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2019 Fiscal Year Annual Research Report

Full elucidation of sorting mechanisms in and around the Golgi apparatus by super-resolution live imaging

Research Project

Project/Area Number 18H05275
Research InstitutionInstitute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

中野 明彦  国立研究開発法人理化学研究所, 光量子工学研究センター, 副センター長 (90142140)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 黒川 量雄  国立研究開発法人理化学研究所, 光量子工学研究センター, 専任研究員 (40333504)
戸島 拓郎  国立研究開発法人理化学研究所, 光量子工学研究センター, 上級研究員 (00373332)
植村 知博  お茶の水女子大学, 理系女性教育開発共同機構, 准教授 (90415092)
須田 恭之  筑波大学, 医学医療系, 助教 (10553844)
Project Period (FY) 2018-06-11 – 2023-03-31
Keywords膜交通 / ゴルジ体 / 選別輸送
Outline of Annual Research Achievements

酵母細胞を用いた研究:①ゴルジ体cis槽による積荷の受け取り。積荷を受け取るcis槽と槽成熟に向かうcis槽との違いを、ライブイメージングによって解析した。小胞体出口ERESにおけるCOPII被覆のアセンブリーを詳細に解析した。②ゴルジ槽間での積荷の受け渡し。積荷が槽から槽へと移動する様子を4Dで捉え、またその際の槽内ドメインの動態を解明した。この槽成熟の過程で、TGNまで到達した積荷の一部が、一時的に前の区画に送り返されるような現象も見出した。(J. Cell Biol. 誌発表)③TGNでの仕分けの時空間的制御。TGNにおける被覆タンパク質とアダブター複合体の集積・離散を時空間的に解析した。(J. Cell Sci. 誌発表)
植物細胞を用いた研究:①ゴルジ体初期区画GECCOによる小胞体からの積荷の受け取り。ゴルジ体の最もcis側の区画(GECCO)の、生化学的な研究を進めた。分子装置の候補を同定し、解析中である。②ゴルジ体層板内での積荷の輸送。植物のゴルジ層板について、SCLIM2の時空間分解能を駆使した観察を行った。③TGNでの複数経路の仕分けの時空間的制御。さまざまな被覆タンパク質およびアダブター複合体がTGNで集積・離散するダイナミクスを時空間的に解析した。AP-1とAP-4が異なるゾーンに集積することを示した。(投稿中)
動物細胞を用いた研究:①小胞体-ゴルジ体中間区画ERGICによる小胞体からの積荷の受け取り。ERGICの挙動について、SCLIM2による解析に着手した。②ゴルジ体層板内およびTGNでの積荷の輸送。これまでリサイクリングエンドソームと認知されていた区画が、ゴルジ体から独立して挙動するTGNとほぼ同一のものであることを示した。③神経軸索におけるゴルジ体の役割。神経軸索成長円錐を観察し、ここにもゴルジ体が存在して機能していることを示した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

酵母のゴルジ槽間の積荷の受け渡しについては、SCLIMを駆使して複数のゴルジ槽と積荷と4Dで観察し、槽成熟の過程で確かに積荷がcisからtransへ、そしてさらにTGNへと移動していることを示すことができた。われわれが2006年にNature誌に発表したゴルジ体の槽成熟が、確かに積荷輸送のメカニズムであるという証明を完了した。さらに、その槽成熟の過程で、TGNまで移行した積荷がそれより前の槽に戻る現象も発見した。ゴルジ体の輸送過程における「品質管理」という、これまでにはなかった新しい概念を提唱した。(J. Cell Biol.)
植物と動物のゴルジ体に関する研究も順調に進んでいる。TGNについて、ゴルジ体以降の膜輸送過程の重要なハブとして機能している独立のオルガネラと考えられる証拠として、ゴルジ層板から離れて存在するTGNが、これまでリサイクリングエンドソームと認識されていた区画とほぼ同一のものであることを示した。RE = TGNという新しいパラダイムが築かれる可能性がある。(広島大学佐藤博士らとの共同研究)
稼働を開始した次世代SCLIM機,SCLIM2KとSCLIM2Mの威力が素晴らしく、とくにSCLIM2Mでは、単一光子計測とガウス分布フィッティングによるノイズの除去,高速4D撮像データに対して自ら開発した光点分布再構成アルゴリズムを適用することにより、驚異的な時空間分解能を達成した。例えばTGNから形成されるクラスリン小胞の1個1個を3D空間で追跡することが可能になった。このような圧倒的なスペックをもつライブイメージング顕微鏡を手にしたいま、全てが想定を超える新しい成果である。

Strategy for Future Research Activity

生きた細胞内の小胞輸送をありのままに目で見る、というわれわれが夢にまで見た技術がついに実現できている。予定した研究計画通り、異なる生物種のゴルジ体とその周辺オルガネラについて、徹底的な観察を行い、従来の生化学や遺伝学の実験結果に基づいて想像されていたモデルを一つ一つ検証していく。以下のような問題に特に重点を置いて取り組み、世界をあっと言わせるデータと教科書を書き換えるモデルをどんどん発表していく。
酵母細胞を用いた研究:①ERESに対するcisゴルジのhug-and-kissの際の積荷と輸送装置の相互作用。②ゴルジ体およびTGNにおける「品質管理」機構の検証。③ゴルジ体のcis端からTGNまでの一連の輸送過程を時空間的にシームレスにマッピング。
植物細胞を用いた研究:①ゴルジ体初期区画GECCOを特徴づける分子の同定と機能検証。②ゴルジ体に近接して働くTGNと独立して働くTGNの機能の違い。③TGNでの複数経路の選別におけるアダプター分子の機能分担とエンドソームの役割。
動物細胞を用いた研究:①RUSHシステムと多色SCLIM2による4Dライブイメージング。②神経軸索におけるゴルジ体およびTGNの存在の証明。③軸索ガイダンスにおけるゴルジ体とTGN機能の解明。新しい光遺伝学ツールの活用。
SCLIM技術に関しては、我々が独自に開発したアルゴリズムできわめて高い時空間分解能が達成されることについて、理論的検証および実験的検証を精密に行い、世界に公表する。

  • Research Products

    (50 results)

All 2020 2019 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (11 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 10 results,  Open Access: 5 results) Presentation (35 results) (of which Int'l Joint Research: 15 results,  Invited: 19 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Institute of Protein Biochemistry(イタリア)

    • Country Name
      ITALY
    • Counterpart Institution
      Institute of Protein Biochemistry
  • [Int'l Joint Research] University of Sevilla(スペイン)

    • Country Name
      SPAIN
    • Counterpart Institution
      University of Sevilla
  • [Int'l Joint Research] Max-Planck Inst. for Plant Breeding Res.(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      Max-Planck Inst. for Plant Breeding Res.
  • [Journal Article] Recycling endosomes attach to the trans-side of Golgi stacks in Drosophila and mammalian cells2020

    • Author(s)
      Fujii Syara、Kurokawa Kazuo、Inaba Ryota、Hiramatsu Naoki、Tago Tatsuya、Nakamura Yuri、Nakano Akihiko、Satoh Takunori、Satoh Akiko K.
    • Journal Title

      Journal of Cell Science

      Volume: 133 Pages: jcs236935

    • DOI

      10.1242/jcs.236935

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Three YXXL Sequences of a Bovine Leukemia Virus Transmembrane Protein are Independently Required for Fusion Activity by Controlling Expression on the Cell Membrane2019

    • Author(s)
      Matsuura Ryosuke、Inabe Kazunori、Otsuki Hiroyuki、Kurokawa Kazuo、Dohmae Naoshi、Aida Yoko
    • Journal Title

      Viruses

      Volume: 11 Pages: 1140

    • DOI

      10.3390/v11121140

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] HIGH STEROL ESTER 1 is a key factor in plant sterol homeostasis2019

    • Author(s)
      Shimada Takashi L.、Shimada Tomoo、Okazaki Yozo、Higashi Yasuhiro、Saito Kazuki、Kuwata Keiko、Oyama Kaori、Kato Misako、Ueda Haruko、Nakano Akihiko、Ueda Takashi、Takano Yoshitaka、Hara-Nishimura Ikuko
    • Journal Title

      Nature Plants

      Volume: 5 Pages: 1154~1166

    • DOI

      10.1038/s41477-019-0537-2

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Role of Atg8 in the regulation of vacuolar membrane invagination2019

    • Author(s)
      Ishii Ayane、Kurokawa Kazuo、Hotta Miyuu、Yoshizaki Suzuka、Kurita Maki、Koyama Aya、Nakano Akihiko、Kimura Yoko
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 9 Pages: 14828

    • DOI

      10.1038/s41598-019-51254-1

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Spatiotemporal dissection of the trans-Golgi network in budding yeast2019

    • Author(s)
      Tojima Takuro、Suda Yasuyuki、Ishii Midori、Kurokawa Kazuo、Nakano Akihiko
    • Journal Title

      Journal of Cell Science

      Volume: 132 Pages: jcs231159

    • DOI

      10.1242/jcs.231159

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] COPII proteins exhibit distinct subdomains within each ER exit site for executing their functions2019

    • Author(s)
      Maeda Miharu、Kurokawa Kazuo、Katada Toshiaki、Nakano Akihiko、Saito Kota
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 9 Pages: 7346

    • DOI

      10.1038/s41598-019-43813-3

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Enrichment of Phosphatidylinositol 4,5-Bisphosphate in the Extra-Invasive Hyphal Membrane Promotes Colletotrichum Infection of Arabidopsis thaliana2019

    • Author(s)
      Shimada Takashi L、Betsuyaku Shigeyuki、Inada Noriko、Ebine Kazuo、Fujimoto Masaru、Uemura Tomohiro、Takano Yoshitaka、Fukuda Hiroo、Nakano Akihiko、Ueda Takashi
    • Journal Title

      Plant and Cell Physiology

      Volume: 60 Pages: 1514~1524

    • DOI

      10.1093/pcp/pcz058

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Yeast Dop1 is required for glycosyltransferase retrieval from the trans-Golgi network2019

    • Author(s)
      Zhao Shen-Bao、Suda Yasuyuki、Nakanishi Hideki、Wang Ning、Yoko-o Takehiko、Gao Xiao-Dong、Fujita Morihisa
    • Journal Title

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects

      Volume: 1863 Pages: 1147~1157

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2019.04.009

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Transient activity of the florigen complex during the floral transition in Arabidopsis thaliana2019

    • Author(s)
      Abe Mitsutomo、Kosaka Shingo、Shibuta Mio、Nagata Kenji、Uemura Tomohiro、Nakano Akihiko、Kaya Hidetaka
    • Journal Title

      Development

      Volume: 146 Pages: dev171504

    • DOI

      10.1242/dev.171504

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Visualization of secretory cargo transport within the Golgi apparatus2019

    • Author(s)
      Kurokawa Kazuo、Osakada Hiroko、Kojidani Tomoko、Waga Miho、Suda Yasuyuki、Asakawa Haruhiko、Haraguchi Tokuko、Nakano Akihiko
    • Journal Title

      Journal of Cell Biology

      Volume: 218 Pages: 1602~1618

    • DOI

      10.1083/jcb.201807194

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Editorial overview: Membrane trafficking2019

    • Author(s)
      Cullen Peter J、Nakano Akihiko
    • Journal Title

      Current Opinion in Cell Biology

      Volume: 59 Pages: iii~v

    • DOI

      10.1016/j.ceb.2019.06.005

    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 植物TGN が制御するうどんこ病菌に対する抵抗性2020

    • Author(s)
      植村知博
    • Organizer
      第61回日本植物生理学会年会
    • Invited
  • [Presentation] 膜局在型ユビキチンリガーゼATL31とSNAREタンパク質SYP61 を介したC/N 栄養応答制御機構の解析2020

    • Author(s)
      長谷川陽子,藤巻あかり,羅永茗,椋田航生,新井麻由,植村知博,Boutt_ Yohann,中野明彦,佐藤長緒,山口淳二
    • Organizer
      第61回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] トランスゴルジ網の液胞輸送ゾーンと多胞体/液胞前区画の時空間動態の研究2020

    • Author(s)
      清水優太朗,高木純平,伊藤容子,小松大和,海老根一生,上田貴志,黒川量雄,植村知博,中野明彦
    • Organizer
      第61回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] The challenge to visualize vesicular trafficking in living cells by high-speed and super-resolution live imaging microscopy _The dream has come true2019

    • Author(s)
      Akihiko Nakano
    • Organizer
      Full-global kickoff symposium, Serendipity Lab.
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Visualization of the membrane traffic in budding yeast2019

    • Author(s)
      Yasuyuki Suda
    • Organizer
      International graduate symposium on industrial biotechnology
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Dynamics of the Golgi and its neighbors visualized by high-speed and super-resolution live imaging SCLIM2019

    • Author(s)
      Akihiko Nakano
    • Organizer
      Symposium “Structure and Function of the Golgi,” 92nd Annual Meeting of the Japanese Biochemical Society
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] State-of-the-art live cell imaging at high-speed and super-resolution -- Dream to see real vesicular trafficking has come true2019

    • Author(s)
      Akihiko Nakano
    • Organizer
      University of Oslo Seminar
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] State-of-the-art live cell imaging at high-speed and super-resolution -- Dream to see real vesicular trafficking has come true2019

    • Author(s)
      Akihiko Nakano
    • Organizer
      University of Bergen Seminar
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] The identity of the trans-Golgi network revealed by super-resolution live imaging2019

    • Author(s)
      Takuro Tojima, Yasuyuki Suda, Midori Ishii, Kazuo Kurokawa, and Akihiko Nakano
    • Organizer
      Gordon Research Conference on Molecular Membrane Biology
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] The role of Atg8 in the regulation of vacuolar membrane homeostasis2019

    • Author(s)
      Ayane Ishii, Kazuo Kurokawa, Miyuu Hotta, Suzuka Yoshizaki, Maki Kurita, Aya Koyama, Akihiko Nakano, and Yoko Kimura
    • Organizer
      Gordon Research Conference on Molecular Membrane Biology
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Visualization of transmembrane cargo entry into the ERES in S. cerevisiae2019

    • Author(s)
      Kazuo Kurokawa and Akihiko Nakano
    • Organizer
      Gordon Research Conference on Molecular Membrane Biology
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] High-speed and super-resolution live imaging to understand the true world in a living cell2019

    • Author(s)
      Akihiko Nakano
    • Organizer
      University of Michigan Seminar
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Extremely dynamic behaviors of vesicles and zones in an around the Golgi as visualized by high-speed super-resolution live imaging SCLIM2019

    • Author(s)
      Akihiko Nakano
    • Organizer
      IAS Symposium “Biogenesis of Intracellular and Extracellular Vesicles”
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] State-of-the-art live cell imaging at high-speed and super-resolution -- Dream to see real vesicular trafficking has come true2019

    • Author(s)
      Akihiko Nakano
    • Organizer
      Joint Symposium “Extreme imaging to explore the boundaries between cell biology and protein science,” Joint Annual Meeting of 71st JSCB and 19th PSSJ
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Visualization of membrane traffic in the neuronal growth cone.2019

    • Author(s)
      Takuro Tojima
    • Organizer
      RIKEN symposium: Cutting edge of membrane traffic
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Visualization of cargo transport from the ER to the Golgi and within the Golgi2019

    • Author(s)
      Kazuo Kurokawa
    • Organizer
      RIKEN symposium: Cutting edge of membrane traffic
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Dynamics of protein sorting zones in and around the Golgi apparatus as visualized by high-speed super-resolution live imaging SCLIM2019

    • Author(s)
      Akihiko Nakano
    • Organizer
      International Symposium “Organelle zones: opening a new ear of cell biology”
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Dynamics of protein sorting zones within and around the Golgi apparatus as visualized by high-speed super-resolution live imaging SCLIM2019

    • Author(s)
      Akihiko Nakano
    • Organizer
      SFB1190 Minisymposium “Organelle Zones Meet Compartmental Gates and Contact Sites”
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Dynamics of membrane traffic in the neuronal growth cone revealed by super-resolution live imaging2019

    • Author(s)
      戸島拓郎
    • Organizer
      理研RAPシンポジウム
  • [Presentation] 小胞体におけるGPIアンカー型タンパク質選別の可視化2019

    • Author(s)
      黒川量雄,Sof_a Rodr_guez Gallardo,Manuel Mu_iz,中野明彦
    • Organizer
      第42回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] ゴルジ体からトランスゴルジ網への槽成熟ダイナミクス2019

    • Author(s)
      戸島拓郎
    • Organizer
      第42回日本分子生物学会年会
    • Invited
  • [Presentation] 神経成長円錐における膜交通の可視化解析2019

    • Author(s)
      戸島拓郎
    • Organizer
      第3回オルガネラゾーン研究会
  • [Presentation] 植物TGNにおけるタンパク質輸送選別ゾーンの可視化2019

    • Author(s)
      植村知博
    • Organizer
      日本植物学会第83回大会
    • Invited
  • [Presentation] 液胞膜の膜融合装置の解析2019

    • Author(s)
      海老根一生,竹元廣大,齊藤知恵子,植村知博,中野明彦,上田貴志
    • Organizer
      日本植物学会第83回大会
  • [Presentation] 4Dイメージングによる小胞体-ゴルジ体間,ゴルジ体内の蛋白質輸送機構2019

    • Author(s)
      黒川量雄
    • Organizer
      日本遺伝学会第91回大会
    • Invited
  • [Presentation] 植物TGNにおけるタンパク質輸送選別ゾーンの可視化2019

    • Author(s)
      植村知博
    • Organizer
      日本遺伝学会第91回大会
    • Invited
  • [Presentation] 小胞体における積荷タンパク質選別輸送ゾーンの解析2019

    • Author(s)
      黒川量雄,Sof_a Rodr_guez Gallardo,Manuel Mu_iz,中野明彦
    • Organizer
      酵母遺伝学フォーラム第52回研究報告会
  • [Presentation] 出芽酵母減数分裂における膜交通関連オルガネラの再構成2019

    • Author(s)
      須田恭之,舘川宏之,中野明彦,入江賢児
    • Organizer
      酵母遺伝学フォーラム第52回研究報告会
  • [Presentation] AP-4複合体を介したTGNからMVBへの輸送機構の解明に向けて2019

    • Author(s)
      清水優太朗,高木純平,伊藤容子,小松大和,海老根一生,上田貴志,黒川量雄,植村知博,中野明彦
    • Organizer
      第8回植物エンドメンブレンミーティング
  • [Presentation] 成熟するゴルジ槽内のゾーン形成と積荷タンパク質輸送の可視化2019

    • Author(s)
      黒川量雄
    • Organizer
      第38回日本糖質学会年会
    • Invited
  • [Presentation] シロイヌナズナのトランスゴルジ網における積荷タンパク質選別ゾーンの時空間的解析2019

    • Author(s)
      清水優太朗,高木純平,伊藤容子,小松大和,海老根一生,上田貴志,黒川量雄,植村知博,中野明彦
    • Organizer
      第19回日本蛋白質科学会年会・第71回日本細胞生物学会大会合同年次大会
  • [Presentation] ゴルジ体内の積荷タンパク質輸送の可視化2019

    • Author(s)
      黒川量雄,中野明彦
    • Organizer
      第19回日本蛋白質科学会年会・第71回日本細胞生物学会大会合同年次大会
  • [Presentation] トランスゴルジ網形成の時空間ダイナミクス2019

    • Author(s)
      戸島拓郎,須田恭之,石井みどり,黒川量雄,中野明彦
    • Organizer
      第19回日本蛋白質科学会年会・第71回日本細胞生物学会大会合同年次大会
  • [Presentation] 出芽酵母減数分裂における膜交通関連オルガネラの再構成2019

    • Author(s)
      須田恭之,舘川宏之,中野明彦,入江賢児
    • Organizer
      第19回日本蛋白質科学会年会・第71回日本細胞生物学会大会合同年次大会
  • [Presentation] 究極のライブセルイメージングでパラダイムを覆す2019

    • Author(s)
      中野明彦
    • Organizer
      ERATO学術セミナー
    • Invited
  • [Remarks] 中野明彦ラボ

    • URL

      http://sclim.riken.jp

URL: 

Published: 2021-01-27  

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