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2021 Fiscal Year Annual Research Report

新規ペプチドエピメラーゼ類の反応基盤解明

Research Project

Project/Area Number 18H03937
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

大利 徹  北海道大学, 工学研究院, 教授 (70264679)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 森田 洋行  富山大学, 学術研究部薬学・和漢系, 教授 (20416663)
濱野 吉十  福井県立大学, 生物資源学部, 教授 (50372834)
Project Period (FY) 2018-04-01 – 2022-03-31
Keywordsペプチドエピメラーゼ / ペプチドグリカン / ラッソペプチド / ポリグルタミン酸
Outline of Annual Research Achievements

以下のペプチド新規異性化酵素について詳細な解析を行った。1.昨年度、UDP-MurNAc-L-Ala-L-Gluの末端のL-Gluのエピメリ化を触媒するMurLは、基質のL-Gluのα位のカルボニル基をアデニル化により活性化することを明らかにした。MurLの反応機構の手掛かりを得るためATPアナログとの共結晶体のX線結晶構造解析を行ったが、基質を捕捉すると推定される領域が揺らいでおり、基質認識残基や反応機構を推定するには、アデニル化された反応中間体ミミックとの共結晶を得る必要があることが分かり、これら化合物の合成を行った。 2.リボソームにより合成されるラッソペプチド(MS-271)のC末のTrpを異性化するMslHの反応機構を探るため、C末のTrpを除いたプレカーサーペプチドとの共結晶体のX線結晶構造解析を行った。その結果、活性アミノ酸残基、基質結合アミノ酸残基、2価金属が配位するアミノ酸残基を推定できた。また、これら残基をAla置換し異性化反応への関与を実証した。3.これまでに、ポリグルタミン酸(PGA)に含まれるD-Gluは伸長末端に付加したL-GluがPgsAによりエピメリ化され生成することを明らかにした。PgsAは上記MslHと部分的に相同性を有するため、MslHの結晶構造を基にPgsAの構造を推定し、100%と60%のD-Glu含有PGAを生成する2種類のPgsAで異なるアミノ酸を含む領域(~7アミノ酸残基)を入れ換えた結果、含有D-Gluは領域の入れ換えに用いたPgsAが生産する本来のPGAのD-Glu比率とほぼ同じになったことから、PgsAがエピメリ化を触媒することが強く示唆された。

Research Progress Status

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和3年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (22 results)

All 2022 2021 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 3 results) Presentation (18 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 2 results)

  • [Int'l Joint Research] North Carolina State University(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      North Carolina State University
  • [Journal Article] Discovery of an alternative pathway of peptidoglycan biosynthesis: A new target for pathway specific inhibitors2021

    • Author(s)
      Ogasawara Yasushi、Dairi Tohru
    • Journal Title

      Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology

      Volume: 48 Pages: -

    • DOI

      10.1093/jimb/kuab038

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Identification of Cyclopropane Formation in the Biosyntheses of Hormaomycins and Belactosins: Sequential Nitration and Cyclopropanation by Metalloenzymes2021

    • Author(s)
      Li Xiaojun、Shimaya Ryo、Dairi Tohru、Chang Wei‐chen、Ogasawara Yasushi
    • Journal Title

      Angewandte Chemie International Edition

      Volume: 61 Pages: -

    • DOI

      10.1002/anie.202113189

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Identification of pulvomycin as an inhibitor of the futalosine pathway2021

    • Author(s)
      Ogasawara Yasushi、Umetsu Shuhei、Inahashi Yuki、Nonaka Kenichi、Dairi Tohru
    • Journal Title

      The Journal of Antibiotics

      Volume: 74 Pages: 825~829

    • DOI

      10.1038/s41429-021-00465-8

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 高機能性生体分子の創成をめざした生合成マシナリーの基盤解明~新規ペプチドエピメラーゼの発見と機能解析~2022

    • Author(s)
      大利 徹
    • Organizer
      科研費-新学術領域-生合成リデザイン取りまとめシンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] 有用化合物の微生物発酵生産~EPAと抗酸化剤エルゴチオネイン~2022

    • Author(s)
      大利 徹
    • Organizer
      ファーマラボ EXPO 大阪 アカデミックフォーラム
  • [Presentation] 微細藻類由来DHA合成酵素の炭素鎖伸長反応の解析2022

    • Author(s)
      仲間 陸、佐藤 康治、小笠原 泰志、大利 徹
    • Organizer
      2022年度日本農芸化学会大会
  • [Presentation] 三員環構造を有するペプチド抗生物質ベラクトシンとホルマオマイシンの生合成研究2022

    • Author(s)
      島谷 諒、大利 徹、小笠原 泰志
    • Organizer
      2022年度日本農芸化学会大会
  • [Presentation] ラッソペプチドRES-701の生合成研究2022

    • Author(s)
      山谷 優花、小笠原 泰志、大利 徹
    • Organizer
      2022年度日本農芸化学会大会
  • [Presentation] Involvement of Peptide Epimerization in the biosynthesis of Linaridin Class Ribosomally Synthesized and Post-translationally Modified Peptides2022

    • Author(s)
      Wanlu Xiao、小笠原 泰志、大利 徹
    • Organizer
      2022年度日本農芸化学会大会
  • [Presentation] New Peptide Epimerase in the Biosynthesis of a D-Tryptophan Containing Lasso Peptide, MS-2712021

    • Author(s)
      Yasushi Ogasawara and Tohru Dairi
    • Organizer
      Directing Biosynthesis
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Analysis of a novel pathway for para-aminobenzoate biosynthesis in bacteria2021

    • Author(s)
      Wanlu Xiao, Yasuharu Satoh, Yasushi Ogasawara, Tohru Dairi
    • Organizer
      日本農芸化学会北海道支部大会
  • [Presentation] 微細藻類由来DHA合成酵素の炭素鎖長制御機構の解明2021

    • Author(s)
      仲間 陸、佐藤 康治、小笠原 泰志、大利 徹
    • Organizer
      日本農芸化学会北海道支部大会
  • [Presentation] 新規メナキノン生合成経路阻害剤の探索2021

    • Author(s)
      梅津 秀平、小笠原 泰志、大利 徹
    • Organizer
      日本農芸化学会北海道支部大会
  • [Presentation] Flavonoids from Woodfordia fruticosa as potential SmltD inhibitors in the alternative biosynthetic pathway of peptidoglycan2021

    • Author(s)
      Yuan-E Lee, Takeshi Kodama, Nwet Nwet Win, Dae-Won Ki, Tohru Dairi, Hiroyuki Morita
    • Organizer
      日本生薬学会年会
  • [Presentation] メナキノン新規生合成経路阻害剤の探索2021

    • Author(s)
      梅津 秀平、小笠原 泰志、稲橋 佑起、野中 健一、大利 徹
    • Organizer
      日本放線菌学会2021年度大会
  • [Presentation] メナキノン新規生合成経路阻害剤の探索2021

    • Author(s)
      梅津 秀平、小笠原 泰志、稲橋 佑起、野中 健一、大利 徹
    • Organizer
      第23回天然薬物の開発と応用シンポジウム
  • [Presentation] 三員環構造を有するペプチド抗生物質ベラクトシンとホルマオマイシンの生合成研究2021

    • Author(s)
      島谷 諒、大利 徹、小笠原 泰志
    • Organizer
      日本農芸化学会北海道支部大会
  • [Presentation] 微細藻類由来DHA合成酵素のdehydrataseドメインの機能解析2021

    • Author(s)
      小林 飛悠、佐藤 康治、小笠原 泰志、大利 徹
    • Organizer
      日本農芸化学会北海道支部大会
  • [Presentation] Linaridin natural products containing d-amino acids2021

    • Author(s)
      Wanlu Xiao, Yasushi Ogasawara, and Tohru Dairi
    • Organizer
      日本農芸化学会北海道支部大会
  • [Presentation] 病原微生物が持つ特異代謝経路をターゲットとした高特異性抗生剤の探索2021

    • Author(s)
      大利 徹
    • Organizer
      ファーマラボ EXPO [東京] アカデミックフォーラム
  • [Presentation] New Enzymes catalyzing peptide epimerizations2021

    • Author(s)
      Tohru Dairi
    • Organizer
      PacifiChem 2021
    • Int'l Joint Research / Invited

URL: 

Published: 2022-12-28  

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