2021 Fiscal Year Annual Research Report
Elucidation of circRNA transport pathway
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18K05563
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| Research Institution | Setsunan University |
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Principal Investigator |
芳本 玲 摂南大学, 農学部, 講師 (70595652)
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2018-04-01 – 2022-03-31
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| Keywords | 環状RNA |
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| Outline of Annual Research Achievements |
次世代高速シーケンサーによるトランスクリプトーム解析によって、ヒトで数千種の環状RNA(circRNA)が組織・発生段階特異的に発現している事がわかってきた。興味深いのは、アルツハイマー病、筋萎縮性側索硬化症(ALS)といった神経変性疾患、癌、アテローム性動脈硬化症などの疾患との関わりである。細胞質で機能するcircRNAが核外輸送されることを示したが、mRNAと異なり末端構造がないため、新奇の輸送複合体の存在が予想できる。疾患に関わるcircRNAの機能を明らかにするには、閉環状構造のRNAが、どうやって核外輸送され、細胞質で局在し、機能するのかを解明することが必須である。この画期的基礎研究から、重要な脳神経疾患に関わる機能解析に至る研究を提案したい。
本年度は、短いcircRNAに結合するRNA結合タンパク質を絞り込んだ。CLIP(クロスリンク-RNA免疫沈降)法は、次世代シーケンサーと組み合わせることで、タンパク質に結合するRNAを網羅的に検出できる強力な手法である。日本を含む国際プロジェクトである「ENCODE」がeCLIPデータを公開しており、122種類のRNA結合タンパク質の結合RNA配列のゲノムワイドな俯瞰が可能である。
circBase[http://www.circbase.org]はドイツRajewsky研が整備したcircRNAデータベースであり、ヒトの組織・細胞にて発現しているcircRNAに通し番号(約100,000種類)をつけており、配列情報・ゲノム上の位置・ホスト遺伝子名の情報を公開している。これらの情報をもとにヒトHepG2細胞で高発現している1000塩基以下のcircRNAのリストを作成し、eCLIPのデータと合わせて短いcircRNA特異的に結合している候補因子を割り出した。
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