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2022 Fiscal Year Annual Research Report

Full elucidation of sorting mechanisms in and around the Golgi apparatus by super-resolution live imaging

Research Project

Project/Area Number 18H05275
Research InstitutionInstitute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

中野 明彦  国立研究開発法人理化学研究所, 光量子工学研究センター, チームリーダー (90142140)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 黒川 量雄  国立研究開発法人理化学研究所, 光量子工学研究センター, 専任研究員 (40333504)
戸島 拓郎  国立研究開発法人理化学研究所, 光量子工学研究センター, 上級研究員 (00373332)
植村 知博  お茶の水女子大学, 基幹研究院, 准教授 (90415092)
須田 恭之  筑波大学, 医学医療系, 助教 (10553844)
Project Period (FY) 2018-06-11 – 2023-03-31
Keywords膜交通 / ゴルジ体 / 選別輸送 / ライブイメージング
Outline of Annual Research Achievements

酵母細胞を用いた研究:①小胞体からゴルジ体への積荷の受け渡し。小胞体から送り出される積荷を受け取る小胞体-ゴルジ体間の中間区画ERGICを定義し、ここで機能する分子としてGrh1、Ypt1、Emp46、Rer1、Erd2、Sed5を同定した。また、植物と同様にBrefeldin Aという薬剤で処理した際に、多くのゴルジ体タンパク質が小胞体に吸収されるのに、これらの分子は小胞体に吸収されず、薬剤除去でゴルジ体が再形成される際の足場、つまりGECCOとして機能することを証明した。②TGNから液胞方向への輸送過程で、TGNと多胞体との接触が重要な役割を果たす可能性を見出した。
植物細胞を用いた研究:①TGNでの複数経路の仕分けの時空間的制御。分泌経路と液胞輸送経路への選別が、TGNの異なるゾーンで行われることについて、さらにそのメカニズムの理解を目指して、4Dイメージング解析を進めた。
動物細胞を用いた研究:①HeLa細胞を用い、TGNにおける積荷選別についてRUSHシステムと多色SCLIMによる4Dライブイメージング研究をさらに進めた。②HeLa細胞において、ゴルジ体層板とTGN/リサイクリングエンドソームの挙動をさらに詳しく解析した。③神経軸索におけるゴルジ体の役割。軸索ガイダンスに重要な役割を果たすと考えられる、神経栄養因子の小胞体―ゴルジ体輸送を解析した。
以上の研究から、酵母細胞、植物細胞、動物細胞の膜交通の分子機構について、統一的なモデルを提唱し、Frontiers Cell Dev. Biol. 誌に発表し、国際会議でも大きな反響を得た。

Research Progress Status

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和4年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (61 results)

All 2023 2022 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (15 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 14 results,  Open Access: 10 results) Presentation (42 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Invited: 12 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] University of Sevilla/Instituto de Biomedicina de Sevilla(スペイン)

    • Country Name
      SPAIN
    • Counterpart Institution
      University of Sevilla/Instituto de Biomedicina de Sevilla
  • [Int'l Joint Research] University of Geneva/University of Fribourg(スイス)

    • Country Name
      SWITZERLAND
    • Counterpart Institution
      University of Geneva/University of Fribourg
  • [Int'l Joint Research] Institute Curie(フランス)

    • Country Name
      FRANCE
    • Counterpart Institution
      Institute Curie
  • [Journal Article] GPIアンカー型タンパク質の選別輸送の品質管理2023

    • Author(s)
      花岡 和樹、黒川 量雄、船戸 耕一
    • Journal Title

      生化学

      Volume: 95 Pages: 228~233

    • DOI

      10.14952/SEIKAGAKU.2023.950228

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Automation of yeast spot assays using an affordable liquid handling robot2023

    • Author(s)
      Taguchi Shodai、Suda Yasuyuki、Irie Kenji、Ozaki Haruka
    • Journal Title

      SLAS Technology

      Volume: 28 Pages: 55~62

    • DOI

      10.1016/j.slast.2022.12.001

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 分子夾雑の細胞生物学2023

    • Author(s)
      中野明彦
    • Journal Title

      CSJカレントレビュー

      Volume: 45 Pages: 22-25

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The TGN/EE SNARE protein SYP61 and the ubiquitin ligase ATL31 cooperatively regulate plant responses to carbon/nitrogen conditions in Arabidopsis2022

    • Author(s)
      Hasegawa Yoko、Huarancca Reyes Thais、Uemura Tomohiro、Baral Anirban、Fujimaki Akari、Luo Yongming、Morita Yoshie、Saeki Yasushi、Maekawa Shugo、Yasuda Shigetaka、Mukuta Koki、Fukao Yoichiro、Tanaka Keiji、Nakano Akihiko、Takagi Junpei、Bhalerao Rishikesh P、Yamaguchi Junji、Sato Takeo
    • Journal Title

      The Plant Cell

      Volume: 34 Pages: 1354~1374

    • DOI

      10.1093/plcell/koac014

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Quality-controlled ceramide-based GPI-anchored protein sorting into selective ER exit sites2022

    • Author(s)
      Rodriguez-Gallardo Sofia、Sabido-Bozo Susana、Ikeda Atsuko、Araki Misako、Okazaki Kouta、Nakano Miyako、Aguilera-Romero Auxiliadora、Cortes-Gomez Alejandro、Lopez Sergio、Waga Miho、Nakano Akihiko、Kurokawa Kazuo、Muniz Manuel、Funato Kouichi
    • Journal Title

      Cell Reports

      Volume: 39 Pages: 110768~110768

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2022.110768

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Dissociation of ERMES clusters plays a key role in attenuating the endoplasmic reticulum stress2022

    • Author(s)
      Kakimoto-Takeda Yuriko、Kojima Rieko、Shiino Hiroya、Shinmyo Manatsu、Kurokawa Kazuo、Nakano Akihiko、Endo Toshiya、Tamura Yasushi
    • Journal Title

      iScience

      Volume: 25 Pages: 105362~105362

    • DOI

      10.1016/j.isci.2022.105362

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The Golgi Apparatus and its Next-Door Neighbors2022

    • Author(s)
      Nakano Akihiko
    • Journal Title

      Frontiers in Cell and Developmental Biology

      Volume: 10 Pages: 884360

    • DOI

      10.3389/fcell.2022.884360

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Imaging cell biology2022

    • Author(s)
      Andrews Brenda、Chang Jae-Byum、Collinson Lucy、Li Dong、Lundberg Emma、Mahamid Julia、Manley Suliana、Mhlanga Musa、Nakano Akihiko、Schoeneberg Johannes、Van Valen David、Wu Ting ‘C.-ting’、Zaritsky Assaf
    • Journal Title

      Nature Cell Biology

      Volume: 24 Pages: 1180~1185

    • DOI

      10.1038/s41556-022-00960-6

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Super-Resolution Live Imaging of Cargo Traffic Through the Golgi Apparatus in Mammalian Cells2022

    • Author(s)
      Tojima Takuro、Miyashiro Daisuke、Kosugi Yasuhito、Nakano Akihiko
    • Journal Title

      Methods in Molecular Biology

      Volume: 2557 Pages: 127~140

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-2639-9_10

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Correction to: RAB GTPases and SNAREs at the trans-Golgi network in plants2022

    • Author(s)
      Ito Emi、Uemura Tomohiro
    • Journal Title

      Journal of Plant Research

      Volume: 135 Pages: 703~703

    • DOI

      10.1007/s10265-022-01403-x

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The sorting of cargo proteins in the plant trans-Golgi network2022

    • Author(s)
      Shimizu Yutaro、Uemura Tomohiro
    • Journal Title

      Frontiers in Plant Science

      Volume: 13 Pages: 957995

    • DOI

      10.3389/fpls.2022.957995

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Super resolution live imaging: The key for unveiling the true dynamics of membrane traffic around the Golgi apparatus in plant cells2022

    • Author(s)
      Ito Yoko、Uemura Tomohiro
    • Journal Title

      Frontiers in Plant Science

      Volume: 13 Pages: 1100757

    • DOI

      10.3389/fpls.2022.1100757

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The RNA-binding protein Puf5 and the HMGB protein Ixr1 contribute to cell cycle progression through the regulation of cell cycle-specific expression of CLB1 in Saccharomyces cerevisiae2022

    • Author(s)
      Sato Megumi、Irie Kaoru、Suda Yasuyuki、Mizuno Tomoaki、Irie Kenji
    • Journal Title

      PLOS Genetics

      Volume: 18 Pages: e1010340

    • DOI

      10.1371/journal.pgen.1010340

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Regulation of CLB6 expression by the cytoplasmic deadenylase Ccr4 through its coding and 3’ UTR regions2022

    • Author(s)
      Revilleza Jastin Edrian Cocuangco、Sato Megumi、Irie Kaoru、Suda Yasuyuki、Mizuno Tomoaki、Irie Kenji
    • Journal Title

      PLOS ONE

      Volume: 17 Pages: e0268283

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0268283

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 超解像で何を見るか? 超解像イメージングで見る生命現象2022

    • Author(s)
      中野明彦
    • Journal Title

      BIO Clinica

      Volume: 37 Pages: 979

  • [Presentation] Organization and trafficking around the Golgi apparatus - insights from the comparison between yeast, plant, and animal cells2023

    • Author(s)
      Akihiko Nakano
    • Organizer
      International Symposium “Beyond Organelle Zones”
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 高速超解像顕微鏡によるゴルジ体の時空間動態の解析2023

    • Author(s)
      戸島拓郎
    • Organizer
      第27回ExCELLSセミナー
    • Invited
  • [Presentation] 膜交通の統合モデルを目指して2023

    • Author(s)
      中野明彦
    • Organizer
      第25回植物オルガネラワークショップ
    • Invited
  • [Presentation] 膜交通が制御する物質輸送ダイナミクス2023

    • Author(s)
      植村知博
    • Organizer
      第64回日本植物生理学会年会
    • Invited
  • [Presentation] 植物の細胞内膜輸送を制御するRABH1 GTPaseの機能解析2023

    • Author(s)
      大堀智博、 岩下明日香、 伊藤容子、 伊藤瑛海、 中野明彦、 上田貴志、 植村知博
    • Organizer
      第64回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] 病原菌応答における植物分泌システムの役割2023

    • Author(s)
      遠藤彩瑛、田浦愛美、八丈野孝、伊藤瑛海、伊藤容子、中野明彦、植村知博
    • Organizer
      第64回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] 塩ストレス応答におけるNHX5/6の局在解析2023

    • Author(s)
      井上柚杞、清水優太朗、伊藤瑛海、中野明彦、植村知博
    • Organizer
      第64回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] シロイヌナズナVAMP714の局在解析2023

    • Author(s)
      江口倫子、 遠藤彩瑛、 伊藤瑛海、中野明彦、 植村知博
    • Organizer
      第64回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] Analysis of a novel trans-Golgi/TGN-localized protein family in Arabidopsis thaliana2023

    • Author(s)
      Natalia Julia Rzepecka、 伊藤瑛海、伊藤容子、植村知博
    • Organizer
      第64回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] 花粉管伸長におけるVAMP72グループの動態解析2023

    • Author(s)
      東出あんな、伊藤瑛海、伊藤容子、海老根一生、上田貴志、中野明彦、植村知博
    • Organizer
      第64回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] Syntaxin6 N末端領域を有する植物固有タンパク質の生理機能に関する研究2023

    • Author(s)
      東出さら、長尾レイナ、伊藤瑛海 、伊藤容子、清水優太朗、由良敬、中野明彦、植村知博
    • Organizer
      第64回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] Golgi and its neighbors as seen by super-resolution live imaging2022

    • Author(s)
      Akihiko Nakano
    • Organizer
      FASEB Science Research Conference “The Small GTPases in Membrane Processes”
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Mechanisms deduced from comparison between yeast, plant and animal cells2022

    • Author(s)
      Akihiko Nakano
    • Organizer
      FASEB Science Research Conference “The Small GTPases in Membrane Processes”
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Organization of the Golgi apparatus and its neighbors -- Insights from the comparison between yeast, plant and animal cells2022

    • Author(s)
      Akihiko Nakano
    • Organizer
      Intl’ Conference of the Korean Society for Molecular and Cellular Biology 2022
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Golgi and its neighbors as seen by super-resolution live imaging2022

    • Author(s)
      Akihiko Nakano
    • Organizer
      EMBO Members’ Meeting
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Dynamics of membrane traffic in the neuronal growth cone revealed by super-resolution live imaging2022

    • Author(s)
      Takuro Tojima
    • Organizer
      Neuro2022
    • Invited
  • [Presentation] ゴルジ体形成・成熟の時空間ダイナミクス2022

    • Author(s)
      戸島拓郎
    • Organizer
      第95回日本生化学会大会
    • Invited
  • [Presentation] ゴルジ体とその周辺における選別輸送―可視化によるメカニズム解明2022

    • Author(s)
      中野明彦、戸島拓郎
    • Organizer
      第95回日本生化学会大会
    • Invited
  • [Presentation] 近接依存性標識を利用した糖転移酵素の細胞内局在の解析2022

    • Author(s)
      齋藤泰輝、足達俊吾、戸島拓郎、矢木宏和、加藤晃一
    • Organizer
      第41回日本糖質学会年会
  • [Presentation] 消化管間質細胞腫における変異KITチロシンキナーゼのシグナルの場 [ゴルジ領域] への異常局在, その原因マシナリーの同定2022

    • Author(s)
      小幡裕希、黒川量雄、戸島拓郎、夏目美祐希、椎名勇、高橋剛、安部良、中野明彦、西田俊朗
    • Organizer
      第45回分子生物学会年会
  • [Presentation] ゴルジ体のサブコンパートメントにおける糖転移酵素の局在2022

    • Author(s)
      矢木宏和、戸島拓郎、甲賀大輔、西栄美子、齋藤泰輝、加藤薫、加藤晃一
    • Organizer
      第31回日本バイオイメージング学会学術集会
  • [Presentation] 出芽酵母エンドサイトーシス経路の選別区画は初期トランスゴルジ網に存在する2022

    • Author(s)
      十島純子、塚原彩奈, 長野真、戸島拓郎、中野明彦、十島二朗
    • Organizer
      酵母遺伝学フォーラム第55回研究報告会
  • [Presentation] Promotion of sialylation of recombinant glycoprotein by tagging it with a specific sequence recognized by a cargo receptor complex2022

    • Author(s)
      Hirokazu Yagi, Rino Yamada, Shungo Adachi, Jun-ichi Furukawa, Taiki Saito, Kengo Inutsuka, Rio Nakano, Saeko Yanaka, Rena Honda, Kazuhiro Aoki, Takuro Tojima, Maho Yagi-Utsumi, Koichi Kato
    • Organizer
      SIALOGLYCO 2022
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 植物の細胞内膜輸送を制御するRABH1 GTPaseの局在と機能解析2022

    • Author(s)
      大堀智博、伊藤容子、伊藤瑛海、中野明彦、上田貴志、植村知博
    • Organizer
      JANPER & 細胞骨格研究会合同大会
  • [Presentation] 病原菌応答における植物分泌システムの役割2022

    • Author(s)
      遠藤彩瑛、田浦愛美、八丈野孝、伊藤瑛海、伊藤容子、中野明彦、植村知博
    • Organizer
      JANPER & 細胞骨格研究会合同大会
  • [Presentation] TGN-液胞間の輸送が制御する塩ストレス応答2022

    • Author(s)
      井上柚杞、清水優太朗、伊藤瑛海、中野明彦、植村知博
    • Organizer
      JANPER & 細胞骨格研究会合同大会
  • [Presentation] 花粉管伸長におけるVAMP72グループの動態解析2022

    • Author(s)
      東出あんな、伊藤瑛海、伊藤容子、海老根一生、上田貴志、中野明彦、植村知博
    • Organizer
      JANPER & 細胞骨格研究会合同大会
  • [Presentation] Syntaxin6 N末端領域を有する植物固有タンパク質の生理機能に関する研究2022

    • Author(s)
      東出さら、長尾レイナ、伊藤瑛海 、伊藤容子、清水優太朗、由良敬、中野明彦、植村知博
    • Organizer
      JANPER & 細胞骨格研究会合同大会
  • [Presentation] Analysis of a novel TGN/Golgi-localized protein family in Arabidopsis thaliana2022

    • Author(s)
      Natalia Julia Rzepecka、伊藤瑛海、伊藤容子、植村知博
    • Organizer
      JANPER & 細胞骨格研究会合同大会
  • [Presentation] シロイヌナズナVAMP714の機能解析2022

    • Author(s)
      江口倫子、遠藤彩瑛、伊藤瑛海、中野明彦、植村知博
    • Organizer
      JANPER & 細胞骨格研究会合同大会
  • [Presentation] 細胞内膜交通におけるタンパク質の選別輸送の研究2022

    • Author(s)
      中野明彦
    • Organizer
      日本植物学会第86回大会
    • Invited
  • [Presentation] 植物の細胞内膜輸送を制御するRABH1 GTPaseの局在と機能解析2022

    • Author(s)
      大堀智博、 伊藤容子、 伊藤瑛海、 中野明彦、 上田貴志、 植村知博
    • Organizer
      日本植物学会第86回大会
  • [Presentation] NHX5/6はMVEに主に局在する2022

    • Author(s)
      井上柚杞、清水優太朗、伊藤瑛海、中野明彦、植村知博
    • Organizer
      日本植物学会第86回大会
  • [Presentation] 病原菌応答における植物分泌システムの役割2022

    • Author(s)
      遠藤彩瑛、田浦愛美、八丈野孝、伊藤瑛海、伊藤容子、晝間敬、中野明彦、植村知博
    • Organizer
      日本植物学会第86回大会
  • [Presentation] シロイヌナズナVAMP714の機能解析2022

    • Author(s)
      江口倫子、 遠藤彩瑛、 伊藤瑛海、中野明彦、 植村知博
    • Organizer
      日本植物学会第86回大会
  • [Presentation] Analysis of a novel TGN/Golgi-localized protein family in Arabidopsis thaliana2022

    • Author(s)
      Natalia Julia Rzepecka、伊藤瑛海、伊藤容子、植村知博
    • Organizer
      日本植物学会第86回大会
  • [Presentation] 花粉管伸長におけるVAMP72グループの動態解析2022

    • Author(s)
      東出あんな、伊藤瑛海、伊藤容子、海老根一生、上田貴志、中野明彦、植村知博
    • Organizer
      日本植物学会第86回大会
  • [Presentation] Syntaxin6 N末端領域を有する植物固有タンパク質の生理機能に関する研究2022

    • Author(s)
      東出さら、長尾レイナ、伊藤瑛海 、伊藤容子、清水優太朗、由良敬、中野明彦、植村知博
    • Organizer
      日本植物学会第86回大会
  • [Presentation] 自動分注機OT-2を用いたスポットアッセイ自動化および定量化手法の開発2022

    • Author(s)
      田口将大、須田恭之、入江賢児、尾崎遼
    • Organizer
      酵母遺伝学フォーラム第55回研究報告会
  • [Presentation] 減数分裂・胞子形成におけるセプチンの形態とその役割2022

    • Author(s)
      須田恭之、田口将大、舘川宏之、中野明彦、入江賢児
    • Organizer
      酵母遺伝学フォーラム第55回研究報告会
  • [Presentation] RNA結合タンパク質Puf5とHMGBタンパク質Ixr1はCLB1遺伝子の細胞周期特異的な発現を制御する2022

    • Author(s)
      佐藤恵、入江かおる、須田恭之、水野智亮、入江賢児
    • Organizer
      酵母遺伝学フォーラム第55回研究報告会
  • [Presentation] 膜交通関連オルガネラの減数分裂に伴う再構成2022

    • Author(s)
      須田恭之、舘川宏之、黒川量雄、中野明彦、入江賢児
    • Organizer
      第74回日本細胞生物学会大会
  • [Remarks] 中野明彦ラボ

    • URL

      http://sclim.riken.jp

URL: 

Published: 2023-12-25  

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