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2020 Fiscal Year Annual Research Report

Dynamic regulation of RNA modification and biological process

Research Project

Project/Area Number 18H05272
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

鈴木 勉  東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 教授 (20292782)

Project Period (FY) 2018-06-11 – 2023-03-31
KeywordsRNA修飾 / エピトランスクリプトミクス / メタボライト / タンパク質合成
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、RNA 修飾の変動と制御という新しい概念を確立し、エピトランスクリプトミクス研究におけるパラダイムシフトを目指す。特筆すべき成果として、ヒトミトコンドリアtRNA修飾の解析で大きな進展があった。
tRNAは最も複雑に修飾されたRNA分子であり、これまでに見つかっている約150種類のRNA修飾のうち、約8割がtRNAから発見されたものである。近年、様々なヒトtRNA修飾遺伝子の変異やそれに伴う修飾率の低下が疾患の原因となることが明らかとなりつつある。tRNA修飾病の発症機構を解明するには、個々のtRNAにおいて修飾の種類と位置をマッピングする必要がある。
本年度は、ヒトにおける全22種類のミトコンドリアtRNAを単離精製し、高精度RNA質量分析法 (RNA-MS)と、次世代シーケンス技術を駆使したシュードウリジン(Ψ)検出法(tRNA-Ψ-seq)を組み合わせることにより、ヒトミトコンドリアtRNAの全修飾部位を同定することに成功した。最終的に、ヒトミトコンドリアtRNA全22種類中に、18種類のRNA修飾が137ヶ所に存在することを明らかにした(Nature Commun., 2020)。本研究は、将来的にミトコンドリア関連疾患の発症機構の究明に大きく貢献することが期待される。
mRNA前駆体のスプライシングに必須な核内低分子RNAであるU6 snRNAには、N6メチルアデノシン(m6A)修飾が一か所存在することが知られていた。私たちは、mRNAスプライシングにおけるm6A修飾の機能を明らかにした(Nature Commun., 2021)。
また、Nature Reviews Molecular Cell Biology誌にヒトtRNA修飾と疾患に関する総説を執筆し、大きな反響があった。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

ヒトのミトコンドリアtRNA修飾の全体像を解明した成果は大きな反響があった。また、新規RNA修飾の同定とその機能解析でも順調にデータが蓄積しており、大きな成果が期待できる。

Strategy for Future Research Activity

RNA修飾が生育環境や細胞内メタボライトによってダイナミックに変動する現象を引き続き探求する。特にtRNAに見出されたリン酸化修飾や、嫌気環境におけるRNA修飾の変動と役割について集中した研究を行う。新規RNA修飾については、未発表のものを約20種類発見している。この中には、新規キャップ構造や欠損型塩基など、これまでに類の見ないタイプのものが含まれている。本研究では、新規RNA修飾の更なる探索を継続すると共に、規修飾の化学構造の決定、生合成機構の解明、機能解析を行う予定である。

  • Research Products

    (23 results)

All 2021 2020 Other

All Int'l Joint Research (4 results) Journal Article (14 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 14 results,  Open Access: 4 results) Presentation (4 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 2 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Universitatsklinikum Bonn(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      Universitatsklinikum Bonn
  • [Int'l Joint Research] Medical Research Council (MRC)/Oxford Nanopore Technologies(英国)

    • Country Name
      UNITED KINGDOM
    • Counterpart Institution
      Medical Research Council (MRC)/Oxford Nanopore Technologies
  • [Int'l Joint Research] Lodz University of Technology(ポーランド)

    • Country Name
      POLAND
    • Counterpart Institution
      Lodz University of Technology
  • [Int'l Joint Research] Zhejiang University(中国)

    • Country Name
      CHINA
    • Counterpart Institution
      Zhejiang University
  • [Journal Article] A single m6A modification in U6 snRNA diversifies exon sequence at the 5’ splice site2021

    • Author(s)
      Ishigami Yuma、Ohira Takayuki、Isokawa Yui、Suzuki Yutaka、Suzuki Tsutomu
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 12 Pages: 6527

    • DOI

      10.1038/s41467-021-23457-6

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The expanding world of tRNA modifications and their disease relevance2021

    • Author(s)
      Suzuki Tsutomu
    • Journal Title

      Nature Reviews Molecular Cell Biology

      Volume: 22 Pages: 375~392

    • DOI

      10.1038/s41580-021-00342-0

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mass spectrometric analysis of mRNA 5′ terminal modifications2021

    • Author(s)
      Akichika Shinichiro、Suzuki Takeo、Suzuki Tsutomu
    • Journal Title

      Methods in Enzymology

      Volume: 658 Pages: 407~418

    • DOI

      10.1016/bs.mie.2021.06.012

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The Effect of tRNA[Ser]Sec Isopentenylation on Selenoprotein Expression2021

    • Author(s)
      Fradejas-Villar Noelia、Bohleber Simon、Zhao Wenchao、Reuter Uschi、Kotter Annika、Helm Mark、Knoll Rainer、McFarland Robert、Taylor Robert W.、Mo Yufeng、Miyauchi Kenjyo、Sakaguchi Yuriko、Suzuki Tsutomu、Schweizer Ulrich
    • Journal Title

      International Journal of Molecular Sciences

      Volume: 22 Pages: 11454~11454

    • DOI

      10.3390/ijms222111454

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] N6-methyladenosine (m6A) is an endogenous A3 adenosine receptor ligand2021

    • Author(s)
      Ogawa Akiko、Nagiri Chisae、Shihoya Wataru、Inoue Asuka、Kawakami Kouki、Hiratsuka Suzune、Aoki Junken、Ito Yasuhiro、Suzuki Takeo、Suzuki Tsutomu、Inoue Toshihiro、Nureki Osamu、Tanihara Hidenobu、Tomizawa Kazuhito、Wei Fan-Yan
    • Journal Title

      Molecular Cell

      Volume: 81 Pages: 659~674.e7

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2020.12.038

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Loss of Ftsj1 perturbs codon-specific translation efficiency in the brain and is associated with X-linked intellectual disability2021

    • Author(s)
      Nagayoshi Y.、Chujo T.、Hirata S.、Nakatsuka H.、Chen C.-W.、Takakura M.、Miyauchi K.、Ikeuchi Y.、Carlyle B. C.、Kitchen R. R.、Suzuki T.、Katsuoka F.、Yamamoto M.、Goto Y.、Tanaka M.、Natsume K.、Nairn A. C.、Suzuki T.、Tomizawa K.、Wei F.-Y.
    • Journal Title

      Science Advances

      Volume: 7 Pages: eabf3072

    • DOI

      10.1126/sciadv.abf3072

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] In vitro yeast reconstituted translation system reveals function of eIF5A for synthesis of long polypeptide2020

    • Author(s)
      Abe Taisho、Nagai Riku、Shimazaki Shunta、Kondo Shunta、Nishimura Satoshi、Sakaguchi Yuriko、Suzuki Tsutomu、Imataka Hiroaki、Tomita Kozo、Takeuchi-Tomita Nono
    • Journal Title

      The Journal of Biochemistry

      Volume: 167 Pages: 451~462

    • DOI

      10.1093/jb/mvaa022

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Substrate specificities of Escherichia coli ItaT that acetylates aminoacyl-tRNAs2020

    • Author(s)
      Zhang Chuqiao、Yashiro Yuka、Sakaguchi Yuriko、Suzuki Tsutomu、Tomita Kozo
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 48 Pages: 7532-7544

    • DOI

      10.1093/nar/gkaa487

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Epigenetic loss of the transfer RNA-modifying enzyme TYW2 induces ribosome frameshifts in colon cancer2020

    • Author(s)
      Rossello-Tortella Margalida、Llinas-Arias Pere、Sakaguchi Yuriko、Miyauchi Kenjyo、Davalos Veronica、Setien Fernando、Calleja-Cervantes Maria E.、Pineyro David、Martinez-Gomez Jesus、Guil Sonia、Joshi Ricky、Villanueva Alberto、Suzuki Tsutomu、Esteller Manel
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 117 Pages: 20785~20793

    • DOI

      10.1073/pnas.2003358117

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Complete chemical structures of human mitochondrial tRNAs2020

    • Author(s)
      Suzuki Takeo、Yashiro Yuka、Kikuchi Ittoku、Ishigami Yuma、Saito Hironori、Matsuzawa Ikuya、Okada Shunpei、Mito Mari、Iwasaki Shintaro、Ma Ding、Zhao Xuewei、Asano Kana、Lin Huan、Kirino Yohei、Sakaguchi Yuriko、Suzuki Tsutomu
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 11 Pages: 4269

    • DOI

      10.1038/s41467-020-18068-6

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The tRNA pseudouridine synthase TruB1 regulates the maturation of let‐7 miRNA2020

    • Author(s)
      Kurimoto Ryota、Chiba Tomoki、Ito Yoshiaki、Matsushima Takahide、Yano Yuki、Miyata Kohei、Yashiro Yuka、Suzuki Tsutomu、Tomita Kozo、Asahara Hiroshi
    • Journal Title

      The EMBO Journal

      Volume: 39 Pages: e104708

    • DOI

      10.15252/embj.2020104708

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mechanism of aminoacyl-tRNA acetylation by an aminoacyl-tRNA acetyltransferase AtaT from enterohemorrhagic E. coli2020

    • Author(s)
      Yashiro Yuka、Sakaguchi Yuriko、Suzuki Tsutomu、Tomita Kozo
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 11 Pages: 5438

    • DOI

      10.1038/s41467-020-19281-z

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Mass Spectrometric Analysis of Mitochondrial RNA Modifications2020

    • Author(s)
      Ishigami Yuma、Suzuki Tsutomu、Suzuki Takeo
    • Journal Title

      Methods in Molecular Biology

      Volume: 2192 Pages: 89~101

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-0834-0_8

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] RNA修飾と生命現象2020

    • Author(s)
      鈴木 勉
    • Journal Title

      生化学

      Volume: 92 Pages: 431~446

    • DOI

      10.14952/SEIKAGAKU.2020.920431

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Biogenesis and functions of aminocarboxypropyluridine in tRNA2020

    • Author(s)
      Takakura M., Ishiguro, K., Akichika, S., Miyauchi K. and Suzuki T.
    • Organizer
      25th Annual Meeting of the RNA Society (RNA2020)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Post-transcriptional regulation of SEPN1 expression mediated by A-to-I RNA editing and stop codon recoding during skeletal myogenesis2020

    • Author(s)
      Yuta Noda
    • Organizer
      第2回RNAJオンラインミーティング
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] mRNA医薬品の高機能化を志向した最適なRNA修飾の探索2020

    • Author(s)
      津村 健斗 、 穐近 慎一郎 、石神 宥真 、鈴木 勉
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] Landscape of tRNA modifications in human2020

    • Author(s)
      Tsutomu Suzuki
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会年会
    • Invited
  • [Remarks] Suzuki lab

    • URL

      http://rna.chem.t.u-tokyo.ac.jp/en/index.html

URL: 

Published: 2023-12-25  

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