Development of ancient DNA analysis in melon seed to discuss which fruit traits were prefered in change of the Japanese society

2020 Fiscal Year Final Research Report

• Project/Area Number: 18K01087
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 一般
• Review Section: Basic Section 03060:Cultural assets study-related
• Research Institution: Hirosaki University
• Principal Investigator: Tanaka Katsunori 弘前大学, 農学生命科学部, 助教 (00450213)
• Project Period (FY): 2018-04-01 – 2021-03-31
• Keywords: 考古学 / 遺跡 / 育種 / 形質 / NGS / 次世代シーケンス / 多様性

Outline of Final Research Achievements

To understand food preference inferred by selected-fruit-traits in melon, DNA from modern melon accessions and archaic DNA from melon seed remains were sequenced by next-generation DNA sequencer. Quantitative trait locus of fruit length and soluble solid contents were detected by the analysis of modern melon accessions. An analysis of melon seed remains revealed that archaic-melon-nuclear-genome remained in seeds that large number of archaic DNA regions was found. It indicated that selection for fruit length and sweetness in melon was able to be analyzed by molecular genetic technology.

Free Research Field

遺伝育種科学、文化財科学、園芸科学

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

種子遺存体においてDNA遺存量が多いとメロンのゲノム領域が検出されやすい結果は新たな知見であった。特に、結果はDNA遺存量を把握することによって多くの遺伝情報が種子遺存体から収集できることを示唆しているため、種子遺存体のDNA情報を活用する研究において重要な知見となる。
また、本研究によって現生メロンから解読されたDNA情報はコアコレクション構築に貢献した。コアコレクションは間もなく配布予定であり、試料数を縮小して短期間のうちに形質を評価することを通じて育種の材料を速やかに提示できるので、農業に貢献する点で意義があった。