2020 Fiscal Year Annual Research Report
Post-translational modification of nucleoid-associated proteins encoded on the catabolic plasmid pCAR1 and its host chromosome
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18K05408
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
水口 千穂 (鈴木千穂) 東京大学, 生物生産工学研究センター, 助教 (10733032)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | 核様体タンパク質 / 翻訳後修飾 / トランスクリプトーム / プラスミド / Pseudomonas |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究ではPseudomonas putida KT2440株の染色体にコードされるMvaTホモログTurA、TurB、及びプラスミドpCAR1にコードされるPmrを対象に、アセチル化されることが確認された残基について、アルギニンへの置換（脱アセチル化状態を模したもの）およびグルタミンへの置換（アセチル化状態を模したもの）を行った株を作製し、トランスクリプトーム解析（RNA-Seq解析）およびクロマチン免疫沈降法による網羅的結合箇所の同定（ChIP-Seq解析）を行う計画である。本年度はその前提となる野生型株とturA, turB, pmr各遺伝子破壊株を用いた実験を行った。RNA-Seq解析からは、TurAとTurBが転写制御を行う遺伝子群がpCAR1保持に伴い大きく変化することが明らかとなった。また、pCAR1保持とPmrの発現がTurAとTurBの結合箇所を変化させることが示唆された（Frontiers in Microbiology誌にて発表）。ChIP-Seq解析については、先進ゲノム支援（先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム）の支援を受けて実施した。現在、pCAR1保持に伴うMvaTホモログの結合箇所の変化について解析を進めている段階である。
本研究ではアセチル化がMvaTホモログの二量体・多量体形成能に与える影響を評価するため、二量体／多量体化ドメインの機能解析も進めてきた。その一環として、本年度はライデン大学（オランダ）との国際共同研究も実施した。共著での誌上発表を目指し、日本側ではタンパク質の結晶構造解析を進めている。
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