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2021 Fiscal Year Annual Research Report

Structuring of flexible endogenous ligands and applications

Research Project

Project/Area Number 18H02552
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

大和田 智彦  東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 教授 (20177025)

Project Period (FY) 2018-04-01 – 2022-03-31
Keywordsペプチド / ヘリックス構造 / ストランド構造 / MDM2-p53 / MDMX-p53 / タンパク質-タンパク質相互作用 / リゾリン脂質」
Outline of Annual Research Achievements

本研究課題の中心課題は分子に構造を作り出し機能を創製することにある。具体的には生体内リガンドをミミックする分子を構築するための「構造化の有機化学」という基礎サイエンスの確立とメディシナルケミストリーやケミカルバイオロジーへの応用を目的とする「機能創出のサイエンス」の連携である。構造有機化学の基礎研究に加えて実際の生物活性物質の取得によって本研究の仮説を評価する。特に生体内で見られる、構造柔軟性の高い回転しやすい3級アミド結合のシスートランス平衡を動的に固定して堅牢な規則構造を構築し、タンパク質-タンパク質相互作用(PPI)を制御することに主眼を置いた。本研究研究課題の成果としてこの点において重要な進展を得た。すなわち、本研究課題として達成したこととして、二環性βープロリンからなる人工的なヘリックスがタンパク質-タンパク質相互作用として代表的なp53-MDM2,p53-MDMXの相互作用を阻害し、p53の替わりにMDM2やMDMXに結合し、p53の分解を阻害することを明らかにした。すなわち天然に存在していないヘリック構造がタンパク質の間のαーヘリックス同士の相互作用に競合しαーヘリックスに結合出来ることを明らかにした。この成果は他のタンパク質-タンパク質相互作用(PPI)の制御に展開可能である。その他の柔軟な構造として単結合が介在する物質が多数生体にはあるが、この構造化の有機化学は緒が着いたばかりで当該研究期間内はリゾリン脂質の脂肪酸部分への応用への展開を行った。今後重点的に研究したい研究課題である。

Research Progress Status

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (19 results)

All 2022 2021

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results) Presentation (13 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Building on endogenous lipid mediators to design synthetic receptor ligands2022

    • Author(s)
      Luying Chen, Ge Yan, Tomohiko Ohwada
    • Journal Title

      European Journal of Medicinal Chemistry

      Volume: 231 Pages: 114154

    • DOI

      10.1016/j.ejmech.2022.114154

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Contribution of solvents to geometrical preference in the Z/E equilibrium of N-phenylthioacetamide2022

    • Author(s)
      Song S, Hyodo T, Ikeda H, Kim A, Tang Y, Chan E, Otani, Y, Inagaki S, Yamaguchi K, Ohwada T,
    • Journal Title

      J Org Chem.

      Volume: 87 Pages: 1641-1660

    • DOI

      10.1021/acs.joc.1c00801

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Elaboration of non-naturally occurring helical tripeptides as p53-MDM2/MDMX interaction inhibitor2021

    • Author(s)
      Aoze Su, Yuko Tabata, Kiyono Aoki, Akane Sada, Rieko Ohki, Satoru Nagatoishi, Kouhei Tsumoto, Siyuan Wang, Yuko Otani, and Tomohiko Ohwada
    • Journal Title

      Bulletins of the Pharmaceutical Society of Japan

      Volume: 69 Pages: 681-692

    • DOI

      10.1248/cpb.c21-00238

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Switching Lysophosphatidylserine G Protein-coupled Receptor Agonists to Antagonists by Acylation of the Hydrophilic Serine Amine2021

    • Author(s)
      Misa Sayama, Akiharu Uwamizu, Masaya Ikubo, Luying Chen, Ge Yan, Yuko Otani, Asuka Inoue, Junken Aoki, Tomohiko Ohwada
    • Journal Title

      Journal of Medicinal Chemistry

      Volume: 64(14) Pages: 10059-10101

    • DOI

      10.1021/acs.jmedchem.1c00347

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Unexpectedly Rigid Short Peptide Foldamers in which NH-p and CH-p Interactions are Reserved in Solution Luhan Zhai, Masayuki Nara, Yuko Otani, Tomohiko Ohwada2021

    • Author(s)
      Luhan Zhai, Masayuki Nara, Yuko Otani, Tomohiko Ohwada
    • Journal Title

      Chemical Communications

      Volume: 57 (67) Pages: 8344-8347

    • DOI

      10.1039/D1CC02998C

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Rhodium and Palladium Complexes of NHeterocyclic Olefin (NHO) Ligand Fused with the 9,10-Dihydro-9,10-ethanoanthracene Framework2021

    • Author(s)
      Shin Ando, Akio Ohara, Tomohiko Ohwada, Tadao Ishizuka
    • Journal Title

      Organometallics

      Volume: 40 Pages: 3668-3677

    • DOI

      10.1021/acs.organomet.1c00503

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] ベンズアニリド含有非天然アミノ酸ペプチドの光誘起的なコンホメーション変化2022

    • Author(s)
      一瀬 朝海1、○尾谷 優子1、大和田 智彦1
    • Organizer
      日本薬学会 第142年会
  • [Presentation] トリプトファンの酵素的環化を利用したペプチド三次元構造制御の検討2022

    • Author(s)
      笠原 彰友1、尾谷 優子1、澄本 慎平2、岡田 正弘2、大和田 智彦1
    • Organizer
      日本薬学会 第142年会
  • [Presentation] 分子内ジスルフィド結合生成によるアミドのシストランス平衡の可逆的制御2022

    • Author(s)
      程 雨荷1、尾谷 優子1、大和田 智彦
    • Organizer
      日本薬学会 第142年会
  • [Presentation] 窒素原子を含む結合活性化学種の発見2022

    • Author(s)
      大和田 智彦
    • Organizer
      日本薬学会 第142年会
    • Invited
  • [Presentation] 二環性β-アミノ酸の水素結合性側鎖によるアミドのシス-トランス異性化制御2021

    • Author(s)
      王 し泓1、尾谷 優子1、兵頭 直2、山口 健太郎2、大和田 智彦
    • Organizer
      第65回日本薬学会関東支部大会
  • [Presentation] Identification of Inverse Agonists Starting from Agonists for Lipid Mediator Lysophatidylserine Receptors2021

    • Author(s)
      Ge Yan1、Misa Sayama1、Luying Chen1、Akiharu Uwamizu1、Yuko Otani1、Asuka Inoue2、Junken Aoki1、Tomohiko Ohwada
    • Organizer
      第65回日本薬学会関東支部大会
  • [Presentation] Access to Inactive States of Lysolipid G Protein Coupled Receptor through Generation of Inverse Agonists, Switching from Antagonists2021

    • Author(s)
      Junjun Huang1、Ge Yan1、Luying Chen1、Misa Sayama1、Akiharu Uwamizu1、Yuko Otani1、Asuka Inoue2、Junken Aoki1、Tomohiko Ohwada
    • Organizer
      第65回日本薬学会関東支部大会
  • [Presentation] ベンズアニリド誘導体におけるアミドシス-トランス制御によるペプチドコンホメーション変化2021

    • Author(s)
      一瀬 朝海、尾谷 優子、大和田 智彦
    • Organizer
      第65回日本薬学会関東支部大会
  • [Presentation] トリプトファン環化体によるプロリン立体配座の構築2021

    • Author(s)
      笠原彰友、尾谷優子、大和田智彦
    • Organizer
      第47回反応と合成の進歩シンポジウム
  • [Presentation] Effect of cis-trans transformation of benzanilide derivatives on peptide conformation2021

    • Author(s)
      Asami Ichinose, Yuko Otani, Tomohiko Ohwada
    • Organizer
      第58回ペプチド討論会
  • [Presentation] Mix-and-Match Strategy to Generate Lyso Phospholipd Agonists toward Membrane Receptors2021

    • Author(s)
      Tomohiko Ohwada, Masaya Ikubo, Sejin Jung, Sho Nakamura, Misa Sayama, Luying Chen, Yuko Otani
    • Organizer
      13th AFMC International Medicinal Chemistry Symposium
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Investigation of Hydrophobic Requirement for P2Y10/LPS2 Selective Agonist Development and In-silico Construction of P2Y10-Agonist Binding Model2021

    • Author(s)
      Luying Chen, Misa Sayama, Yuko Otani, Tomohiko Ohwada
    • Organizer
      13th AFMC International Medicinal Chemistry Symposium
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Access to Inactive States of Lysolipid Receptor GPR34 through Generation of Inverse Agonists, Switching from Antagonists2021

    • Author(s)
      Junjun Huang, Luying Chen, Yuko Otani, Misa Sayama, Tomohiko Ohwada
    • Organizer
      13th AFMC International Medicinal Chemistry Symposium
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2022-12-28  

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