2020 Fiscal Year Annual Research Report
How species diversity is determined?: eco-genomics for the evolutionary community ecology of a predator-prey system
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18H04010
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
曽田 貞滋 京都大学, 理学研究科, 教授 (00192625)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
池田 紘士 弘前大学, 農学生命科学部, 准教授 (00508880)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | オサムシ / フトミミズ科 / 種多様性 / 捕食者ー被食者 / 全ゲノム配列 / 生態ゲノミクス / 形質進化 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
（１）オオオサムシ亜属における体サイズ変異の遺伝的基盤：体サイズが異なるヒメオサムシの地域個体群における、集団分化過程を解明するために、リシーケンスデータのSNP解析によるデモグラフィー推定を行った。
（２）オオオサムシ亜属における交尾器形態種間差の遺伝的基盤：イワワキオサムシ・アオオオサムシ種群の東系統に含まれるミカワ、カケガワ、シズオカ、アオの蛹期トランスクリプトーム比較を、シズオカの参照ゲノムを用いて行い、種特異的交尾器形態形成に関与する発現変動遺伝子を探索した。また西系統のイワワキ、マヤサン、ドウキョウのトランスクリプトーム比較により、種特異的交尾器形態の形成に関わる遺伝子ネットワークとそのハブ遺伝子を特定し、遺伝子発現プロファイルの種間差を検出した。得られた結果について論文をまとめ、投稿した。
（３）フトミミズ科群集多様性のバーコード解析：岩手県、新潟県、長野県、岐阜県、富山県、福井県、愛知県において野外調査を行い、得られたミミズについてCOI遺伝子配列による種判別、核28SrRNA遺伝子配列とCOI配列を合わせた種判別を行った。
（4）日本産フトミミズ科の系統解析：COI遺伝子配列による種判別データをもとに抽出したフトミミズ科24個体のショットガンシーケンスデータを取得し、ミトゲノムのアセンブルを行った。2019年度に得られた日本産、およびデータベースの中国産のミトゲノム配列を合わせ、タンパクコード遺伝子の配列マトリクスを作成し、最尤法による系統解析を行った。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
新型コロナ流行のため、予定していたフトミミズ科の野外調査が行えず、系統解析に必要なサンプルを得ることができなかったため、やや遅れが生じている。
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| Strategy for Future Research Activity |
フトミミズ科の既知種のDNAサンプルを用い、ミトゲノムでの系統解析を進め、日本産フトミミズ科の系統的多様性解明の基礎となる系統樹を作成する。今年度野外調査ができなかった奥多摩での採集を実施して、既知種のサンプルを増やすことが重要である。
オオオサムシ亜属の交尾器形態形成に関与する種特異的遺伝子発現プロファイルの解析結果をまとめて論文化する。
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