2020 Fiscal Year Annual Research Report
Advancement of sensory ecology and genomics of primates by contrasting New and Old Worlds
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18H04005
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
河村 正二 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 教授 (40282727)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
今井 啓雄 京都大学, 霊長類研究所, 教授 (60314176)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | 感覚進化 / 霊長類 / 色覚 / 嗅覚 / 味覚 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
ターゲットキャプチャーと大規模並列シーケンシングにテナガザル3種6個体を追加し、テナガザルをこれまでと合わせて10種15個体とした。全ゲノム配列決定された個体と同じノドジロオマキザル1個体を追加し、全ゲノム配列とターゲットキャプチャーの直接比較を行えるようにした。また、golden lion tamarinを1個体とCelebes crested macaqueを1個体追加した。ヒトにおいては、ミャンマーの多様な民族から96個体を解析に加えた。配列のショートリードの参照配列に対するマッピングとアセンブル方法の改良を検討した。ヒトの嗅覚受容体遺伝子レパートリーの集団間と集団内の構成の比較を進展させた。テナガザル10種15個体について苦味受容体遺伝子のターゲットキャプチャーと大規模並列シーケンシングによる配列解析を進展させた。アフリカ・アジアのサルの苦味受容体レパートリーの種間比較を進展させた。中南米サルの嗅覚受容体レパートリーの種間比較を進展させた。中南米のサル、アジア・アフリカのサル、類人猿、ヒトにおけるL-Mオプシン遺伝子間塩基相違度解析をさらに前進させ、LとMオプシンの分岐の起源について解析を進めた。
エクアドルの広鼻猿類についてL/Mオプシンの遺伝子型を決定し、アリル頻度構成の種間比較を行った。ノドジロオマキザルの全ゲノム配列決定を行い嗅覚受容体の遺伝子構成を調査した。
色覚遺伝子進化のモデルとして重要な小型魚類のメダカについて遺伝子重複した中波長感受型オプシンRH2の種間解析を行い、波長感受性のパラログ間の相違が遺伝子変換に抗して自然選択で維持されていることを明らかにした。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
配列のショートリードの参照配列に対するマッピングとアセンブル方法を改良した。エクアドルの広鼻猿類についてL/Mオプシンの遺伝子型を決定し、アリル頻度構成の種間相違には種間のニッチ棲み分けが関わることを示した。ノドジロオマキザルの全ゲノム配列決定を行い嗅覚受容体の遺伝子構成をPNAS誌に発表した。
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| Strategy for Future Research Activity |
ミャンマーの多様な民族について嗅覚受容体、苦味受容体、旨味甘味受容体、L・M・Sオプシン、noncoding中立対照のゲノム領域のターゲットキャプチャーと大規模並列シーケンシングの結果の解析を進展させる。テナガザル10種15個体について嗅覚受容体遺伝子と味覚受容体遺伝子のターゲットキャプチャーと大規模並列シーケンシングによる配列解析を進展させる。アジア・アフリカのサルについて嗅覚受容体と味覚受容体遺伝子のターゲットキャプチャーと大規模並列シーケンシングによる配列解析を進展させる。中南米のサルについて嗅覚受容体と味覚受容体遺伝子のターゲットキャプチャーと大規模並列シーケンシングによる配列解析を進展させる。メガネザルと曲鼻猿について嗅覚受容体と味覚受容体遺伝子のターゲットキャプチャーと大規模並列シーケンシングによる配列解析を進展させる。
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[Journal Article] Color vision and niche partitioning in a diverse neotropical primate community in lowland Amazonian Ecuador2021
Author(s)
Veilleux, C. C., Kawamura, S., Montague, M. J., Hiwatashi, T., Matsushita, Y., Fernandez-Duque, E., Link, A., Di Fiore, A., D. and Max Snodderly, M.
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Journal Title
Ecology and Evolution
Volume: 11
Pages: 5742-5758
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Crumbs proteins stabilize the cone mosaics of photoreceptors and improve vision in zebrafish2021
Author(s)
Hao, Q., Zheng, M., Weng, K., Hao, Y., Zhou, Y., Lin, Y., Gao, F., Kou, Z., Kawamura, S., Yao, K., Xu, P., Chen, J., Zou, J.
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Journal Title
Journal of Genetics and Genomics
Volume: 48
Pages: 52-62
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] The genomics of ecological flexibility, large brains, and long lives in capuchin monkeys revealed with fecalFACS2021
Author(s)
Orkin, J. D., （共著者18名中略）, Kawamura, S., Marques-Bonet, T., Krawetz, R. and Melin, A. D.
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Journal Title
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
Volume: 118
Pages: e2010632118
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Infant cannibalism in wild white-faced capuchin monkeys2020
Author(s)
Nishikawa, M., Ferrer, N., Cheves, S., Lopez, R., Kawamura, S., Fedigan, L. M., Melin, A. D., Jack, K. M.
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Journal Title
Ecology and Evolution
Volume: 10
Pages: 12679-12684
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Primate life history, social dynamics, ecology, and conservation: contributions from long-term research in Area de Conservacion Guanacaste, Costa Rica2020
Author(s)
Melin. A. D., Hogan, J. D., Campos, F. A., Wikberg, E., King-Bailey, G., Webb, S., Kalbitzer, U., Asensio, N., Murillo-Chacon, E., Hernandez, S. C., Chavarria, A. G., Schaffner, C. M., Kawamura, S., Aureli, F., Fedigan, L., Jack, K. M.
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Journal Title
Biotropica
Volume: 52
Pages: 1041-1064
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Presentation] コスタリカに生息する野生ノドジロマキザルで観察されたカニバリズム2020
Author(s)
西川真理、Ferrero, N., Cheves, S., Lopez, R., 河村正二, Fedigan, L. M., Melin, A. D., Jack, K. M.
Organizer
第36回日本霊長類学会大会、オンライン
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[Presentation] Genes under positive selection in the capuchin monkeys (Cebus imitator) provide new insight into the evolution of long lives2020
Author(s)
Tejada-Martinez, D., Orkin, J. D., Montague, M. J., Warren, W. C., Kawamura, S., de Magalhaes, J. P., Melin, A. D.
Organizer
The 10th meeting on Mechanisms of Aging, Cold Spring Harbor Laboratory, Online
Int'l Joint Research
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[Presentation] Genetic diversity of olfactory receptors among human populations2020
Author(s)
Akhtar, M. S., Ashino, R., Niimura, Y., Touhara, K., Melin, A. D. and Kawamura, S.
Organizer
第22回日本進化学会大会：シンポジウム 感覚進化学の異分野協奏、オンライン
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