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2018 Fiscal Year Annual Research Report

ロドプシンの多様性の探求と可能性の追求

Research Project

Project/Area Number 18H02411
Research InstitutionOkayama University

Principal Investigator

須藤 雄気  岡山大学, 医歯薬学総合研究科, 教授 (10452202)

Project Period (FY) 2018-04-01 – 2021-03-31
Keywordsロドプシン / 光 / 生物物理 / オプトジェネティクス / エネルギー変換
Outline of Annual Research Achievements

ロドプシンは、生物の三大ドメイン(真核生物・真正細菌・古細菌)に分布する光受容膜タンパク質の総称で、光エネルギー・情報変換を介し生命機能の根幹を司る:基礎的重要性。また、光遺伝学:オプトジェネティクスを生み出した分子として知られ、脳神経科学に利用されている:応用的重要性。このような重要性にもかかわらず、研究が行われているロドプシンはわずかであり、大部分は手つかずのまま残されている。そこで本研究は「ロドプシンの多様性の探究と可能性の追求」を目的とした。すなわち未解析ロドプシンの発現・精製(1. 探索)と精密解析(2. 解析)で多様性を探求し、基礎を強化する。さらに、それらの機能・特性を利用した新奇オプトジェネティクス(3. 操作)を実現し応用の可能性を追求することを目的とした。

本年度は、以下の3項目に取り組んだ。
1.探索:(1)公開および未公開遺伝子情報から、推定新規ロドプシン遺伝子の絞り込みを行った。(2)これらの情報から分子系統樹を作成し、グループに分類した。(3)各グループ中央に位置する数種類と末端に位置する数種類を選抜した。(4)絞り込んだ遺伝子について、組み換え生物(大腸菌,古細菌,酵母,動物細胞)のコドンに最適化した遺伝子を合成し、発現プラスミドを作成した。タンパク質発現は宿主細胞の色により確認し、新奇ロドプシンの発現・精製系を構築した。
2.解析:探索により発現・精製系を構築した新規ロドプシンの分子機能を様々な時空間領域「フェムト秒-ペタ秒・Å-ミリメートル」で、解析した。
3.操作:解析が終了したロドプシンについて、その新奇機能や特性を生かした新しい光操作を実現した。特に3つのロドプシン(RmXeR,ACR2,SyHR)について、その特性を生かした新奇オプトジェネティクスを実現した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

研究開始から1年間で、既にインパクトのある成果をあげており、JACS誌1報,JPCL誌1報,表紙論文(Biophys. J.)1報を含む6報の原著論文を発表している。また、さらに続々と新しい成果が得られており、10報程度を準備中である。このように本研究は、当初の計画以上に順調に進んでいるものと判断している。

Strategy for Future Research Activity

今後とも本研究の柱である「探索・解析・操作」についての包括的な研究を進め、ロドプシンの多様性の探求と可能性の追求を行う。投稿中・準備中の成果についても、順次成果として発表できるように注力する。

  • Research Products

    (13 results)

All 2018 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 2 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 5 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Weizmann Institute of Science(イスラエル)

    • Country Name
      ISRAEL
    • Counterpart Institution
      Weizmann Institute of Science
  • [Journal Article] Production of a Light-Gated Proton Channel by Replacing the Retinal Chromophore with Its Synthetic Vinylene Derivative2018

    • Author(s)
      Takayama Riho、Kaneko Akimasa、Okitsu Takashi、Tsunoda Satoshi P.、Shimono Kazumi、Mizuno Misao、Kojima Keiichi、Tsukamoto Takashi、Kandori Hideki、Mizutani Yasuhisa、Wada Akimori、Sudo Yuki
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      Volume: 9 Pages: 2857~2862

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.8b00879

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mutational analysis of the conserved carboxylates of anion channelrhodopsin-2 (ACR2) expressed in <i>Escherichia coli</i> and their roles in anion transport2018

    • Author(s)
      Kojima Keiichi、C. Watanabe Hiroshi、Doi Satoko、Miyoshi Natsuki、Kato Misaki、Ishikita Hiroshi、Sudo Yuki
    • Journal Title

      Biophysics and Physicobiology

      Volume: 15 Pages: 179~188

    • DOI

      10.2142/biophysico.15.0_179

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Presence of a Haloarchaeal Halorhodopsin-Like Cl<sup>?</sup> Pump in Marine Bacteria2018

    • Author(s)
      Nakajima Yu、Tsukamoto Takashi、Kumagai Yohei、Ogura Yoshitoshi、Hayashi Tetsuya、Song Jaeho、Kikukawa Takashi、Demura Makoto、Kogure Kazuhiro、Sudo Yuki、Yoshizawa Susumu
    • Journal Title

      Microbes and Environments

      Volume: 33 Pages: 89~97

    • DOI

      10.1264/jsme2.ME17197

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Retinal Configuration of p pR Intermediates Revealed by Photoirradiation Solid-State NMR and?DFT2018

    • Author(s)
      Makino Yoshiteru、Kawamura Izuru、Okitsu Takashi、Wada Akimori、Kamo Naoki、Sudo Yuki、Ueda Kazuyoshi、Naito Akira
    • Journal Title

      Biophysical Journal

      Volume: 115 Pages: 72~83

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2018.05.030

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Correction to “High Thermal Stability of Oligomeric Assemblies of Thermophilic Rhodopsin in a Lipid Environment”2018

    • Author(s)
      Shionoya Tomomi、Mizuno Misao、Tsukamoto Takashi、Ikeda Kento、Seki Hayato、Kojima Keiichi、Shibata Mikihiro、Kawamura Izuru、Sudo Yuki、Mizutani Yasuhisa
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 122 Pages: 9826~9826

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.8b09660

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Retinal?Salinixanthin Interactions in a Thermophilic Rhodopsin2018

    • Author(s)
      Misra Ramprasad、Eliash Tamar、Sudo Yuki、Sheves Mordechai
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 123 Pages: 10~20

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.8b06795

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Light can be used a Drug: What should we learn from the photoactive retinal proteins2018

    • Author(s)
      Sudo Y.
    • Organizer
      Lecture for graduated students at the department of applied chemistry
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 光依存性イオンポンプとイオンチャネルの機能解析と機能変換2018

    • Author(s)
      須藤雄気
    • Organizer
      第3回イオンチャネル研究会
    • Invited
  • [Presentation] 生体由来光受容分子ロドプシンの機能多様性と光操作ツール開発2018

    • Author(s)
      須藤雄気
    • Organizer
      第67回高分子討論会
    • Invited
  • [Presentation] Diversity of microbial rhodopsins and their applicability for optogenetics2018

    • Author(s)
      Sudo Y.
    • Organizer
      The 18th International Conference on Retinal Proteins
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Optical control of biological activities by microbial rhodopsins2018

    • Author(s)
      Sudo Y.
    • Organizer
      The Voltage Imaging Mini Symposium
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Remarks] 研究室ホームページ

    • URL

      http://www.pharm.okayama-u.ac.jp/lab/bukka/index.html

URL: 

Published: 2019-12-27  

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