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2021 Fiscal Year Annual Research Report

methanogenesis from root organic matters in deep subsurface

Research Project

Project/Area Number 18H05295
Research InstitutionNational Institute of Advanced Industrial Science and Technology

Principal Investigator

鎌形 洋一  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 招聘研究員 (70356814)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 玉木 秀幸  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 研究グループ長 (00421842)
眞弓 大介  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 地質調査総合センター, 主任研究員 (30549861)
Project Period (FY) 2018-06-11 – 2023-03-31
Keywords地下微生物 / 未知微生物 / 深部地下圏 / 培養 / 環境ゲノム情報解析 / メタン / 炭素循環 / 生理生態
Outline of Annual Research Achievements

深部地下圏における生物的メタン生成は 1) 複雑な高分子堆積有機物が熱化学反応などによって溶解性有機物に変換される反応、2) 発酵微生物群がこれらを分解し、メタン生成菌ための主要基質を生成する反応 3) メタン生成菌によるメタン産生、から成り立っていると考えられるが、介在する有機物ならびに微生物を含めプロセスの全容は明らかになっていない。本提案では、深部陸域地下圏に広がる微生物生存圏とそれを支える有機物群を俯瞰的かつ精細に捉えることによって生物起源メタンの成因解明を目指している。本年度は、深部地下圏における代表的な根源有機物である原油成分について、地下を模擬した高温高圧培養により、その分解を捉えるとともに、安価な栄養剤により原油分解メタン生成を促進できること、とりわけC16以上の長鎖アルカンが分解されメタンに転換されていることを明らかにし、著名な国際誌に論文を発表した。さらに長鎖アルカン分解メタン生成促進に関与する微生物叢の解析を進めた。また別の地下根源有機物であるメトキシ芳香族化合物の分解を担う微生物については、昨年度までに純粋分離に成功したFirmicutes門の新目Koleobacterales目細菌の完全長ゲノムを解読し、メタン生成菌との共生下でのみメトキシ芳香族化合物の分解する代謝メカニズムの一端を明らかにした。また集積培養に成功しているActinobacteria門の目もしくは科レベルで新規な地下バクテリアについても解析を進め、本細菌もまた、メタン生成菌との共生下でメトキシ芳香族化合物を分解している可能性が示唆されるなど、成果を挙げた。さらに、メトキシ芳香族資化性メタン生成菌について、同アーキアがバクテリアタイプのメチルトランスフェラーゼを用いて脱メトキシ化を行うことを明らかにし、Nature姉妹誌 The ISME Jに発表するなど成果を挙げた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

深部地下圏における根源有機物(長鎖アルカンやメトキシ芳香族化合物)の分解反応を捉えることに成功し、本分解反応を担う微生物叢の解析・データの獲得も順調に進んでいる。また根源有機物を分解する未知微生物の純粋分離、集積培養にも至っており、そのメカニズム解明も、オミクスアプローチなどを駆使しながら順調に進展している。特に、(i)長鎖アルカンを顕著に分解しメタン生成する反応を地下を模擬した高温高圧培養で捉えることに成功し、さらにその分解反応の促進を達成した成果、さらに(ii)メトキシ芳香族資化性メタン生成菌のメトキシ芳香族の分解反応メカニズムを明にした成果などについては著名な国際誌に論文発表するなど、成果発信も順調になされていることから、おおむね順調に進展していると、と評価した。

Strategy for Future Research Activity

本提案における5つの研究実施項目(1. 「深部地下圏の高温域における根源有機物の高温高圧反応生成物の同定」、2. 「深部地下生物圏の大規模DNAシークエンシングによる多様性と代謝特性の解析」、3. 「高圧・常圧培養法を用いた根源有機物分解に関わる地下圏微生物の集積・分離・培養」、4. 「発酵微生物とメタン生成菌の共生系の高圧培養で生成するメタンの安定同位体比の測定」、5. 「芳香族メトキシ化合物を分解しメタンを生成する機構の解明」)について、いずれの項目も着実に成果を挙げてきていることから、現在の取り組みを鋭意継続実施するとともに、主要な根源有機物の分解とメタン生成を担う中核微生物群の特定とメカニズム解明をさらに深化させ、それらの成果を国際誌に論文発表してゆく予定である。

  • Research Products

    (22 results)

All 2023 2022 2021 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (8 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 8 results,  Open Access: 1 results) Presentation (11 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 4 results)

  • [Int'l Joint Research] マサチューセッツ工科大学(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      マサチューセッツ工科大学
  • [Int'l Joint Research] Radboud 大学(オランダ)

    • Country Name
      NETHERLANDS
    • Counterpart Institution
      Radboud 大学
  • [Int'l Joint Research] マックスプランク研究所(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      マックスプランク研究所
  • [Journal Article] A Fast and Easy Method to Co-extract DNA and RNA from an Environmental Microbial Sample2023

    • Author(s)
      Okazaki Yusuke、Nguyen Tuyen Thi、Nishihara Arisa、Endo Hisashi、Ogata Hiroyuki、Nakano Shin-ichi、Tamaki Hideyuki
    • Journal Title

      Microbes and Environments

      Volume: 38 Pages: n/a~n/a

    • DOI

      10.1264/jsme2.ME22102

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Unique H2-utilizing lithotrophy in serpentinite-hosted systems2022

    • Author(s)
      Nobu Masaru Konishi、Nakai Ryosuke、Tamazawa Satoshi、Mori Hiroshi、Toyoda Atsushi、Ijiri Akira、Suzuki Shino、Kurokawa Ken、Kamagata Yoichi、Tamaki Hideyuki
    • Journal Title

      The ISME Journal

      Volume: 17 Pages: 95~104

    • DOI

      10.1038/s41396-022-01197-9

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Cultivation and biogeochemical analyses reveal insights into methanogenesis in deep subseafloor sediment at a biogenic gas hydrate site2022

    • Author(s)
      Katayama Taiki、Yoshioka Hideyoshi、Kaneko Masanori、Amo Miki、Fujii Tetsuya、Takahashi Hiroshi A、Yoshida Satoshi、Sakata Susumu
    • Journal Title

      The ISME Journal

      Volume: 16 Pages: 1464~1472

    • DOI

      10.1038/s41396-021-01175-7

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The origin of methane in serpentinite-hosted hyperalkaline hot spring at Hakuba Happo, Japan: Radiocarbon, methane isotopologue and noble gas isotope approaches2022

    • Author(s)
      Suda Konomi、Aze Takahiro、Miyairi Yosuke、Yokoyama Yusuke、Matsui Yohei、Ueda Hisahiro、Saito Takuya、Sato Tomohiko、Sawaki Yusuke、Nakai Ryosuke、Tamaki Hideyuki、Takahashi Hiroshi A.、Morikawa Noritoshi、Ono Shuhei
    • Journal Title

      Earth and Planetary Science Letters

      Volume: 585 Pages: 117510~117510

    • DOI

      10.1016/j.epsl.2022.117510

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Long-Read-Resolved, Ecosystem-Wide Exploration of Nucleotide and Structural Microdiversity of Lake Bacterioplankton Genomes2022

    • Author(s)
      Okazaki Yusuke、Nakano Shin-ichi、Toyoda Atsushi、Tamaki Hideyuki
    • Journal Title

      mSystems

      Volume: 7 Pages: e00433-22

    • DOI

      10.1128/msystems.00433-22

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Methanogenic crude oil degradation induced by an exogenous microbial community and nutrient injections2021

    • Author(s)
      Suda Konomi、Ikarashi Masayuki、Tamaki Hideyuki、Tamazawa Satoshi、Sakata Susumu、Haruo Maeda、Kamagata Yoichi、Kaneko Masanori、Ujiie Tomomi、Shinotsuka Yumi、Wakayama Tatsuki、Iwama Hiroki、Osaka Noriko、Mayumi Daisuke、Yonebayashi Hideharu
    • Journal Title

      Journal of Petroleum Science and Engineering

      Volume: 201 Pages: 108458~108458

    • DOI

      10.1016/j.petrol.2021.108458

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Methanogenic archaea use a bacteria-like methyltransferase system to demethoxylate aromatic compounds2021

    • Author(s)
      Kurth Julia M.、Nobu Masaru K.、Tamaki Hideyuki、de Jonge Nadieh、Berger Stefanie、Jetten Mike S. M.、Yamamoto Kyosuke、Mayumi Daisuke、Sakata Susumu、Bai Liping、Cheng Lei、Nielsen Jeppe Lund、Kamagata Yoichi、Wagner Tristan、Welte Cornelia U.
    • Journal Title

      The ISME Journal

      Volume: 15 Pages: 3549~3565

    • DOI

      10.1038/s41396-021-01025-6

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Elucidation of methanogenic processes by subsurface microorganisms2021

    • Author(s)
      SAKATA Susumu
    • Journal Title

      Synthesiology

      Volume: 2021 Pages: 1~13

    • DOI

      10.5571/synth.2021.3_1

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Methane production from crude oil by a single methanogen2022

    • Author(s)
      Daisuke Mayumi
    • Organizer
      JpGU 2022
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 未知の微生物を"培養"して新たな生物機能を探る -未利用微生物遺伝子資源開拓と利活用に向けて-2022

    • Author(s)
      玉木秀幸
    • Organizer
      創立100周年記念第74回日本生物工学会大会
    • Invited
  • [Presentation] GC-MSを用いたギ酸および酢酸分子内の炭素位置ごとの13Cラベル率の定量法2022

    • Author(s)
      須田 好、坂本 幸子、玉木 秀幸、井口 亮
    • Organizer
      日本地球惑星科学連合2022年大会
  • [Presentation] 地下根源有機物を巡るFirmicutes門新目細菌の生存戦略2022

    • Author(s)
      坂本幸子, Nobu Masaru Konishi, 眞弓大介, 玉澤聡, 中原望, 草田裕之、米林英治、岩間弘樹、五十嵐雅之、若山樹、前田治男、坂田将、田村具博、野村暢彦、鎌形洋一、玉木秀幸
    • Organizer
      日本微生物生態学会35回大会
  • [Presentation] Actinobacteriota 門の新目の C1 代謝経路の理解と生態学的意義2022

    • Author(s)
      中原望、延優、玉澤聡、原英里、眞弓大介、前田治男、坂田将、玉木秀幸、鎌形洋一
    • Organizer
      2022年度日本水環境学会
  • [Presentation] 原油を分解するメタン生成菌を発見2021

    • Author(s)
      眞弓大介、中原望、風呂田郷史、金子雅紀、延優、玉澤聡、須田好、前田治男、鎌形洋一、坂田将、玉木秀幸
    • Organizer
      日本微生物生態学会34回大会
  • [Presentation] Cultivation Renaissance in the Post-Metagenomics Era: Combining the New and Old2021

    • Author(s)
      Hideyuki Tamaki
    • Organizer
      2021 NeLLi Symposium on New Lineages of Life (JGI, USA)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Cultivation Renaissance: 未知の微生物を"培養"して新たな生命機能を探る2021

    • Author(s)
      玉木秀幸
    • Organizer
      第69会日本放線菌学会学術講演会
    • Invited
  • [Presentation] 白馬八方蛇紋岩温泉の深部起源メタン2021

    • Author(s)
      須田 好、阿瀬 貴博、宮入 陽介、横山 祐典、松井 洋平、上田 修裕、齋藤 拓也、佐藤 友彦、澤木 佑介、中井 亮佑、玉木 秀幸、高橋 浩、森川 徳敏、小野周平
    • Organizer
      日本地球化学会
  • [Presentation] ゲノムが膜で包まれた新門 Atribacterota 細菌株の単離と特徴付け2021

    • Author(s)
      片山 泰樹、NOBU MASARU KONISHI、草田 裕之、孟 憲英、細木直樹、植松勝之、吉岡 秀佳、鎌形 洋一、玉木 秀幸
    • Organizer
      日本微生物生態学会第34回大会
  • [Presentation] 白馬八方蛇紋岩を母岩とする強アルカリ性温泉のメタンの起源2021

    • Author(s)
      須田 好、阿瀬 貴博、宮入 陽介、横山 祐典、松井 洋平、上田 修裕、齋藤 拓也、佐藤 友彦、澤木 佑介、中井 亮佑、玉木 秀幸、高橋 浩、森川 徳敏、小野周平
    • Organizer
      InterRidge Japan研究集会

URL: 

Published: 2023-12-25  

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