Development of a massively parallel SNP-typing method for rapid and efficient identification of responsible genes in mutants

2021 Fiscal Year Final Research Report

• Project/Area Number: 18K05587
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 一般
• Review Section: Basic Section 39010:Science in plant genetics and breeding-related
• Research Institution: Institute of Physical and Chemical Research
• Principal Investigator: Ichida Hiroyuki 国立研究開発法人理化学研究所, 仁科加速器科学研究センター, チームリーダー (80513382)
• Project Period (FY): 2018-04-01 – 2022-03-31
• Keywords: イネ / SNPタイピング / 重イオンビーム

Outline of Final Research Achievements

An open-source target enrichment technology was developed and used to capture and sequence target regions with single nucleotide polymorphisms (SNPs) and other mutations. Six rice cultivars were used as a model for a target capturing. Target enrichment and genotyping were successfully performed with a minimum of 50 bp of the target flanks. In addition, SNP enrichment can be successfully performed by pre-mixing eight samples before the target capturing.

Free Research Field

植物育種学

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究では商用プラットフォームに依存しない、オープンソースなターゲット濃縮法を開発し、その有効性を複数の生物種で実証した。本研究で確立したターゲット濃縮法を用いることで、研究目的に応じて解析ターゲットを柔軟に設定し、ゲノム上に散在する2万ヶ所以上の領域における遺伝子型を一斉に解析することができる。これにより、従来のマーカー選抜育種では不可能であった、極めて多数の領域における遺伝子型を指標とした集団規模の系統選抜が可能となり、画期的な新品種などの創出に寄与することが期待できる。