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2022 Fiscal Year Annual Research Report

Development and application of visualisation technology for aldehyde bioproduction

Research Project

Project/Area Number 18K05386
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

林 勇樹  東京大学, 環境安全研究センター, 准教授 (90444059)

Project Period (FY) 2018-04-01 – 2023-03-31
Keywords進化分子工学 / アルデヒドセンサー / 発光 / タンパク質工学 / 酵素 / 医薬品顔料 / 次世代バイオ燃料
Outline of Annual Research Achievements

微生物による物質生産を行うには、膨大な実験条件を試行し、目的生成物の収量が最大化する条件を探索(最適化)する。必要であれば、物質生産に関わる酵素の変異体ライブラリを発現し、高活性変異体を創出する。最適化プロセスや、高活性変異体の探索において、目的生成物の定量には、細胞培養液の破砕、溶媒による抽出、測定機器による定量といった多段階プロセスに多くの時間と労力を要するため、最適化プロセスや高活性変異体酵素の探索の律速段階となっている。本研究では、大腸菌培養液中の目的生成物の生成量を、外部から発光量として、非侵襲的、かつ、リアルタイムに評価できる系を開発し、目的物生成量の定量を超高速・超簡便にするセンサー大腸菌の開発を目指してきた。
2022年度は、2021年度から引き続き、目的物質を生成する人工遺伝子回路の設計と構築の準備を進めてきた。一方で、センサーに使用する酵素の基質特異性は低く、汎用性に富むことは確認できていたが、目的生成物に対する発光強度を改善が必要であることが示唆されており、本年度はセンサー酵素の発光強度の改善を進めるべく、進化分子工学的手法によるセンサー酵素の高発光変異体創出を飛躍的に加速する超高速活性評価法(非侵襲、かつ、リアルタイム評価)の設計は完了し、現在、その構築を進めている。
この他に、白血病のcMyb-KIXのタンパク質間相互作用を阻害するために、タンパク質の立体構造予測に基づいた、13種の変異体ペプチドライブラリ(cMyb変異体)を構築した。非常に限られた変異体ライブラリサイズにも関わらず、既存の阻害剤よりも高い阻害能を示す変異体ペプチドの創出に成功し、原著論文として発表した。また、本研究の立案のきっかけとなった、バイオ燃料として期待されるアルカン(軽油相当)を生成する2つのタンパク質の高機能化に関するこれまでの研究を総説として国際専門誌に発表した。

  • Research Products

    (7 results)

All 2023 2022 Other

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 3 results) Presentation (2 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Rational peptide design for inhibition of the KIX?MLL interaction2023

    • Author(s)
      Sato Nao、Suetaka Shunji、Hayashi Yuuki、Arai Munehito
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 13 Pages: 6330

    • DOI

      10.1038/s41598-023-32848-2

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structure and Function of Gli123 Involved in Mycoplasma mobile Gliding2023

    • Author(s)
      Matsuike Daiki、Tahara Yuhei O.、Nonaka Takahiro、Wu Heng Ning、Hamaguchi Tasuku、Kudo Hisashi、Hayashi Yuuki、Arai Munehito、Miyata Makoto
    • Journal Title

      Journal of Bacteriology

      Volume: 205 Pages: e0034022

    • DOI

      10.1128/jb.00340-22

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A comparative study of unpasteurized and pasteurized frozen whole hen eggs using size-exclusion chromatography and small-angle X-ray scattering2022

    • Author(s)
      Oka Yoshiki、Yukawa Hiroko、Kudo Hisashi、Ooka Koji、Wada Manami、Suetaka Shunji、Chang Mari、Kawai Hidenobu、Tanaka Ryouji、Ichikawa Masahiro、Suzuki Takahisa、Hayashi Yuuki、Handa Akihiro、Arai Munehito
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 12 Pages: 9218

    • DOI

      10.1038/s41598-022-12885-z

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Recent advances in the improvement of cyanobacterial enzymes for bioalkane production2022

    • Author(s)
      Hayashi Yuuki、Arai Munehito
    • Journal Title

      Microbial Cell Factories

      Volume: 21 Pages: 256

    • DOI

      10.1186/s12934-022-01981-4

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Comparison and further improvement of the intracellular optogenetic tool Magnets variants2022

    • Author(s)
      吉村匡隆、青野侑基、林勇樹、河野風雲、佐藤守俊、新井宗仁
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] 理論的設計法による細胞内光遺伝学ツールMagnetの改良2022

    • Author(s)
      吉村匡隆、青野侑基、林勇樹、佐藤守俊、新井宗仁
    • Organizer
      第22回日本蛋白質科学会年会
  • [Remarks] 林研究室のホームページ

    • URL

      https://sites.google.com/g.ecc.u-tokyo.ac.jp/hayashi-lab/home

URL: 

Published: 2023-12-25  

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