次世代シーケンサーを用いた粘液線維肉腫の網羅的解析と新規治療標的の探索

2019 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 18J12043
• Research Institution: Kyoto University
• Principal Investigator: 竹内 康英 京都大学, 医学研究科, 特別研究員(DC2)
• Project Period (FY): 2018-04-25 – 2020-03-31
• Keywords: 粘液繊維肉腫 / 遺伝子変異解析

Outline of Annual Research Achievements

本研究は粘液線維肉腫の遺伝子変異の詳細と、予後不良因子である低分化な成分が生じてくる遺伝学的機序や治療標的となりうる遺伝子異常を解明することを目的としている。
遺伝子変異の詳細：全72症例の原発性MFSに対し、全エクソンシーケンス、ないしはターゲットシーケンスを行い、遺伝子変異を解析した。同時にシーケンスデータを用いて腫瘍内染色体のコピー数異常の解析も実施した。また、公開データベースに登録された116症例のデータも統合し解析した。130症例の全エクソンシーケンスデータで合計9,246個の遺伝子変異が検出され、中央値は55.5個であった。最も多くの症例で遺伝子変異を認めた遺伝子はTP53で、ATRX、RB1がそれに続いた。コピー数異常、ないしは免疫染色でのp53強陽性を含めた場合、合計104症例(55.3%)でTP53に関する異常が検出された。
低分化な成分が生じてくる機序の解明について：12症例の腫瘍部由来DNAに対しメチル化アレイ実験を行い、公開データベースに登録された317症例の軟部肉腫メチル化アレイデータと統合して解析した。軟部肉腫は4個のクラスターに分類され、予後との有意な相関がみられた(p値：0.025)。粘液繊維肉腫に関する合計29症例のメチル化アレイデータを解析したが、予後や形態学的な変化と有意な相関を示す所見は得られなかった。現在ホルマリン固定後の組織に対するバイサルファイト全ゲノムシーケンスの実施によるより多くの症例での解析の実施を検討している。
治療標的となりうる遺伝子異常に関して：上述の通り、現時点でMFSにおいて検出されている遺伝子異常はTP53の点突然変異やコピー数異常、形態学的異常と結びつきづらいエピゲノム変化などであり、分子標的治療薬の対象となりがたいもので、MFSの治療成績を劇的に向上させる遺伝子異常に関しては検出されていない。

Research Progress Status

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

Research Products

• [Presentation] 粘液線維肉腫にみられるTP53の異常と著明な遺伝的不安定性 (2019)
  • Author(s): 竹内 康英, 鈴木 啓道, 吉田 健一, 白石 友一, 垣内 伸之, 塩澤 裕介, 井上 善景, 千葉 健一, 牧島 秀樹, 宮野 悟, 羽賀 博典, Damm Frederik, 小川 誠司
  • Organizer: 第78回日本癌学会学術総会
• [Presentation] Myxofibrosarcoma is characterized by frequent abnormalities in TP53 and increased genetic instability (2019)
  • Author(s): Yasuhide Takeuchi, Annegret Kunitz, Hiromichi Suzuki, Kenichi Yoshida, Yuichi Shiraishi, Teppei Shimamura, Kenichi Chiba, Hiroko Tanaka, Nobuyuki Kakiuchi, Yusuke Shiozawa, Akira Yokoyama, Tetsuichi Yoshizato, Kosuke Aoki, Yoichi Fujii, Hideki Makishima, Hironori Haga, Satoru Miyano, Frederik Damm, Seishi Ogawa
  • Organizer: American Association for Cancer Research Annual Meeting 2019
  • Int'l Joint Research