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2020 Fiscal Year Annual Research Report

ロドプシンの多様性の探求と可能性の追求

Research Project

Project/Area Number 18H02411
Research InstitutionOkayama University

Principal Investigator

須藤 雄気  岡山大学, 医歯薬学総合研究科, 教授 (10452202)

Project Period (FY) 2018-04-01 – 2021-03-31
Keywordsロドプシン / 光 / 生物物理 / オプトジェネティクス / エネルギー変換
Outline of Annual Research Achievements

ロドプシンは、生物の三大ドメイン(真核生物・真正細菌・古細菌)に分布する光受容膜タンパク質の総称で、光エネルギー・情報変換を介し生命機能の根幹を司る:基礎的重要性。また、光遺伝学(オプトジェネティクス)を生み出した分子として、脳神経科学に利用されている:応用的重要性。このような重要性にもかかわらず、研究対象となっているロドプシンはわずかであり、大部分は手つかずのままである。そこで本研究は「ロドプシンの多様性の探究と可能性の追求」を目的とした。すなわち未解析ロドプシンの発現・精製(1. 探索)と精密解析(2. 解析)で多様性を探求し、それらの機能・特性を利用した新奇オプトジェネティクス(3. 操作)を実現することで、応用の可能性を追求することを目的とした。本年度は、昨年度に引き続き以下の3項目に取り組んだ。

『1. 探索』:公開・未公開遺伝子情報(連携研究者から提供)から、推定ロドプシン遺伝子情報を得た後、それらの分子系統樹から数種類の新奇ロドプシン候補を選抜した。これらロドプシンを、組み換え生物(大腸菌,酵母,動物細胞など)に発現させ、500種類程度の新奇ロドプシンの発現・精製系を構築した。
『2. 解析』:発現・精製系を構築したロドプシンの分子機能を様々な手法を用いて徹底的に調べた。加えて、様々な時空間領域「フェムト秒ーペタ秒・Åーミリメートル」で、新奇ロドプシンの分光特性を徹底的に調べた。具体的には、色制御,超高速分光,赤外・ラマン分光,結晶構造解析,NMR,理論計算を上記研究協力者の助力を得ながら行った。
『3. 操作』:解析が終了したロドプシンについて、その新奇機能や特性を生かした新しい光操作を実現した。具体的には、プロトン輸送型ロドプシンを用いたアポトーシスの光誘導・抑制、膜電位センサー開発、アニオンチャネル型ロドプシンによる超高感度・長時間神経抑制などに成功した。

Research Progress Status

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (15 results)

All 2021 2020 Other

All Journal Article (11 results) (of which Peer Reviewed: 9 results,  Open Access: 3 results) Presentation (1 results) (of which Invited: 1 results) Remarks (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (2 results)

  • [Journal Article] Further thermo‐stabilization of thermophilic rhodopsin from Thermus thermophilus JL ‐18 through engineering in extramembrane regions2021

    • Author(s)
      Akiyama Tomoki、Kunishima Naoki、Nemoto Sayaka、Kazama Kazuki、Hirose Masako、Sudo Yuki、Matsuura Yoshinori、Naitow Hisashi、Murata Takeshi
    • Journal Title

      Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics

      Volume: 89 Pages: 301~310

    • DOI

      10.1002/prot.26015

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mechanism of absorption wavelength shifts in anion channelrhodopsin-1 mutants2021

    • Author(s)
      Tsujimura Masaki、Noji Tomoyasu、Saito Keisuke、Kojima Keiichi、Sudo Yuki、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics

      Volume: 1862 Pages: 148349

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2020.148349

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] マルチタレント光受容タンパク質「ロドプシン」2021

    • Author(s)
      須藤雄気、小島慧一
    • Journal Title

      現代化学

      Volume: 5 Pages: 50~53

  • [Journal Article] Lokiarchaeota archaeon schizorhodopsin-2 (LaSzR2) is an inward proton pump displaying a characteristic feature of acid-induced spectral blue-shift2020

    • Author(s)
      Kojima Keiichi、Yoshizawa Susumu、Hasegawa Masumi、Nakama Masaki、Kurihara Marie、Kikukawa Takashi、Sudo Yuki
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 10 Pages: 20857

    • DOI

      10.1038/s41598-020-77936-9

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Applicability of Styrene-Maleic Acid Copolymer for Two Microbial Rhodopsins, RxR and HsSRI2020

    • Author(s)
      Ueta Tetsuya、Kojima Keiichi、Hino Tomoya、Shibata Mikihiro、Nagano Shingo、Sudo Yuki
    • Journal Title

      Biophysical Journal

      Volume: 119 Pages: 1760~1770

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2020.09.026

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Comparative Studies of the Fluorescence Properties of Microbial Rhodopsins: Spontaneous Emission Versus Photointermediate Fluorescence2020

    • Author(s)
      Kojima Keiichi、Kurihara Rika、Sakamoto Masayuki、Takanashi Tsukasa、Kuramochi Hikaru、Zhang Xiao Min、Bito Haruhiko、Tahara Tahei、Sudo Yuki
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 124 Pages: 7361~7367

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.0c06560

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Green-Sensitive, Long-Lived, Step-Functional Anion Channelrhodopsin-2 Variant as a High-Potential Neural Silencing Tool2020

    • Author(s)
      Kojima Keiichi、Miyoshi Natsuki、Shibukawa Atsushi、Chowdhury Srikanta、Tsujimura Masaki、Noji Tomoyasu、Ishikita Hiroshi、Yamanaka Akihiro、Sudo Yuki
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      Volume: 11 Pages: 6214~6218

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.0c01406

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A unique clade of light-driven proton-pumping rhodopsins evolved in the cyanobacterial lineage2020

    • Author(s)
      Hasegawa Masumi、Hosaka Toshiaki、Kojima Keiichi、Nishimura Yosuke、Nakajima Yu、Kimura-Someya Tomomi、Shirouzu Mikako、Sudo Yuki、Yoshizawa Susumu
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 10 Pages: 16752

    • DOI

      10.1038/s41598-020-73606-y

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Interaction of Escherichia coli and its culture supernatant with Vibrio vulnificus during biofilm formation2020

    • Author(s)
      Ohn Han‐Min、Mizuno Tamaki、Sudo Yuki、Miyoshi Shin‐Ichi
    • Journal Title

      Microbiology and Immunology

      Volume: 64 Pages: 593~601

    • DOI

      10.1111/1348-0421.12829

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Bacterium Lacking a Known Gene for Retinal Biosynthesis Constructs Functional Rhodopsins2020

    • Author(s)
      Nakajima Yu、Kojima Keiichi、Kashiyama Yuichiro、Doi Satoko、Nakai Ryosuke、Sudo Yuki、Kogure Kazuhiro、Yoshizawa Susumu
    • Journal Title

      Microbes and Environments

      Volume: 35 Pages: ME20085

    • DOI

      10.1264/jsme2.ME20085

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 微生物ロドプシンの多様性と可能性2020

    • Author(s)
      須藤雄気、小島慧一
    • Journal Title

      生物物理

      Volume: 60 Pages: 209~214

    • DOI

      10.2142/biophys.60.209

  • [Presentation] 『光 が くすりになる!?』2020

    • Author(s)
      須藤雄気
    • Organizer
      第8回青陵サイエンストーク
    • Invited
  • [Remarks] 研究室ホームページ

    • URL

      http://www.pharm.okayama-u.ac.jp/lab/bukka/

  • [Patent(Industrial Property Rights)] 光により細胞死を制御する方法2020

    • Inventor(s)
      須藤雄気、小島慧一、中尾新
    • Industrial Property Rights Holder
      須藤雄気、小島慧一、中尾新
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2020-196718
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 膜電位センサー2020

    • Inventor(s)
      坂本雅行、チョウシャオミン、尾藤晴彦、須藤雄気、小島慧一
    • Industrial Property Rights Holder
      坂本雅行、チョウシャオミン、尾藤晴彦、須藤雄気、小島慧一
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2020-70136

URL: 

Published: 2021-12-27  

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