2018 Fiscal Year Annual Research Report
Investigation of virus infection dynamics through comprehensive multi-omics approach
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18H02662
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
佐藤 佳 東京大学, 医科学研究所, 准教授 (10593684)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
城口 克之 国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, ユニットリーダー (00454059)
中岡 慎治 北海道大学, 先端生命科学研究院, 特任講師 (30512040)
鈴木 穣 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (40323646)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | システムウイルス学 / マルチオミクス / ウイルス感染 / HIV |
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| Outline of Annual Research Achievements |
申請者は、発現開始からの時間依存的に蛍光色が緑から赤に変色する蛍光タンパク質fluorescenttimer（FT）を搭載した組換えウイルス「HIV-FT」を作製した。FTはHIV-1のプロモーター依存的に発現するため、感染開始からの感染細胞の時間経過を蛍光色の変化で擬似時間（pseudotime）として追跡することができる。HIV-FTを接種したヒト化マウスの体内ではウイルス複製が同時多発的に進行しているため、さまざまな蛍光色の感染細胞（すなわち、感染からの時間経過がさまざまな細胞）が混在する。P3施設に設置したセルソーターを用い、感染細胞を蛍光色を基 に分画・分取する。
本年度は特に、感染マウスからの検体調整方法の検討を行った。具体的には、感染後２週齢のマウスの脾臓からヒト白血球を回収し、P3施設に設置したセルソーターを用い、感染細胞を非感染細胞に分けてそれぞれを分取した。分取の際の細胞の純度を99%以上に保つことに成功した。その後、P3施設に設置したC1（フリューダイム社）を用い、シングルセルRNA-sequencingを実施した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
特に、高い純度で感染細胞を取得すること、および、C1（フリューダイム社）での解析に足る細胞数を得ることに技術的なハードルがあり、この解決に取り組んだため。
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| Strategy for Future Research Activity |
感染マウスを作成してからシングルセルRNA-sequencingを実施するまでのパイプラインは確立した。今後は特に、得られたシングルセルRNA-sequencingのデータの解析を進める。
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Research Products
(2 results)
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[Journal Article] New World feline APOBEC3 potently controls inter-genus lentiviral transmission2018
Author(s)
Konno Y, Nagaoka S, Kimura I, Yamamoto K, Kagawa Y, Kumata R, Aso H, Takahashi TM, Nakagawa S, Kobayashi T, Koyanagi Y, Sato K*.
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Journal Title
Retrovirology
Volume: 15
Pages: 31
DOI
Peer Reviewed / Open Access
