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2023 Fiscal Year Annual Research Report

Structural analysis and developmental research of specific glycosidases for production of glycosides bearing biorecognition

Research Project

Project/Area Number 18K05444
Research InstitutionOsaka Metropolitan University

Principal Investigator

伊藤 和央  大阪公立大学, 大学院理学研究科, 准教授 (20183171)

Project Period (FY) 2018-04-01 – 2024-03-31
Keywords生体認識配糖体 / エンド-β-N-アセチルグルコサミニダーゼ / 立体構造
Outline of Annual Research Achievements

2018~2022年度は、組換エンド-β-N-アセチルグルコサミニダーゼ(エンド)HSとSe-Met置換組換エンドHSの板状単結晶を調製し、X線結晶回析測定と単波長異常散乱法での位相決定から、分解能1.95Åの立体構造を解明した。エンドHSは、GHF85酵素類似ドメインI~IIIとC末端側の新規ドメインIVとVから構成されていた。
また、分離菌Prevotella melaninogenica 由来エンドPMの3つのアイソザイムのうち、組換エンドPMαの板状単結晶のX線結晶回析から分解能2.1Åの立体構造を解明した。エンドPMαはN末端側からI~V のドメインで構成され、ドメインIは(α/β)8バレルで、触媒アミノ酸が存在する触媒ドメインであった。ドメインII~Vは異なるβバレルで、ドメインIVとVは他のGHF85酵素に存在しなかった。外膜移行モチーフを含むドメインVは、本酵素の菌体外膜移行ドメインと考えられた。低角X線散乱法で解析したエンドPMαの立体構造は非対称形で、実験散乱曲線と理論曲線のχ2 値が異なり、結晶と溶液では構造が異なると考えられた。
最終年度は、GHF85酵素の3つの触媒アミノ酸に相当するエンドHSのN216 、E218、Y252の機能を検証した。1アミノ酸置換N216A、E218Q、E218A酵素の各活性は野生型酵素の1/1000以下で、Y252F酵素は1/7、GHF85酵素ではFであるY282のY282F酵素は1/50となった。2アミノ酸置換N216A/Y252F酵素は野生型酵素の1/10000以下で、N216A/E218QやE218Q/Y252F酵素と3アミノ酸置換N216A/E218Q/Y252F酵素の活性は検出不可であった。エンドHSはE218を中心に、N216、E218、Y252、Y282の4アミノ酸残基が触媒部位を構成していると考えられた。

  • Research Products

    (6 results)

All 2024 2023 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (1 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 1 results) Presentation (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Int'l Joint Research] チュラロンコン大学理学部/ラムカンヘン大学理学部/カセサート大学教養学部(タイ)

    • Country Name
      THAILAND
    • Counterpart Institution
      チュラロンコン大学理学部/ラムカンヘン大学理学部/カセサート大学教養学部
  • [Journal Article] Structure and function of endo-β-N-acetylglucosaminidase PM responsible for deglycosylation of host glycoproteins in Prevotella melaninogenica2023

    • Author(s)
      Tomofumi Takeuchi, Shinji Mori, Kazuki Okura, Methus Kuraeokura, Santhana Nakapong, Nobuo Kamiya, Ikuko Miyahara and Kazuo Ito
    • Journal Title

      Abstract and Proceeding Book of 30th FAOBMB & 8th BMB Conference (https://www.bmbconference.org/faobmb2023/wp-content/uploads/2023/12/FAOBMB_2023_Abstract-Book.pdf)

      Volume: - Pages: 402-408

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] エンド-β-N-アセチルグルコサミニダーゼHSの立体構造と機能発現機構2024

    • Author(s)
      倉内郁也 、大倉和貴、森 真司 、米澤健人、清水伸隆、田中里佳、細川千絵、宮原郁子、伊藤和央
    • Organizer
      2024年日本農芸化学会大会(於東京)(2024年3月25~27日)
  • [Presentation] エンド-β-N-アセチルグルコサミニダーゼHSの構造と機能発現2023

    • Author(s)
      倉内郁哉、大倉和貴、森 真司、米澤健人、清水伸隆、田中里佳、細川千絵、宮原郁子、伊藤和央
    • Organizer
      第23回関西グライコサイエンスフォーラム(於大阪)(2023年5月20日)
  • [Presentation] エンド-β-N-アセチルグルコサミニダーゼHSの立体構造とその機能発現2023

    • Author(s)
      倉内郁也、大倉和貴、森 真司、米澤健人、清水伸隆、田中里佳、細川千絵 、宮原郁子 、伊藤和央
    • Organizer
      第95回日本生化学会大会(於福岡)(2023年10月31日~11月2日)
  • [Presentation] Structure and function of endo-β-N-acetylglucosaminidase PM responsible for deglycosylation of host glycoproteins in Prevotella melaninogenica2023

    • Author(s)
      Tomofumi Takeuchi, Shinji Mori, Kazuki Okura, Methus Kuraeokura, Santhana Nakapong, Nobuo Kamiya, Ikuko Miyahara and Kazuo Ito
    • Organizer
      30th FAOBMB&8thBMB Conference・Bangkok(November 22~23, 2023)2~25日)
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2024-12-25  

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