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2020 Fiscal Year Annual Research Report

Ecophysiology of yet-to-be cultured subsurface archaea using environmental omics and cultivation based approach

Research Project

Project/Area Number 18H02426
Research InstitutionNational Institute of Advanced Industrial Science and Technology

Principal Investigator

玉木 秀幸  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 研究グループ長 (00421842)

Project Period (FY) 2018-04-01 – 2021-03-31
Keywords未知微生物 / アーキア / 陸域地下圏 / 培養 / 環境ゲノム情報解析 / メタン / 生理生態 / 炭素循環
Outline of Annual Research Achievements

深部地下圏に棲息する微生物は、天然ガス資源および温室効果ガスであるメタンの成因に深く関わっており、地球規模の炭素循環に重要な役割を果たしていると考えられている。しかし、地下圏環境の微生物の多くが未だ培養されたことのない未知なる生き物であり、なかでもアーキアはバクテリア以上にその機能や実態が不明のままとなっている。そこで、本研究では、培養技術と環境ゲノム情報を駆使して、油田環境・ガス田環境などをはじめとする陸域地下圏環境の未知アーキアとその周辺微生物群の実態を明らかにすることを目的とした。本年度は、これまでに複数の地下圏環境から集積培養に成功した培養系を活用し、環境ゲノム情報解析、メタボライト分析、同位体トレーサー実験、微生物学的解析等を進めるとともに、重要な未知アーキア・バクテリアの純粋分離と機能解明に取組んだ。その結果、環境ゲノム情報から予測された未知代謝経路と利用可能な基質情報に基づいて純化を進め、高純度の未知アーキアの培養系を獲得するとともに、推定基質を利用した未知代謝経路が存在しうる可能性を見出した。ガス田環境からは、「門」のレベルで新規な細菌の純粋分離に成功し、本細菌の基本的な生理代謝機能を明らかにするとともに、本細菌が本来真核生物の特徴とされる「ゲノムを包む膜」をもつ可能性を明らかにし著名な国際誌に公表した。また地下の根源有機物の一つであり、石炭に多様に含まれているメトキシ化合物をメタン生成アーキアと共役して分解する新規嫌気共生細菌の純粋分離とその系統と生理性状を明らかにした成果を論文として公表し、新目、新科、新属、新種の新学名提案を行い国際機関に認定された。また油田環境から得た集積培養系を用い、原油の主成分である様々な鎖長のアルカンを分解する培養系ならびに芳香属アルカンを分解する安定培養系の獲得に至り、その成果を国際誌に発表するなど成果を挙げた。

Research Progress Status

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (12 results)

All 2021 2020 Other

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 4 results) Presentation (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Methanogenic crude oil degradation induced by an exogenous microbial community and nutrient injections2021

    • Author(s)
      Suda Konomi、Ikarashi Masayuki、Tamaki Hideyuki、Tamazawa Satoshi、Sakata Susumu、Haruo Maeda、Kamagata Yoichi、Kaneko Masanori、Ujiie Tomomi、Shinotsuka Yumi、Wakayama Tatsuki、Iwama Hiroki、Osaka Noriko、Mayumi Daisuke、Yonebayashi Hideharu
    • Journal Title

      Journal of Petroleum Science and Engineering

      Volume: 201 Pages: 108458~108458

    • DOI

      10.1016/j.petrol.2021.108458

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Desulfovibrio subterraneus sp. nov., a mesophilic sulfate-reducing deltaproteobacterium isolated from a deep siliceous mudstone formation2021

    • Author(s)
      Ueno Akio、Tamazawa Satoshi、Tamamura Shuji、Murakami Takuma、Kiyama Tamotsu、Inomata Hidenori、Amano Yuki、Miyakawa Kazuya、Tamaki Hideyuki、Naganuma Takeshi、Kaneko Katsuhiko
    • Journal Title

      International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology

      Volume: 71 Pages: 004683

    • DOI

      10.1099/ijsem.0.004683

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Unique metabolic strategies in Hadean analogues reveal hints for primordial physiology2021

    • Author(s)
      Nobu Masaru Konishi、Nakai Ryosuke、Tamazawa Satoshi、Mori Hiroshi、Toyoda Atsushi、Ijiri Akira、Suzuki Shino、Kurokawa Ken、Kamagata Yoichi、Tamaki Hideyuki
    • Journal Title

      bioRxiv

      Volume: 1 Pages: 1

    • DOI

      10.1101/2021.04.20.440570

    • Open Access
  • [Journal Article] Koleobacter methoxysyntrophicus gen. nov., sp. nov., a novel anaerobic bacterium isolated from deep subsurface oil field and proposal of Koleobacteraceae fam. nov. and Koleobacterales ord. nov. within the class Clostridia of the phylum Firmicutes2021

    • Author(s)
      Sakamoto Sachiko、Nobu Masaru K.、Mayumi Daisuke、Tamazawa Satoshi、Kusada Hiroyuki、Yonebayashi Hideharu、Iwama Hiroki、Ikarashi Masayuki、Wakayama Tatsuki、Maeda Haruo、Sakata Susumu、Tamura Tomohiro、Nomura Nobuhiko、Kamagata Yoichi、Tamaki Hideyuki
    • Journal Title

      Systematic and Applied Microbiology

      Volume: 44 Pages: 126154~126154

    • DOI

      10.1016/j.syapm.2020.126154

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Isolation of a member of the candidate phylum ‘Atribacteria’ reveals a unique cell membrane structure2020

    • Author(s)
      Katayama Taiki、Nobu Masaru K.、Kusada Hiroyuki、Meng Xian-Ying、Hosogi Naoki、Uematsu Katsuyuki、Yoshioka Hideyoshi、Kamagata Yoichi、Tamaki Hideyuki
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 11 Pages: 6381

    • DOI

      10.1038/s41467-020-20149-5

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] An iron corrosion-assisted H2-supplying system: a culture method for methanogens and acetogens under low H2 pressures2020

    • Author(s)
      Kato Souichiro、Takashino Motoko、Igarashi Kensuke、Mochimaru Hanako、Mayumi Daisuke、Tamaki Hideyuki
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 10 Pages: 19124

    • DOI

      10.1038/s41598-020-76267-z

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 未知の微生物を"培養"して新たな生物機能を探る2020

    • Author(s)
      玉木秀幸
    • Journal Title

      バイオサイエンスとインダストリー

      Volume: 78 Pages: 458-459

  • [Presentation] 深部地下圏でメトキシ芳香族化合物分解を担う新規共生細菌の生存戦略2021

    • Author(s)
      坂本 幸子、NOBU MASARU KONISHI、眞弓 大介、玉澤 聡、米林英治、岩間弘樹、五十嵐雅之、若山樹、前田 治男、坂田 将、田村 具博、野村暢彦、鎌形 洋一、玉木 秀幸
    • Organizer
      日本農芸化学会2021年度仙台大会
  • [Presentation] 深部地下圏でメトキシ芳香族化合物分解を担う新規共生細菌の発見及び生存戦略2021

    • Author(s)
      坂本 幸子、NOBU MASARU KONISHI、眞弓 大介、玉澤 聡、米林英治、岩間弘樹、五十嵐雅之、若山樹、前田 治男、坂田 将、田村 具博、野村暢彦、鎌形 洋一、玉木 秀幸
    • Organizer
      第15回日本ゲノム微生物学会年会
  • [Presentation] 14Cおよび希ガス同位体を用いた白馬八方蛇紋岩温泉メタンの起源研究2020

    • Author(s)
      須田好、阿瀬貴博、宮入陽介、横山祐典、松井洋平、上田修裕、齋藤拓也、佐藤友彦、澤木佑介、中井 亮佑、玉木 秀幸、高橋 浩、森川 徳敏
    • Organizer
      2020年度 日本地球化学会第67回年会
  • [Presentation] Radiocarbon and noble gas isotope study to constrain origin of methane in Hakuba Happo serpentinite-hosted hot spring2020

    • Author(s)
      須田好、阿瀬貴博、宮入陽介、横山祐典、松井洋平、上田修裕、齋藤拓也、佐藤友彦、澤木佑介、中井 亮佑、玉木 秀幸、高橋 浩、森川 徳敏
    • Organizer
      JpGU-AGU Joint Meeting
    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] 地下で発見!ゲノムが膜で包まれたバクテリア

    • URL

      https://www.aist.go.jp/aist_j/press_release/pr2020/pr20201214/pr20201214.html

URL: 

Published: 2021-12-27  

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