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2019 Fiscal Year Annual Research Report

ロドプシンの多様性の探求と可能性の追求

Research Project

Project/Area Number 18H02411
Research InstitutionOkayama University

Principal Investigator

須藤 雄気  岡山大学, 医歯薬学総合研究科, 教授 (10452202)

Project Period (FY) 2018-04-01 – 2021-03-31
Keywordsロドプシン / 光 / 生物物理 / オプトジェネティクス / エネルギー変換
Outline of Annual Research Achievements

ロドプシンは、生物の三大ドメイン(真核生物・真正細菌・古細菌)に分布する光受容膜タンパク質の総称で、光エネルギー・情報変換を介し生命機能の根幹を司る:基礎的重要性。また、光遺伝学:オプトジェネティクスを生み出した分子として知られ、脳神経科学に利用されている:応用的重要性。このような重要性にもかかわらず、研究が行われているロドプシンはわずかであり、大部分は手つかずのまま残されている。そこで本研究は「ロドプシンの多様性の探究と可能性の追求」を目的とした。すなわち未解析ロドプシンの発現・精製(1. 探索)と精密解析(2. 解析)で多様性を探求し、基礎を強化する。さらに、それらの機能・特性を利用した新奇オプトジェネティクス(3. 操作)を実現し応用の可能性を追求することを目的とした。

本年度は、昨年度に引き続き以下の3項目に取り組んだ。
1.探索:(1)公開および未公開遺伝子情報から、様々な推定新規ロドプシン遺伝子を絞り込んだ。(2)これらの情報から分子系統樹を作成し、グループに分類した。(3)各グループ中央に位置する数種類と末端に位置する数種類を選抜した。(4)絞り込んだ遺伝子について、組み換え生物(大腸菌,古細菌,酵母,動物細胞)のコドンに最適化した遺伝子を合成し、発現プラスミドを作成した。タンパク質発現は宿主細胞の色により確認し、新奇ロドプシンの発現・精製系を構築した。
2.解析:探索により発現・精製系を構築した新規ロドプシンの分子機能を様々な時空間領域「フェムト秒-ペタ秒・Å-ミリメートル」で、解析した。
3.操作:解析が終了したロドプシンについて、その新奇機能や特性を生かした新しい光操作を実現した。特に4つのロドプシン(RmXeR,ACR2,SyHR, AR3)について、その特性を生かした新奇オプトジェネティクスを実現した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

研究開始から2年間で、既にインパクトのある成果をあげており、PANS誌1報,eLife誌1報,JPCL誌1報,表紙論文(Biophys. J.), Editor's choice(J. Phys. Chem. B)1報を含む13報の原著論文を発表している。未発表のデータの取得も順調に進んでおり、15報程度を準備中である。このように本研究は、当初の計画以上に順調に進んでいるものと判断している。

Strategy for Future Research Activity

本研究は、計画以上に進展しており、今後とも引き続き本研究の柱である「探索・解析・操作」についての包括的な研究を進め、ロドプシンの多様性の探求と可能性の追求を行う。投稿中・準備中の成果についても、順次成果として発表できるように注力する。

  • Research Products

    (17 results)

All 2020 2019 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (9 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 9 results,  Open Access: 2 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 5 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] モンテレーベイ水族館(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      モンテレーベイ水族館
  • [Int'l Joint Research] ワイズマン研究所(イスラエル)

    • Country Name
      ISRAEL
    • Counterpart Institution
      ワイズマン研究所
  • [Journal Article] Vectorial Proton Transport Mechanism of RxR, a Phylogenetically Distinct and Thermally Stable Microbial Rhodopsin2020

    • Author(s)
      Kojima Keiichi、Ueta Tetsuya、Noji Tomoyasu、Saito Keisuke、Kanehara Kanae、Yoshizawa Susumu、Ishikita Hiroshi、Sudo Yuki
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 10 Pages: 282

    • DOI

      10.1038/s41598-019-57122-2

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] How Does a Microbial Rhodopsin RxR Realize Its Exceptionally High Thermostability with the Proton-Pumping Function Being Retained?2020

    • Author(s)
      Hayashi Tomohiko、Yasuda Satoshi、Suzuki Kano、Akiyama Tomoki、Kanehara Kanae、Kojima Keiichi、Tanabe Mikio、Kato Ryuichi、Senda Toshiya、Sudo Yuki、Murata Takeshi、Kinoshita Masahiro
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 124 Pages: 990~1000

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.9b10700

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Methodology for Further Thermostabilization of an Intrinsically Thermostable Membrane Protein Using Amino Acid Mutations with Its Original Function Being Retained2020

    • Author(s)
      Yasuda Satoshi、Akiyama Tomoki、Nemoto Sayaka、Hayashi Tomohiko、Ueta Tetsuya、Kojima Keiichi、Tsukamoto Takashi、Nagatoishi Satoru、Tsumoto Kouhei、Sudo Yuki、Kinoshita Masahiro、Murata Takeshi
    • Journal Title

      Journal of Chemical Information and Modeling

      Volume: 60 Pages: 1709~1716

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.0c00063

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The Unlimited Potential of Microbial Rhodopsins as Optical Tools2019

    • Author(s)
      Kojima Keiichi、Shibukawa Atsushi、Sudo Yuki
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 59 Pages: 218~229

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.9b00768

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Photochemical Characterization of a New Heliorhodopsin from the Gram-Negative Eubacterium Bellilinea caldifistulae (BcHeR) and Comparison with Heliorhodopsin-48C122019

    • Author(s)
      Shibukawa Atsushi、Kojima Keiichi、Nakajima Yu、Nishimura Yosuke、Yoshizawa Susumu、Sudo Yuki
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 58 Pages: 2934~2943

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.9b00257

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Quantitation of the neural silencing activity of anion channelrhodopsins in Caenorhabditis elegans and their applicability for long-term illumination2019

    • Author(s)
      Yamanashi Taro、Maki Misayo、Kojima Keiichi、Shibukawa Atsushi、Tsukamoto Takashi、Chowdhury Srikanta、Yamanaka Akihiro、Takagi Shin、Sudo Yuki
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 9 Pages: 7863

    • DOI

      10.1038/s41598-019-44308-x

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A distinct lineage of giant viruses brings a rhodopsin photosystem to unicellular marine predators2019

    • Author(s)
      Needham David M.、et al.,
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 116 Pages: 20574~20583

    • DOI

      10.1073/pnas.1907517116

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] GABA neurons in the ventral tegmental area regulate non-rapid eye movement sleep in mice2019

    • Author(s)
      Chowdhury Srikanta、Matsubara Takanori、Miyazaki Toh、Ono Daisuke、Fukatsu Noriaki、Abe Manabu、Sakimura Kenji、Sudo Yuki、Yamanaka Akihiro
    • Journal Title

      eLife

      Volume: 8 Pages: e44928

    • DOI

      10.7554/eLife.44928

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Application of High-Sensitivity UV photoemission Spectroscopy to Examine the Electronic Structure of Thermophilic Rhodopsin2019

    • Author(s)
      Sano Daisuke、Ide Ichiro、Akiyama Tomoki、Tanaka Yuya、Sudo Yuki、Murata Takeshi、Ishii Hisao
    • Journal Title

      Molecular Crystals and Liquid Crystals

      Volume: 687 Pages: 34~39

    • DOI

      10.1080/15421406.2019.1648052

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] ロドプシンの生物物理化学研究: 光 が くすりになる!?2019

    • Author(s)
      須藤雄気
    • Organizer
      第141回(2019年)・日本薬学会中国四国支部例会
    • Invited
  • [Presentation] 『光 が くすりになる!?』2019

    • Author(s)
      須藤雄気
    • Organizer
      岡山大学病院・市民フォーラム2019
    • Invited
  • [Presentation] A bottom-up approach to Utilizing Microbial Rhodopsins for Optogenetics2019

    • Author(s)
      Yuki Sudo
    • Organizer
      2019 ESP-IUPB World Congress
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 微生物型 ロドプシンによる ボトムアップ型 光操作ツール開発2019

    • Author(s)
      須藤雄気
    • Organizer
      ISSPワークショップ 「レチナールタンパク質の光機能発現の物理と化学」
    • Invited
  • [Presentation] Promoting Optogenetics by Microbial Rhodopsins2019

    • Author(s)
      須藤雄気
    • Organizer
      第11回・光操作研究会
    • Invited
  • [Remarks] 研究室ホームページ

    • URL

      http://www.pharm.okayama-u.ac.jp/lab/bukka/

URL: 

Published: 2021-01-27  

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