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2020 Fiscal Year Annual Research Report

Full elucidation of sorting mechanisms in and around the Golgi apparatus by super-resolution live imaging

Research Project

Project/Area Number 18H05275
Research InstitutionInstitute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

中野 明彦  国立研究開発法人理化学研究所, 光量子工学研究センター, 副センター長 (90142140)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 黒川 量雄  国立研究開発法人理化学研究所, 光量子工学研究センター, 専任研究員 (40333504)
戸島 拓郎  国立研究開発法人理化学研究所, 光量子工学研究センター, 上級研究員 (00373332)
植村 知博  お茶の水女子大学, 理系女性教育開発共同機構, 准教授 (90415092)
須田 恭之  筑波大学, 医学医療系, 助教 (10553844)
Project Period (FY) 2018-06-11 – 2023-03-31
Keywords膜交通 / ゴルジ体 / 選別輸送
Outline of Annual Research Achievements

酵母細胞を用いた研究:①小胞体からゴルジ体への積荷の受け渡し。小胞体出口ERESにおける積荷選別の過程をライブイメージングで解析した(Sci. Adv. 誌発表)。また、ゴルジ体で積荷を受け取る初期区画GECCOで機能する分子の時空間的分離を解析した。②ゴルジ槽間の輸送に働くCOPIの変異により、一部のゴルジ体タンパク質が液胞に運ばれて分解されることを見出した。③ゴルジ体とTGNでのタンパク質選別の時空間的制御。ゴルジ体とTGNの境界に位置し、選別の鍵を握る分子をいくつか同定し、その挙動をライブイメージングで解析した。
植物細胞を用いた研究:①ゴルジ体初期区画GECCOによる小胞体からの積荷の受け取り。ゴルジ体の最もcis側の区画(GECCO)の研究をさらに進めた。②TGNでの複数経路の仕分けの時空間的制御。さまざまな被覆タンパク質およびアダブター複合体がTGNで集積・離散するダイナミクスを時空間的に解析した。AP-1とAP-4がそれぞれ分泌経路選別ゾーンと液胞経路選別ゾーンに集積することを示し、前者ではたらくクラスリン被覆小胞の挙動について詳細な4D解析を行った(Nat. Commun. 誌発表)。
動物細胞を用いた研究:①HeLa細胞を用い、TGNにおける積荷選別についてRUSHシステムと多色SCLIMによる4Dライブイメージングを開始した。②HeLa細胞およびショウジョウバエのS2細胞において、ゴルジ体層板とTGN/リサイクリングエンドソームが接着と解離を繰り返すことを見出し、またゴルジ体層板の集合にはArf GTPaseの活性化が関与していることを示した(J. Cell Sci. 誌発表、広島大学佐藤明子博士との共同研究)。③神経軸索におけるゴルジ体の役割。神経軸索成長円錐において、ゴルジ体の動態を観察した。積荷の挙動を観察できる新しいシステムの構築を進めている。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

酵母を用いた実験系で、タンパク質選別輸送の詳細な4Dライブイメージング解析を進め、ERESからゴルジ体cis槽へ、ゴルジ体内、ゴルジ体trans槽からTGNへ、そしてTGNから最終目的地へ、というプロセスで鍵を握る役者はほぼ把握できた。
植物と動物のゴルジ体に関する研究も順調に進んでいる。TGNについて、ゴルジ体以降の膜輸送過程の重要なハブとして機能している独立のオルガネラと考えられる証拠として、ゴルジ層板から離れて存在するTGNが、これまでリサイクリングエンドソームと認識されていた区画とほぼ同一のものであることを示し、動物と植物とでの驚くべき類似性を明らかにした。酵母での研究結果と統合して、膜交通の基礎概念を再び種を超えたパラダイムとして打ち立てる時が近づいている。
次世代SCLIM機、SCLIM2KとSCLIM2Mも順調に稼働し、高い時空間能を生かした成果を生みつつある。

Strategy for Future Research Activity

生きた細胞内の小胞輸送をありのままに目で見る技術が実現できている。予定した研究計画通り、異なる生物種のゴルジ体とその周辺オルガネラについて、徹底的な観察を行い、従来の生化学や遺伝学の実験結果に基づいて想像されていたモデルを一つ一つ検証していく。とくに、小胞体-ERES-cis Golgi-trans Golgi-TGNという流れの節目の選別過程で,重要な役割を果たす分子を相当数同定できた。今後、これらの役者がどのようにして異なる積荷を認識し、時空間的に分離させていくのかについて、さらなる研究を進めて行く予定である。

  • Research Products

    (39 results)

All 2021 2020 Other

All Int'l Joint Research (4 results) Journal Article (10 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Peer Reviewed: 10 results,  Open Access: 5 results) Presentation (24 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 7 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] University of Sevilla/Instituto de Biomedicina de Sevilla(スペイン)

    • Country Name
      SPAIN
    • Counterpart Institution
      University of Sevilla/Instituto de Biomedicina de Sevilla
  • [Int'l Joint Research] Institute of Biochem and Cell Biol/Institute of Nanotechnology/Istituto Nazionale Tumori Fondazione(イタリア)

    • Country Name
      ITALY
    • Counterpart Institution
      Institute of Biochem and Cell Biol/Institute of Nanotechnology/Istituto Nazionale Tumori Fondazione
  • [Int'l Joint Research] University of Geneva/University of Fribourg(スイス)

    • Country Name
      SWITZERLAND
    • Counterpart Institution
      University of Geneva/University of Fribourg
  • [Int'l Joint Research] Institute Curie(フランス)

    • Country Name
      FRANCE
    • Counterpart Institution
      Institute Curie
  • [Journal Article] Golgi maturation‐dependent glycoenzyme recycling controls glycosphingolipid biosynthesis and cell growth via GOLPH32021

    • Author(s)
      Rizzo Riccardo、Russo Domenico、Kurokawa Kazuo、Nakano Akihiko、Corda Daniela、D’Angelo Giovanni、Luini Alberto et al.
    • Journal Title

      The EMBO Journal

      Volume: 印刷中 Pages: e107238

    • DOI

      10.15252/embj.2020107238

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Cargo sorting zones in the trans-Golgi network visualized by super-resolution confocal live imaging microscopy in plants2021

    • Author(s)
      Shimizu Yutaro、Takagi Junpei、Ito Emi、Ito Yoko、Ebine Kazuo、Komatsu Yamato、Goto Yumi、Sato Mayuko、Toyooka Kiminori、Ueda Takashi、Kurokawa Kazuo、Uemura Tomohiro、Nakano Akihiko
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 12 Pages: 1901

    • DOI

      10.1038/s41467-021-22267-0

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] 超解像ライブイメージング顕微鏡SCLIMの開発とSCLIMによるゴルジ体タンパク質輸送機構の解明2021

    • Author(s)
      黒川量雄,宮代大輔,中野明彦
    • Journal Title

      レーザー研究

      Volume: 49 Pages: 印刷中

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Deletion of PIN4 Suppresses the Protein Transport Defects Caused by sec12-4 Mutation in Saccharomyces cerevisiae2020

    • Author(s)
      Murakami-Sekimata Akiko、Sekimata Masayuki、Sato Natsumi、Hayasaka Yuto、Nakano Akihiko
    • Journal Title

      Microbial Physiology

      Volume: 30 Pages: 25~35

    • DOI

      10.1159/000509633

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Tricalbins Are Required for Non-vesicular Ceramide Transport at ER-Golgi Contacts and Modulate Lipid Droplet Biogenesis2020

    • Author(s)
      Ikeda Atsuko、Schlarmann Philipp、Kurokawa Kazuo、Nakano Akihiko、Riezman Howard、Funato Kouichi
    • Journal Title

      iScience

      Volume: 23 Pages: 101603

    • DOI

      10.1016/j.isci.2020.101603

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Ceramide chain length-dependent protein sorting into selective endoplasmic reticulum exit sites2020

    • Author(s)
      Rodriguez-Gallardo Sofia、Kurokawa Kazuo、Sabido-Bozo Susana、Cortes-Gomez Alejandro、Ikeda Atsuko、Zoni Valeria、Aguilera-Romero Auxiliadora、Perez-Linero Ana Maria、Lopez Sergio、Waga Miho、Araki Misako、Nakano Miyako、Riezman Howard、Funato Kouichi、Vanni Stefano、Nakano Akihiko、Muniz Manuel
    • Journal Title

      Science Advances

      Volume: 6 Pages: eaba8237

    • DOI

      10.1126/sciadv.aba8237

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] The liverwort oil body is formed by redirection of the secretory pathway2020

    • Author(s)
      Kanazawa Takehiko、Morinaka Hatsune、Ebine Kazuo、Shimada Takashi L.、Ishida Sakiko、Minamino Naoki、Yamaguchi Katsushi、Shigenobu Shuji、Kohchi Takayuki、Nakano Akihiko、Ueda Takashi
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 11 Pages: 6152

    • DOI

      10.1038/s41467-020-19978-1

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Sec71 separates Golgi stacks in Drosophila S2 cells2020

    • Author(s)
      Fujii Syara、Kurokawa Kazuo、Tago Tatsuya、Inaba Ryota、Takiguchi Arata、Nakano Akihiko、Satoh Takunori、Satoh Akiko K.
    • Journal Title

      Journal of Cell Science

      Volume: 133 Pages: jcs245571

    • DOI

      10.1242/jcs.245571

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Apoplastic Fluid Preparation from Arabidopsis thaliana Leaves Upon Interaction with a Nonadapted Powdery Mildew Pathogen2020

    • Author(s)
      Nakano Ryohei Thomas、Ishihama Nobuaki、Wang Yiming、Takagi Junpei、Uemura Tomohiro、Schulze-Lefert Paul、Nakagami Hirofumi
    • Journal Title

      Methods in Molecular Biology

      Volume: 2139 Pages: 79~88

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-0528-8_6

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Live-cell Imaging by Super-resolution Confocal Live Imaging Microscopy (SCLIM): Simultaneous Three-color and Four-dimensional Live Cell Imaging with High Space and Time Resolution2020

    • Author(s)
      Kurokawa Kazuo、Nakano Akihiko
    • Journal Title

      BIO-PROTOCOL

      Volume: 10 Pages: e3732

    • DOI

      10.21769/BioProtoc.3732

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 植物TGNにおけるタンパク質輸送選別ゾーンの可視化2021

    • Author(s)
      植村知博
    • Organizer
      第22回植物オルガネラワークショップ
    • Invited
  • [Presentation] 出芽酵母におけるトランスゴルジ網の槽成熟ダイナミクス2021

    • Author(s)
      戸島拓郎
    • Organizer
      第22回植物オルガネラワークショップ
    • Invited
  • [Presentation] 植物 RAB5 のエフェクターを介した機能実行メカニズムの解析2021

    • Author(s)
      伊藤瑛海,崔勝媛,竹内一貴,海老根一生,中野明彦,上田貴志,植村知博
    • Organizer
      第62回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] Syntaxin6 N 末端領域を有する植物固有タンパク質の細胞内局在の解析2021

    • Author(s)
      長尾レイナ,清水優太朗,藤倉崇紘,伊藤瑛海,由良敬,中野明彦,植村知博
    • Organizer
      第62回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] シロイヌナズナ Rab6/RABH1 の機能解析2021

    • Author(s)
      大堀智博,伊藤瑛海,中野明彦,上田貴志,植村知博
    • Organizer
      第62回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] 病原菌応答における植物分泌システムの役割2021

    • Author(s)
      遠藤彩瑛,伊藤瑛海,中野明彦,植村知博
    • Organizer
      第62回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] シロイヌナズナ VAMP714 の細胞内局在の解析2021

    • Author(s)
      江口倫子,遠藤彩瑛,伊藤瑛海,中野明彦,植村知博
    • Organizer
      第62回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] TGN-液胞間の輸送が制御する塩ストレス応答2021

    • Author(s)
      井上柚紀,清水優太朗,伊藤瑛海,中野明彦,植村知博
    • Organizer
      第62回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] 膜交通制御因子 SYP61 による塩ストレス応答制御におけるユビキチンシグナルの関与2021

    • Author(s)
      新井麻由,長谷川陽子,Yongming Luo,椋田航生,植村知博,高木純平,山口淳二,佐藤長緒
    • Organizer
      第62回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] ユビキチンシグナルと膜交通制御を介した植物の C/N 栄養応答の解析2021

    • Author(s)
      長谷川陽子,羅永茗,椋田航生,新井麻由,植村知博,Yohann Boutte,中野明彦,山口淳二,佐藤長緒
    • Organizer
      第62回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] Golgi and next-door neighbors - a comparative view of yeast, plant and animal cells2020

    • Author(s)
      Akihiko Nakano
    • Organizer
      CELL BIO virtual 2020 (Online ASCB | EMBO Meeting)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 膜交通の新パラダイムを構築しよう2020

    • Author(s)
      中野明彦
    • Organizer
      第72回日本細胞生物学会大会
    • Invited
  • [Presentation] 4Dライブイメージングによる小胞体,ゴルジ体の積荷タンパク質輸送機構の解明2020

    • Author(s)
      黒川量雄
    • Organizer
      第93回日本生化学会大会
    • Invited
  • [Presentation] 神経成長円錐における膜交通ダイナミクス2020

    • Author(s)
      戸島拓郎
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会年会
    • Invited
  • [Presentation] 細胞内膜交通の超高時空間分解能ライブイメージング2020

    • Author(s)
      中野明彦
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会年会
    • Invited
  • [Presentation] ミトコンドリア- 小胞体間結合因子ERMES 複合体クラスターの解離がER ストレス軽減に寄与する2020

    • Author(s)
      柿元百合子,小島理恵子,新名真夏,黒川量雄,中野明彦,遠藤斗志也,田村康
    • Organizer
      第72回日本細胞生物学会大会
  • [Presentation] 小胞体における積荷タンパク質選別輸送機構2020

    • Author(s)
      黒川量雄,Sofia Gallardo,Manuel Muniz,中野明彦
    • Organizer
      第72回日本細胞生物学会大会
  • [Presentation] 出芽酵母の胞子形成におけるVps13アダプタータンパク質Spo71の解析2020

    • Author(s)
      藤枝祐二,棟重賢治,中村毅,須田恭之,舘川宏之
    • Organizer
      第72回日本細胞生物学会大会
  • [Presentation] 膜交通関連オルガネラの減数分裂に伴う再構成2020

    • Author(s)
      須田恭之,舘川宏之,黒川量雄,中野明彦,入江賢児
    • Organizer
      第72回日本細胞生物学会大会
  • [Presentation] 脂質輸送タンパク質Vps13の出芽酵母前胞子膜形成における役割2020

    • Author(s)
      藤枝祐二,棟重賢治,中村毅,中西秀樹,須田恭之,舘川宏之
    • Organizer
      酵母遺伝学フォーラム第53回研究報告会
  • [Presentation] Plant-unique RAB5 effector 3の細胞内動態解析2020

    • Author(s)
      伊藤瑛海,崔勝媛,竹内一貴,海老根一生,中野明彦,上田貴志,植村知博
    • Organizer
      日本植物学会第84回大会
  • [Presentation] 植物のC/N栄養応答におけるユビキチンシグナルと膜交通制御のシロイヌナズナを用いた解析2020

    • Author(s)
      長谷川陽子,羅永茗,椋田航生,新井麻由,植村知博,Yohann Boutte,中野明彦,佐藤長緒,山口 淳二
    • Organizer
      日本植物学会第84回大会
  • [Presentation] Syntaxin6 N末端領域を有する植物固有タンパク質の細胞内局在の解析2020

    • Author(s)
      長尾レイナ,清水優太朗,藤倉崇紘,伊藤瑛海,由良敬,中野明彦,植村知博
    • Organizer
      日本植物学会第84回大会
  • [Presentation] シロイヌナズナVAMP714の細胞内局在の解析2020

    • Author(s)
      江口倫子,遠藤彩瑛,伊藤瑛海,中野明彦,植村知博
    • Organizer
      日本植物学会第84回大会
  • [Remarks] 中野明彦ラボ

    • URL

      http://sclim.riken.jp

URL: 

Published: 2021-12-27  

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