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2021 Fiscal Year Annual Research Report

Analysis of new peptide epimerases for the biosynthesis of peptide natural products

Research Project

Project/Area Number 18K05449
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

小笠原 泰志  北海道大学, 工学研究院, 准教授 (20732986)

Project Period (FY) 2018-04-01 – 2022-03-31
Keywords天然物 / ペプチド / 酵素 / 阻害剤 / エピメラーゼ / 生合成
Outline of Annual Research Achievements

(1)新規ペプチドエピメラーゼMurLの反応機構の解析:MurLはエピメリ化反応に一当量のATPを補基質を用いる新規な酵素である。昨年度までに、推定した反応機構から予想された反応中間体をLC-MSとNMR実験で検出できていた。今年度は、更なる反応機構解析のため、基質類縁体を有機化学的手法と酵素反応を用いた方法で合成した。また、得られた化合物と組換えMurLを用いた酵素反応について検討し、当初推定していた反応機構が正しいことが示唆された。
(2)MurL/MurD2阻害剤の探索:MurL/MurD2はザントモナス属細菌など一部の植物病原菌のみが利用するペプチドグリカン新規生合成経路であることから、これらの阻害剤はこれらの植物病原菌特異的な抗菌剤となる。昨年度までに、放線菌やカビの培養物ライブラリーのスクリーニングと続く活性本体の単離を進めアクチノマイシンDに目的の活性があることを見出していた。今年度は、新たなライブラリーを用いたスクリーニングを行い、目的活性をもつサンプル一つを取得した。
(3)ラッソペプチド天然物MS-271生合成に関わるエピメラーゼの探索:昨年度までに、生産菌Streptomyces sp. M-271のMS-271生合成遺伝子クラスター中の機能未知遺伝子 (mslH) について、大腸菌を宿主にしたin vivo実験や、精製酵素を用いたin vitro実験で、前駆体ペプチドMslAを基質にした立体反転反応の進行が確認できていた。また、本酵素が反応に補酵素を要求しないことを明らかにした。本酵素はペプチドのカルボン酸のアルファー位を補酵素非依存的に立体反転する初の酵素である。今年度は、MslHの変異体の構築と活性測定を行い、活性部位を明らかにした。

  • Research Products

    (12 results)

All 2022 2021 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 3 results) Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 1 results)

  • [Int'l Joint Research] North Carolina State university(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      North Carolina State university
  • [Journal Article] Identification of Cyclopropane Formation in the Biosyntheses of Hormaomycins and Belactosins: Sequential Nitration and Cyclopropanation by Metalloenzymes2021

    • Author(s)
      Li Xiaojun、Shimaya Ryo、Dairi Tohru、Chang Wei‐chen、Ogasawara Yasushi
    • Journal Title

      Angewandte Chemie International Edition

      Volume: 61 Pages: e202113189

    • DOI

      10.1002/anie.202113189

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Identification of pulvomycin as an inhibitor of the futalosine pathway2021

    • Author(s)
      Ogasawara Yasushi、Umetsu Shuhei、Inahashi Yuki、Nonaka Kenichi、Dairi Tohru
    • Journal Title

      The Journal of Antibiotics

      Volume: 74 Pages: 825~829

    • DOI

      10.1038/s41429-021-00465-8

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Discovery of an alternative pathway of peptidoglycan biosynthesis: A new target for pathway specific inhibitors2021

    • Author(s)
      Ogasawara Yasushi、Dairi Tohru
    • Journal Title

      Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology

      Volume: 48 Pages: kuab038

    • DOI

      10.1093/jimb/kuab038

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 三員環構造を有するペプチド抗生物質ベラクトシンとホルマオマイシンの生合成研究2022

    • Author(s)
      島谷 諒、大利 徹、小笠原 泰志
    • Organizer
      日本農芸化学会2022年度大会
  • [Presentation] ラッソペプチドRES-701 の生合成研究2022

    • Author(s)
      山谷 優花、小笠原 泰志、佐藤 康治、大利 徹
    • Organizer
      日本農芸化学会2022年度大会
  • [Presentation] Involvement of Peptide Epimerization in the biosynthesis of Linaridin Class Ribosomally Synthesized and Post-translationally Modified Peptides2022

    • Author(s)
      Wanlu Xiao、Yasushi Ogasawara、Yasuharu Satoh、Tohru Dairi
    • Organizer
      日本農芸化学会2022年度大会
  • [Presentation] New peptide epimerase in the biosynthesis of a D-tryptophan-containing lasso peptide, MS-2712021

    • Author(s)
      Yasushi Ogasawara and Tohru Dairi
    • Organizer
      Directing Biosynthesis Online
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 三員環構造を有するペプチド抗生物質ベラクトシンとホルマオマイシンの生合成研究2021

    • Author(s)
      島谷 諒, 大利 徹, 小笠原 泰志
    • Organizer
      2021 年度 日本農芸化学会北海道支部第2 回学術講演会
  • [Presentation] Linaridin natural products containing D-amino acids2021

    • Author(s)
      Wanlu Xiao, Yasushi Ogasawara, and Tohru Dairi
    • Organizer
      2021 年度 日本農芸化学会北海道支部第2 回学術講演会
  • [Presentation] In vitro characterization of early steps in the biosynthesis of antitumor antibiotics mitomycins2021

    • Author(s)
      Yasushi Ogasawara, Yo Nakagawa, Chitose Maruyama, Yoshimitsu Hamano and Tohru Dairi
    • Organizer
      PacifiChem 2021
  • [Presentation] Dissecting the biosynthetic machinery in bacterial polyunsaturated fatty acid synthases2021

    • Author(s)
      Yasushi Ogasawara and Tohru Dairi
    • Organizer
      2022 Canadian Lipids and Proteins Conference
    • Int'l Joint Research / Invited

URL: 

Published: 2022-12-28  

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