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2022 Fiscal Year Annual Research Report

Biochemical approaches to understanding the reaction platforms of the piRNA pathway

Research Project

Project/Area Number 18H05271
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

泊 幸秀  東京大学, 定量生命科学研究所, 教授 (90447368)

Project Period (FY) 2018-06-11 – 2023-03-31
KeywordspiRNA / PIWI-interacting RNA / 反応場
Outline of Annual Research Achievements

米国の2研究室と共同で、PIWIタンパク質の標的切断活性を大きく加速させる新たな補助因子としてGTSF1を同定した。GTSF1は、PIWIタンパク質に結合するタンデムCHHC型のZnフィンガータンパク質である。生化学的な解析から、GTSF1によるpiRNA標的切断活性の加速には、1) GTSF1とRNAが直接結合すること、2) GTSF1とPIWIタンパク質が直接結合することの両方が必要であることが明らかとなった。標的RNAを認識したPIWIタンパク質/piRNA複合体は、そのままでは標的を切断できない状態をとっているが (pre-catalytic state)、GTSF1がその状態に結合することによって、PIWIタンパク質が標的切断触媒活性を持つ状態 (catalytic state)への構造変化を促進していると考えられる。興味深いことに、GTSF1は、多くの種において複数のパラログが存在する。例えばマウスにはGTSF1、GTSF1L、GTSF2の3つ、カイコにはGtsf1とGtsf1-like (Gtsf1L)の2つが存在する。我々は、生化学的アプローチと生物情報学的アプローチを組み合わせることによって、カイコのGtsf1がSiwiによる標的RNA切断を、そしてGtsf1LがBmAgo3による標的RNA切断を、それぞれ直交的・特異的に加速させることによって、効率の良いピンポンサイクルを達成していることを見いだした (RNA 2022)。これら一連のGTSF1に関する発見は、piRNA研究分野における「究極の目標」とも言えるピンポンサイクルの試験管内完全再構成に向けた大きな足がかりとなるものである。

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (12 results)

All 2023 2022 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (7 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 4 results) Presentation (3 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 3 results)

  • [Int'l Joint Research] University of Massachusetts/Thomas Jefferson University/Scripps Research(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      University of Massachusetts/Thomas Jefferson University/Scripps Research
  • [Int'l Joint Research] 上海科技大学(中国)

    • Country Name
      CHINA
    • Counterpart Institution
      上海科技大学
  • [Journal Article] The piRNA cluster torimochi is an expanding transposon in cultured silkworm cells2023

    • Author(s)
      Shoji Keisuke、Umemura Yusuke、Katsuma Susumu、Tomari Yukihide
    • Journal Title

      PLOS Genetics

      Volume: 19 Pages: e1010632

    • DOI

      10.1371/journal.pgen.1010632

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Functional specialization of monocot DCL3 and DCL5 proteins through the evolution of the PAZ domain2022

    • Author(s)
      Chen Shirui、Liu Wei、Naganuma Masahiro、Tomari Yukihide、Iwakawa Hiro-oki
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 50 Pages: 4669~4684

    • DOI

      10.1093/nar/gkac223

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structure of the Dicer-2-R2D2 heterodimer bound to a small RNA duplex2022

    • Author(s)
      Yamaguchi Sonomi、Naganuma Masahiro、Nishizawa Tomohiro、Kusakizako Tsukasa、Tomari Yukihide、Nishimasu Hiroshi、Nureki Osamu
    • Journal Title

      Nature

      Volume: 607 Pages: 393~398

    • DOI

      10.1038/s41586-022-04790-2

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] GTSF1 accelerates target RNA cleavage by PIWI-clade Argonaute proteins2022

    • Author(s)
      Arif Amena、Bailey Shannon、Izumi Natsuko、Anzelon Todd A.、Ozata Deniz M.、Andersson Cecilia、Gainetdinov Ildar、MacRae Ian J.、Tomari Yukihide、Zamore Phillip D.
    • Journal Title

      Nature

      Volume: 608 Pages: 618~625

    • DOI

      10.1038/s41586-022-05009-0

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Revisiting the Glass Treatment for Single-Molecule Analysis of ncRNA Function2022

    • Author(s)
      Shen Shuting、Naganuma Masahiro、Tomari Yukihide、Tadakuma Hisashi
    • Journal Title

      Methods Mol Biol

      Volume: 2022;2509 Pages: 209~231

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-2380-0_13

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] The two Gtsf paralogs in silkworms orthogonally activate their partner PIWI proteins for target cleavage2022

    • Author(s)
      Izumi Natsuko、Shoji Keisuke、Kiuchi Takashi、Katsuma Susumu、Tomari Yukihide
    • Journal Title

      RNA

      Volume: 29 Pages: 18~29

    • DOI

      10.1261/rna.079380.122

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The mechanisms of siRNA selection by plant Argonaute proteins triggering DNA methylation2022

    • Author(s)
      Liu Wei、Shoji Keisuke、Naganuma Masahiro、Tomari Yukihide、Iwakawa Hiro-oki
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 50 Pages: 12997~13010

    • DOI

      10.1093/nar/gkac1135

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Small RNAs2022

    • Author(s)
      泊 幸秀
    • Organizer
      RNA2022, Colorado, USA
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] The two Gtsf paralogs in silkworms orthogonally activate their partner PIWI proteins for target cleavage2022

    • Author(s)
      泊 幸秀
    • Organizer
      The ”Argonautes” conference, Regensburg, Germany
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] A canonical chaperone and a heat-resistant obscure (Hero) protein mediate similar aggregation suppression and conformational extension of TDP-432022

    • Author(s)
      泊 幸秀
    • Organizer
      Cold Spring Harbor Asia, RNA Biology, AWAJI, Japan
    • Int'l Joint Research / Invited

URL: 

Published: 2023-12-25  

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