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2019 Fiscal Year Annual Research Report

多核固体NMRによる光受容膜タンパク質のイオン結合・輸送機構の解明

Research Project

Project/Area Number 18H02387
Research InstitutionYokohama National University

Principal Investigator

川村 出  横浜国立大学, 大学院工学研究院, 准教授 (20452047)

Project Period (FY) 2018-04-01 – 2021-03-31
Keywords固体NMR / レチナール / 膜タンパク質 / ロドプシン / 多核NMR
Outline of Annual Research Achievements

レチナールを発色団としてもつ7回膜貫通型ロドプシンは、近年、ユニークなタイプが続々と発見されている。特に光駆動型ナトリウムイオンポンプ型や硫酸イオン輸送型ロドプシンなどがあげられ、光を利用した機能は多様化している。細胞膜中での微生物型ロドプシンの構造-機能相関を理解するために、イオン結合状態の詳細を調べることが重要であり、イオンのNMR信号の直接観測やタンパク質のNMR信号の解析技術が重要である。
本研究では従来、生体系固体NMRの分野で使用されてきた水素1H、炭素13Cや窒素15Nの観測核に加えて 、観測核としてナトリウム23Naや硫黄33Sを組み合わせた新しい固体NMR測定法の開発とイオン輸送型ロドプシンへの適用を行う。具体的にはイオンの直接的なプローブとして23Naまたは33Sの観測核を用い、ナト リウムイオン(23Na+), 硫酸イオン(33SO42-)やリン酸イオン(PO43-)の信号を1H, 13C, 15N NMR信号と相関させることでタンパク質に結びつける。本年度は、光駆動型ナトリウムイオンポンプロドプシンの別なアルカリ金属イオン種に対するタンパク質のNMR信号変化を観測した(日本生物物理学会年会, BCEIA2019などで発表)。本年度においても多次元固体NMRによるイオン輸送型ロドプシンの細胞膜中での構造解析をさらに推進し、輸送するイオン種に対応したタンパク質のNMR信号変化を観測した。また、ヘリオロドプシンなどの新奇ロドプシンに関する固体NMR構造解析にも着手し、レチナール発色団やプロトン化シッフ塩基に関する特徴的な13Cと15N NMR信号を観測した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

光駆動型ナトリウムイオンポンプロドプシンの別なアルカリ金属イオン種に対するタンパク質のNMR信号変化を観測することに成功し、Na+イオンと別なイオン種によって、タンパク質の立体構造変化を明らかにしたため、研究進捗状況は順調である。また、本研究に関する成果を2報の著書として発表した。

Strategy for Future Research Activity

2020年度は多核固体NMR解析により、細胞膜中でのロドプシンと結合イオン種の間の相互作用の関係を明らかにする研究を進め、 原著論文として報告する予定である。

  • Research Products

    (23 results)

All 2020 2019

All Journal Article (10 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 10 results,  Open Access: 2 results) Presentation (11 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 4 results) Book (2 results)

  • [Journal Article] Structural characterization of cellulose nanofibers isolated from spent coffee grounds and their composite films with poly(vinyl alcohol): a new non-wood source2020

    • Author(s)
      Noriko Kanai, Takumi Honda, Naoki Yoshihara, Toshiyuki Oyama, Akira Naito, Kazuyoshi Ueda, Izuru Kawamura*
    • Journal Title

      Cellulose

      Volume: 27 Pages: 5017-5028

    • DOI

      https://doi.org/10.1007/s10570-020-03113-w

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Separation of D-amino acid-containing peptide phenylseptin using 3,3′-phenyl-1,1′-binaphthyl-18-crown-6-ether columns2020

    • Author(s)
      Izuru Kawamura*, Batsaikhan Mijiddorj, Yohei Kayano, Yuta Matsuo, Yumi Ozawa, Kazuyoshi Ueda, Hisako Sato
    • Journal Title

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Proteins and Proteomics

      Volume: 1868 Pages: 140429

    • DOI

      https://doi.org/10.1016/j.bbapap.2020.140429

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] 31P and 13C solid-state NMR analysis of morphological changes of phospholipid bilayers containing glucagon during fibril formation of glucagon under neutral condition2020

    • Author(s)
      Kazumi Haya, Yoshiteru Makino, Akie Kikuchi-Kinoshita, Izuru Kawamura, Akira Naito*
    • Journal Title

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes

      Volume: 1862 Pages: 183290

    • DOI

      https://doi.org/10.1016/j.bbamem.2020.183290

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Rheological and Ionic Transport Properties of Nanocomposite Electrolytes Based on Protic Ionic Liquids and Silica Nanoparticles2020

    • Author(s)
      Mayeesha Marium, Mahfuzul Hoque, Muhammed Shah Miran, Morgan L. Thomas, Izuru Kawamura, Kazuhide Ueno, Kaoru Dokko, Masayoshi Watanabe*
    • Journal Title

      Langmuir

      Volume: 36 Pages: 148-158

    • DOI

      doi.org/10.1021/acs.langmuir.9b02848

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Soft-chromophore featured liquid porphyrins and their utilization toward liquid-electret applications2019

    • Author(s)
      Avijit Ghosh, Manabu Yoshida, Koji Suemori, Hiroaki Isago, Nagao Kobayashi, Yasuhisa Mizutani, Yuki Kurashige, Izuru Kawamura, Masami Nirei, Osamu Yamamuro, Tomohisa Takaya, Koichi Iwata, Akinori Saeki, Kazuhiko Nagura, Shinsuke Ishihara, Takashi Nakanishi*
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 10 Pages: 4240

    • DOI

      https://doi.org/10.1038/s41467-019-12249-8

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Interaction of Clear Flavor Emulsions Containing Lemon Essential Oils with Lipid Bilayers via a Quartz Crystal Microbalance2019

    • Author(s)
      Sakai Takahiro、Seki Hayato、Yoshida Shogo、Hori Hayato、Suzuki Hisashi、Nakamura Tetsuya、Kawamura Izuru
    • Journal Title

      Food Science and Technology Research

      Volume: 25 Pages: 879-884

    • DOI

      https://doi.org/10.3136/fstr.25.879

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A comparative study of interactions of antimicrobial peptides L- and D-phenylseptin with 1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphocholine2019

    • Author(s)
      Batsaikhan Mijiddorj, Yuta Matsuo, Hisako Sato, Kazuyoshi Ueda, Izuru Kawamura*
    • Journal Title

      Applied Science

      Volume: 9 Pages: 2601

    • DOI

      https://doi.org/10.3390/app9132601

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Application of solid-state vibrational circular dichroism for intercalation compounds of layered double hydroxide and amino acids: conformation of an intercalated phenylalanine anion2019

    • Author(s)
      Hisako Sato, Kazuyoshi Takimoto, Izuru Kawamura, Sumio Aisawa
    • Journal Title

      Bull. Chem. Soc. J.

      Volume: 92 Pages: 1779-1782

    • DOI

      https://doi.org/10.1246/bcsj.20190161

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Solid-state vibrational circular dichroism studies of L- and D-serine2019

    • Author(s)
      Izuru Kawamura, Hisako Sato
    • Journal Title

      Analytical Biochemistry

      Volume: 580 Pages: 14-20

    • DOI

      https://doi.org/10.1016/j.ab.2019.05.016

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 両生類由来抗菌ペプチドのD-アミノ酸の機能2019

    • Author(s)
      川村 出、Mijiddorj Batsaikhan、大山 暁史、佐藤 久子
    • Journal Title

      生化学

      Volume: 91 Pages: 316-321

    • DOI

      doi:10.14952/SEIKAGAKU.2019.910316

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Solid-state NMR studies of seven-transmembrane ion-pumping rhodopsin and self-assembled peptide2019

    • Author(s)
      Izuru Kawamura
    • Organizer
      BCEIA2019 (Beijing, China)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 固体NMRを用いた膜タンパク質ロドプシンの細胞膜中における構造解析2019

    • Author(s)
      川村 出
    • Organizer
      ISSP WS レチナールタンパク質国際会議ワークショップ, 東京大学 物性研
    • Invited
  • [Presentation] 固体NMRによる微生物型ロドプシンの立体構造解析2019

    • Author(s)
      川村 出
    • Organizer
      北海道大学 大学院生命科学研究院
    • Invited
  • [Presentation] Solid-state NMR study of seven-transmembrane microbial rhodopsins2019

    • Author(s)
      Izuru Kawamura
    • Organizer
      The 1st Asian-European International Exchange Symposium in Solid State NMR, RIKEN Yokohama
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 脂質膜中にナノポアを構築するβシートペプチドのDe novo配列設計2019

    • Author(s)
      清水 啓佑, 坂下 峻吾, 浜田 芳男, 臼井 健二, Mijiddorj Batsaikhan, 川村 出, 川野 竜司
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会年会, 宮崎
  • [Presentation] カチオン性抗菌ペプチドHymenochirin-1Paおよび変異体D9Kの細菌膜結合構造と膜選択性の解析2019

    • Author(s)
      大山 暁史, Batsaikhan Mijiddorj, 上田 一義, 内藤 晶, 川村 出
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会年会, 宮崎
  • [Presentation] 固体NMRによるKR2のレチナール結合ポケットとNa+結合サイト間の水素結合ネットワークの構造解析2019

    • Author(s)
      金子 莉奈, 重田 安里寿, 長島 敏雄, 山崎 俊夫, 井上 圭一, 神取 秀樹, 川村 出
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会年会, 宮崎
  • [Presentation] 多次元固体NMRによる細胞膜中のヘリオロドプシンの構造解析2019

    • Author(s)
      鈴木 しぶき, 長島 敏雄, 金子 莉奈, 沖津 貴志, 和田 昭盛, 小林 直宏, 山崎 俊夫, 吉住 玲, 井上 圭一, 神取 秀樹, 川村 出
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会年会, 宮崎
  • [Presentation] A comparative study of membrane-bound structure of antimicrobial peptides L- and D-phenylseptin2019

    • Author(s)
      Izuru Kawamura, Batsaikhan Mijiddorj, Hisako Sato, Yuta Matsuo, Akira Naito, Kazuyoshi Ueda
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会年会, 宮崎
  • [Presentation] 多次元固体NMRによるヘリオロドプシンの構造解析2019

    • Author(s)
      鈴木 しぶき, 長島 敏雄, 金子 莉奈, 沖津 貴志, 和田 昭盛, 小林 直宏, 山崎 俊夫, 吉住 玲, 井上 圭一, 神取 秀樹, 川村 出
    • Organizer
      第58回NMR討論会, 川崎
  • [Presentation] 多次元固体MAS NMRによる光駆動型Na+ポンプロドプシンKR2の構造解析2019

    • Author(s)
      金子 莉奈, 重田 安里寿, 長島 敏雄, 山崎 俊夫, 井上 圭一, 神取 秀樹, 川村 出
    • Organizer
      第58回NMR討論会, 川崎
  • [Book] 膜タンパク質工学ハンドブック 第1編第2章第10節を担当2020

    • Author(s)
      川村 出
    • Total Pages
      537
    • Publisher
      NTS出版
    • ISBN
      978-4-86043-537-0
  • [Book] NMR Methods for Characterization of Synthetic and Natural Polymers / Chap. 19の執筆を担当2019

    • Author(s)
      Arisu Shigeta, Izuru Kawamura*
    • Total Pages
      565
    • Publisher
      Royal Society of Chemistry
    • ISBN
      978-1-78801-400-7

URL: 

Published: 2021-01-27  

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