuroda Yutaka
    • Journal Title

      Biomolecules

      Volume: 11(6) Pages: 810~810

    • DOI

      10.3390/biom11060810

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] EGFR extracellular domain III expressed in Escherichia coli with SEP tag shows improved biophysical and functional properties and generate anti-sera inhibiting cancer cell growth2021

    • Author(s)
      Brindha Subbaian、Kibria Md. Golam、Saotome Tomonori、Unzai Satoru、Kuroda Yutaka
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 555 Pages: 121~127

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2021.03.102

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] The conformational stability analysis of dengue virus envelope domain III (ED3) wild type and its mutants by accelerated Molecular Dynamics simulation2021

    • Author(s)
      Xian Jingwen、Hiromichi Tsurui、Yutaka Kuroda
    • Organizer
      第11回日本生物物理学会関東支部会
  • [Presentation] Analysis of amino acid sequence variation in the RBD of SARS-CoV-22021

    • Author(s)
      Cheng Zhirui、Matsuzawa Yuki、Kurotani Atsushi、Kuroda Yutaka
    • Organizer
      第11回日本生物物理学会関東支部会
  • [Presentation] In vivo immunogenicity of amorphous aggregates made of misfolded anti-EGFR single domain antibody (VHH)2021

    • Author(s)
      Md. Golam Kibria、Yoko Akazawa-Ogawa、Yoshihisa Hagihara、Yutaka kuroda
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] 静電相互作用により凝集したデングウイルス由来エンベロープタンパク質の物性及び多価免疫に対する評価2021

    • Author(s)
      大川 真実、Nafsoon Rahman、三浦 史帆、Md. Kibria、Mohammad Islam、黒田 裕
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] Reverse engineering of high-temperature reversible oligomers and amyloids in PDZ32021

    • Author(s)
      Sawaros Onchaiya、Tomonori Saotome、Shun-ichi Kidokoro、Jose C. Martinez、Yutaka Kuroda
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] Expression of two disulfide-bonded EGFR extracellular domain III in Escherichia coli using a SEP tag: Biophysical, functional characterization, and its immunogenic potential2021

    • Author(s)
      Subbaian Brindha、Md. Golam Kibria、Yutaka Kuroda
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] セレンテラジン誘導体を用いたガウシアルシフェラーゼ基質相互作用の核磁気共鳴法による研究2021

    • Author(s)
      髙津 京子、小林 直宏、Yves JANIN、山崎 俊夫、黒田 裕
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] アルギニンまたはリジンで構成される溶解性向上ペプチドタグの蛋白質熱凝集抑制能評価2021

    • Author(s)
      福谷 星、Kibria Md.Golam、赤澤 陽子、萩原 義久、黒田 裕
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] 溶解性成業ペプチド(SCP)タグによって会合させた BPTI 蛋白質の物性と免疫原性の解析2021

    • Author(s)
      黒田 裕、Rahman Nafsoon、Kabir M. Golam、Islam M, Mohammad
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Stochastic modeling of the effect of vaccination strategies on the spread of a COVID-19-type virus2021

    • Author(s)
      Yuki Matsuzawa、Shiho Ando、Mc Gahan Patricia、Hiromichi Tsurui、Hall Damien、Yutaka Kuroda
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] The conformational stability analysis of dengue virus envelope domain III(ED3) wild type and its mutants by molecular dynamics simulation2021

    • Author(s)
      Jingwen Xian、Hiromichi Tsurui、Atsushi Kurotani、Yutaka Kuroda
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Analysis of amino acid sequence variation in the RBD of SARS-CoV-22021

    • Author(s)
      Cheng ZhiRui、Yutaka Kuroda、Atsushi Kurotani
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] PSD95-PDZ3 の一残基置換による高温での可逆的なオリゴマー(RO)形成の阻害およびアミロイド線維の抑制2021

    • Author(s)
      早乙女 友規、Onchaiya Sawaros、目崎 太一、Martinez Jose、城所 俊一、黒田 裕
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Flashing Luciferase: its new structure and various level of dynamics2021

    • Author(s)
      Tosho Yamazaki、Naohiro Kobayashi、Nan Wu、Tomonori Saotome、Kyoko Takatsu、 Satoru Unzai、Yutaka Kuroda
    • Organizer
      ISMAR (international NMR conference), 22nd International Society of Magnetic Resonance Conference 9th Asia-pacific NMR symposium(APNMR9)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Physical and Biophysical Chemistry (Division I)2021

    • Author(s)
      Yutaka Kuroda
    • Organizer
      51st IUPAC General Assembly
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Terminology, Nomenclature and Symbols (ICTNS)2021

    • Author(s)
      Yutaka Kuroda
    • Organizer
      51st IUPAC General Assembly
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Book] 「溶解性制御ペプチドタグを用いた蛋白質のアモルファス凝集の物理化学的解析とその免疫原性増強効果」月刊「細胞」8月号2021

    • Author(s)
      黒田 裕
    • Total Pages
      4
    • Publisher
      ニューサイエンス社

URL: 

Published: 2024-12-25  

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