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2020 Fiscal Year Annual Research Report

交雑起源の新規集団のゲノム進化に関する包括的研究

Research Project

Project/Area Number 18H02493
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

平瀬 祥太朗  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 助教 (90635559)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 岩崎 渉  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 准教授 (50545019)
小北 智之  福井県立大学, 海洋生物資源学部, 准教授 (60372835)
Project Period (FY) 2018-04-01 – 2021-03-31
Keywords交雑帯 / 日本海 / 系統地理 / 核ゲノム / 集団ゲノミクス / 東シナ海 / mito-nuclear discordance
Outline of Annual Research Achievements

前年度に行ったアゴハゼの系統地理解析により、ミトコンドリア(mt)DNAは太平洋系統に近いにもかかわらず、核ゲノムは日本海系統に近い「東シナ海系統」を発見した。mito-nuclear discordanceと呼ばれるこの不一致は、過去の交雑時のmtDNAと核DNAの異なる伝達パターンに由来すると考えられる。本年度は、多数のSNPマーカーを用いた集団ゲノミクス解析によって東シナ海系統におけるmito-nuclear discordanceが生じた形成史について調査した。 アゴハゼの3つの種内系統(日本海系統、東シナ海系統、太平洋系統)について、RAD-seq法を用いて核DNAのSNP情報を取得し、交雑の有無を検証するHyDe解析と東シナ海系統の形成史に関する複数のモデルの比較検証するデモグラフィックモデリング解析を行った。HyDe解析では東シナ海系統が日本海系統と太平洋系統の交雑に起源を持つこと、その核ゲノムの約9割は日本海系統に由来することが示された。さらにデモグラフィックモデリング解析では、太平洋系統から古くに分岐した“古東シナ海系統”が日本海系統と交雑することで現在の東シナ海系統が形成されたというモデルが強く支持された。これらの結果はmito-nuclear discordanceを示す東シナ海系統が隔離と交雑の繰り返しにより形成されたことを示している。九州周辺にはより最近に形成されたアゴハゼ種内系統間の交雑帯が密集していることも明らかになっていることから、本研究の結果は、九州沿岸域が長期間にわたって沿岸生物にとっての隔離と交雑のホットスポットとして働いており、交雑起源の新たな集団が多数形成されていることを示唆している。

Research Progress Status

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (7 results)

All 2021 2020 Other

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 1 results) Presentation (4 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Integrative genomic phylogeography reveals signs of mitonuclear incompatibility in a natural hybrid goby population2020

    • Author(s)
      Shotaro Hirase, Ayumi Tezuka, Atsushi J. Nagano, Mana Sato, Sho Hosoya, Kiyoshi Kikuchi, Wataru Iwasaki
    • Journal Title

      Evolution

      Volume: 75 Pages: 176~194

    • DOI

      10.1111/evo.14120

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Complex phylogeographic patterns in the intertidal goby Chaenogobius annularis around Kyushu Island as a boundary zone of three different seas2020

    • Author(s)
      Shuya Kato, Seiji Arakaki, Kiyoshi Kikuchi, Shotaro Hirase
    • Journal Title

      Ichthyological Research

      Volume: 68 Pages: 86~100

    • DOI

      10.1007/s10228-020-00772-4

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Mito-nuclear discordanceを示すアゴハゼ東シナ海系統の形成史2021

    • Author(s)
      加藤 柊也、新垣 誠司、永野 惇、菊池 潔、平瀬 祥太朗
    • Organizer
      令和3年度日本水産学会春季大会
  • [Presentation] シロウオ日本海系統における緯度適応と集団ゲノミクス解析2021

    • Author(s)
      平瀬 祥太朗、菊池 潔、永野 惇、小北 智之
    • Organizer
      令和3年度日本水産学会春季大会(ウェブ大会)
  • [Presentation] シロウオ日本海系統における遺伝子流動下での局所適応2020

    • Author(s)
      平瀬 祥太朗、菊池 潔、永野 惇、小北 智之
    • Organizer
      第53回日本魚類学会年会(ウェブ大会)
  • [Presentation] 九州沿岸に着目したドロメとアゴハゼの比較集団ゲノミクス解析2020

    • Author(s)
      加藤 柊也、新垣 誠司、永野 惇、菊池 潔、平瀬 祥太朗
    • Organizer
      第53回日本魚類学会年会(ウェブ大会)
  • [Remarks] ゲノム系統地理学が明らかにした交雑によるミトコンドリアゲノムの進化

    • URL

      https://www.a.u-tokyo.ac.jp/topics/topics_20201112-1.html

URL: 

Published: 2021-12-27  

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