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2019 Fiscal Year Annual Research Report

Elucidation of molecular mechanism and universality of ribosome ubiquitin code

Research Project

Project/Area Number 18H03977
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

稲田 利文  東北大学, 薬学研究科, 教授 (40242812)

Project Period (FY) 2018-04-01 – 2021-03-31
Keywords翻訳品質管理 / リボソーム / ユビキチン化 / クライオ電子顕微 / 異常翻訳停滞 / サブユニット解離 / プロテアソーム
Outline of Annual Research Achievements

細胞の保持する品質管理機構は、異常な遺伝子産物を認識し排除することで遺伝子発現の正確性を保証しています。研究代表者は、翻訳停止に起因する品質管理機構を世界に先駆けて発見し分子機構の解明を進めてきました。これまでに、翻訳伸長反が途中で停止した場合に、合成途上のポリペプチド鎖のユビキチン化とプロテアソームによる迅速な分解が起こることを世界に先駆けて報告しました。今回、研究グループでは、ユビキチン付加酵素であるHel2が、特異的な翻訳停止状態のリボソームを認識し、リボソームタンパク質の特定の残基をユビキチン化することが、異常翻訳を認識する品質管理機構の普遍的な分子機構であることを以前報告しています。今回、衝突したリボソームが Hel2 による品質管理を誘導する特異的構造を形成することを見出しました。翻訳品質管理の標的となる2つのリボソームが衝突して停滞した構造を、クライオ電顕で解明しました(EMBO J, 2019)。
さらに翻訳停滞によってタンパク質合成を分解経路へと導く内在性の配列を世界で初めて発見し、その停滞メカニズムを、クライオ電子顕微鏡を用いた構造解析、遺伝学や生化学的な手法を用いた機能解析によって明らかにしました。また、発見した内在性の配列を用いて、①翻訳停滞、②リボソームの衝突、③衝突したリボソームのユビキチン化、④ユビキチン化されたリボソームのサブユニット解離までの多段階反応を試験管内で再現することに成功し、RQT複合体が翻訳停滞したリボソームのサブユニット解離を誘導する本体であることを初めて証明しました。また、試験管内の再現実験により、品質管理機構に関与する因子の詳細な機能が明らかになりました(NSMB, 2020)。またヒトにおけるRQT複合体を同定しました(Sci Rep, 2020)。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

異常リボソームは様々な発現異常の原因となるため、細胞は機能欠損リボソームを認識し排除する品質管理機構を解析した。その結果、リボソームタンパク質uS3のユビキチン化が必須であることを示し、関与するE3ユビキチンライゲース群の同定に成功した。この研究成果により、細胞の持つ新たな品質管理の仕組みが分子レベルで解明しただけでなく、リボソーム機能欠損に起因する遺伝病であるリボソーム病の理解に大きく貢献することが期待される。従って、本研究課題は。概ね順調に進んでいると考える。

Strategy for Future Research Activity

翻訳停滞に起因する品質管理機構RQCと、異常リボソームの品質管理機構であるNRDにおける「リボソームユビキチンコード」を、出芽酵母と高等真核生物で解明する。
【目的1】本年度は、①RQC による制御の生理的意義を明らかにする。特に小胞体への局在化に焦点を当てて解析を行う。②ヒトでの異常翻訳の認識機構と解離反応を試験管内反応で再構築することをめざす。ヒトRQT複合体の精製に成功しており、試験管内での再構築のための条件検討を進める。②ユビキチン化リボソームのサブユット解離のリアルタイム観察を目指す。
【目的2】Mag2と新規E3ライゲースによる機能欠損リボソーム認識機構を解明する。A1492C を持つ機能欠損リボソームが開始コドンで停滞することをSelective profilingで明らかにしたため、開始コドンで停滞したリボソームにおける2段階でのユビキチン化反応の分子機構を解明する。また、ヒト培養細胞における機能欠損リボソーム品質管理NRDの検証を進める。

  • Research Products

    (52 results)

All 2020 2019 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 3 results) Presentation (48 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results)

  • [Int'l Joint Research] University of Munich(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      University of Munich
  • [Journal Article] RQT complex dissociates ribosomes collided on endogenous RQC substrate SDD12020

    • Author(s)
      Matsuo Yoshitaka、Tesina Petr、Nakajima Shizuka、Mizuno Masato、Endo Akinori、Buschauer Robert、Cheng Jingdong、Shounai Okuto、Ikeuchi Ken、Saeki Yasushi、Becker Thomas、Beckmann Roland、Inada Toshifumi
    • Journal Title

      Nature Structural & Molecular Biology

      Volume: 27 Pages: 323-332

    • DOI

      10.1038/s41594-020-0393-9

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Identification of a novel trigger complex that facilitates ribosome-associated quality control in mammalian cells2020

    • Author(s)
      Hashimoto Satoshi、Sugiyama Takato、Yamazaki Reina、Nobuta Risa、Inada Toshifumi
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 10 Pages: 3422

    • DOI

      doi.org/10.1038/s41598-020-60241-w

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Quality controls induced by aberrant translation2020

    • Author(s)
      Inada Toshifumi
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 48 Pages: 1084~1096

    • DOI

      10.1093/nar/gkz1201

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] tRNAエンドヌクレアーゼVms1による新生ポリペプチド鎖の品質管理とミトコンドリア恒常性の維持機構2019

    • Author(s)
      井澤俊明
    • Organizer
      日本生化学会東北支部 第85回例会・シンポジウム
  • [Presentation] 小胞体ストレス応答に関与するE3ユビキチン付加酵素の同定と機能解析2019

    • Author(s)
      中野裕
    • Organizer
      日本生化学会東北支部 第85回例会・シンポジウム
  • [Presentation] 翻訳停滞に起因したタンパク質品質管理機構RQCの内在性標的SDD1の解析2019

    • Author(s)
      中島静香
    • Organizer
      日本生化学会東北支部 第85回例会・シンポジウム
  • [Presentation] 3’UTR の異常翻訳に対する品質管理機構としての翻訳停滞2019

    • Author(s)
      橋本怜史
    • Organizer
      日本生化学会東北支部 第85回例会・シンポジウム
  • [Presentation] 機能欠失型リボソーム品質管理機構18S NRDにおける基質特異性の解明2019

    • Author(s)
      庄内王功人
    • Organizer
      日本生化学会東北支部 第85回例会・シンポジウム
  • [Presentation] 多段階ユビキチン化反応が機能不全リボソームの分解を誘導する2019

    • Author(s)
      杉山 誉人
    • Organizer
      日本生化学会東北支部 第85回例会・シンポジウム
  • [Presentation] 3’UTR における新規翻訳開始機構の解析2019

    • Author(s)
      信田理沙
    • Organizer
      日本生化学会東北支部 第85回例会・シンポジウム
  • [Presentation] 未成熟 27SB pre-rRNA を含む異常リボソームの品質管理機構の解析2019

    • Author(s)
      林涼也
    • Organizer
      日本生化学会東北支部 第85回例会・シンポジウム
  • [Presentation] 哺乳類細胞における RQC (Ribosom-associated quality control)の生理的意義と 分子機構の解析2019

    • Author(s)
      関萌香
    • Organizer
      日本生化学会東北支部 第85回例会・シンポジウム
  • [Presentation] 脱ユビキチン化酵素 Ubp2、Ubp3 による uS10 のユビキチン化修飾の制御機構 の解析2019

    • Author(s)
      友松翔也
    • Organizer
      日本生化学会東北支部 第85回例会・シンポジウム
  • [Presentation] 機能欠失リボソームの品質管理機構 18S NRD における基質認識機構の解析2019

    • Author(s)
      李思涵
    • Organizer
      日本生化学会東北支部 第85回例会・シンポジウム
  • [Presentation] Sequential ubiquitination of ribosomal protein uS3 triggers the subunit dissociation leading to degradation of nonfunctional 40S subunit2019

    • Author(s)
      李 思涵
    • Organizer
      RNA 2019(24th Annual Meeting of the RNA Society)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] リボソーム動的修飾の分子機構と生理機能2019

    • Author(s)
      稲田利文
    • Organizer
      第19回日本蛋白質科学会、第71回日本細胞生物学会合同大会
  • [Presentation] RQT complex dissociates ribosomes collided on endogenous RQC substrate2019

    • Author(s)
      松尾 芳隆
    • Organizer
      第21回日本RNA学会年会
  • [Presentation] Roles of tRNA Endonuclease Vms1 in Quality Control of Newly Synthesized Proteins and Mitochondrial Homeostasis2019

    • Author(s)
      井澤俊明
    • Organizer
      第21回日本RNA学会年会
  • [Presentation] 3UTR の異常翻訳に対する品質管理機構としての翻訳停滞2019

    • Author(s)
      橋本怜史
    • Organizer
      第21回日本RNA学会年会
  • [Presentation] Ccr4-Not 複合体によるRQC 制御機構の解析2019

    • Author(s)
      杉山誉人
    • Organizer
      第21回日本RNA学会年会
  • [Presentation] 機能欠損リボソームの品質管理機構18S NRD における基質認識メカニズムの解析2019

    • Author(s)
      李 思涵
    • Organizer
      第21回日本RNA学会年会
  • [Presentation] RQC (Ribosome-associated Quality Control)による翻訳停滞産物の分解は神経細胞の生存と形態形成に重要である。2019

    • Author(s)
      関萌香
    • Organizer
      第21回日本RNA学会年会
  • [Presentation] 機能欠損型リボソーム品質管理機構18S NRD における基質特異性の解明2019

    • Author(s)
      庄内王功人
    • Organizer
      第21回日本RNA学会年会
  • [Presentation] 脱ユビキチン化酵素によるRQC 促進機構の解析2019

    • Author(s)
      友松翔太
    • Organizer
      第21回日本RNA学会年会
  • [Presentation] 小胞体ストレス応答に関与する新規E3 ユビキチン付加酵素の同定と機能解析2019

    • Author(s)
      中野裕
    • Organizer
      第21回日本RNA学会年会
  • [Presentation] 異常リボソーム品質管理27S NRD におけるRQC因子の新規機能2019

    • Author(s)
      林涼也
    • Organizer
      第21回日本RNA学会年会
  • [Presentation] The Ccr4-Not complex monitors the translating ribosome for codon optimality2019

    • Author(s)
      松尾 芳隆
    • Organizer
      第7回CCR4-NOT研究会
  • [Presentation] Translation arrest as a protein quality control system for aberrant translation of the 3’-UTR in mammalian cells2019

    • Author(s)
      橋本怜史
    • Organizer
      第7回CCR4-NOT研究会
  • [Presentation] 翻訳停滞に起因する品質管理におけるCcr4-Not 複合体の機能解析2019

    • Author(s)
      杉山誉人
    • Organizer
      第7回CCR4-NOT研究会
  • [Presentation] Analysis on substrate recognition in 18S nonfunctional ribosomal RNA decay2019

    • Author(s)
      李 思涵
    • Organizer
      第7回CCR4-NOT研究会
  • [Presentation] RQT complex dissociates ribosomes collided on endogenous RQC substrate SDD12019

    • Author(s)
      稲田利文
    • Organizer
      EMBL Protein Synthesis and Translational Control
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 多段階ユビキチン化反応が機能不全リボソームの分解を誘導する2019

    • Author(s)
      杉山誉人
    • Organizer
      第92回日本生化学会大会
  • [Presentation] 3’UTR の異常翻訳に対する品質管理機構としての翻訳停滞2019

    • Author(s)
      橋本怜史
    • Organizer
      RNAフロンティアミーティング2019
  • [Presentation] コドン解読活性を持たないリボソームの認識・分解機構の解析2019

    • Author(s)
      李 思涵
    • Organizer
      RNAフロンティアミーティング2019
  • [Presentation] 機能欠失型リボソーム品質管理機構18S NRD における新規分解経路の解明2019

    • Author(s)
      庄内王功人
    • Organizer
      RNAフロンティアミーティング2019
  • [Presentation] 異常リボソーム品質管理機構27S NRD におけるRQC 因子の新規機能2019

    • Author(s)
      林涼也
    • Organizer
      RNAフロンティアミーティング2019
  • [Presentation] 3’UTR の異常翻訳に対する品質管理機構としての翻訳停滞2019

    • Author(s)
      橋本怜史
    • Organizer
      第58回日本薬学会東北支部大会
  • [Presentation] コドン解読活性を持たないリボソームの認識・分解機構の解析2019

    • Author(s)
      李 思涵
    • Organizer
      第58回日本薬学会東北支部大会
  • [Presentation] 機能不全リボソームの分解機構を誘導するユビキチン化反応の解析2019

    • Author(s)
      加藤 海輝
    • Organizer
      第58回日本薬学会東北支部大会
  • [Presentation] 翻訳停滞に起因したタンパク質品質管理機構RQC の内在性標的SDD1 の解析2019

    • Author(s)
      中島 静香
    • Organizer
      第58回日本薬学会東北支部大会
  • [Presentation] 異常タンパク質分解機構RQC の新規標的遺伝子SDD1 の同定2019

    • Author(s)
      水野 雅人
    • Organizer
      第58回日本薬学会東北支部大会
  • [Presentation] 機能欠失型リボソーム品質管理機構18S NRD における新規分解経路の解明2019

    • Author(s)
      庄内王功人
    • Organizer
      第58回日本薬学会東北支部大会
  • [Presentation] RQC (Ribosome-associated Quality Control)による翻訳停滞産物の分解は神 経細胞の生存と形態形成に重要である。2019

    • Author(s)
      関萌香
    • Organizer
      第58回日本薬学会東北支部大会
  • [Presentation] 脱ユビキチン化酵素Ubp2 によるRQC の制御機構2019

    • Author(s)
      友松翔太
    • Organizer
      第58回日本薬学会東北支部大会
  • [Presentation] 小胞体ストレス応答に関与する新規E3 ユビキチン付加酵素の同定と機能解析2019

    • Author(s)
      中野裕
    • Organizer
      第58回日本薬学会東北支部大会
  • [Presentation] 異常リボソーム品質管理機構27S NRD におけるRQC 因子の新規機能2019

    • Author(s)
      林涼也
    • Organizer
      第58回日本薬学会東北支部大会
  • [Presentation] ヒト培養細胞におけるANKZF1 のin vivo でのRQC に関する機能解析2019

    • Author(s)
      鹿野 真吏亜
    • Organizer
      第58回日本薬学会東北支部大会
  • [Presentation] 小胞体ストレス下での翻訳制御に関与する翻訳開始因子の探索2019

    • Author(s)
      齋藤大志
    • Organizer
      第58回日本薬学会東北支部大会
  • [Presentation] 新生ポリペプチド鎖の品質管理におけるVms1 の機能解析2019

    • Author(s)
      鈴木 輝彦
    • Organizer
      第58回日本薬学会東北支部大会
  • [Presentation] 品質管理機構RQC とNGD における40S 関連因子の関与2019

    • Author(s)
      渡邊 敦也
    • Organizer
      第58回日本薬学会東北支部大会
  • [Presentation] General roles of ribosome ubiquitination in quality Controls and stress response2019

    • Author(s)
      稲田利文
    • Organizer
      第42回日本分子生物学会年会

URL: 

Published: 2021-01-27  

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