2018 Fiscal Year Research-status Report
伊茶仁カリカリウス遺跡から出土した焼骨片を用いたサケの太古からの遺伝的履歴の解明
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18K05698
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| Research Institution | Fisheries Research and Education Agency |
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Principal Investigator |
柳本 卓 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 中央水産研究所, 主任研究員 (30443386)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
丹羽 洋智 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 中央水産研究所, 主幹研究員 (60372083)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | 焼骨片 / 伊茶仁カリカリウス遺跡 / 標津町 / サケ科魚類 / サケ / カラフトマス |
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| Outline of Annual Research Achievements |
北海道標津町ポー川史跡自然公園で管理されている伊茶仁カリカリウス遺跡から出土したサケ科魚類の焼骨片を用いてDNA分析を行い、その種判別を行う。焼骨片がサケのものである場合、遺伝的多様性の変化を調べることを目的とする。今年度、出土した1200年前と2000年前の焼骨片について、破損状況などを見て、魚類の焼骨片を選別して整理した。これらのサンプルについて写真撮影をして小分けしていき整理した。大量のサンプルがあり、また細かいサンプルが多く、これらの基礎的な作業に非常に時間がかかった。
伊茶仁カリカリウス遺跡から出土した約500年前のサケ科魚類と考えられる歯や脊椎骨の焼骨片について、既存の方法によりDNAを抽出した。既存のmtDNAのD-Loop領域とCytb領域の短い断片を増幅するプライマーセット、バーコーデイング領域のmtDNAのCOI領域を増幅するプライマーセットを用いて、PCR増幅を行った。その結果、COI領域のような約600bpのPCR産物は増幅できなかった。しかし、100-300bp程度の大きさのPCR産物は増幅することができた。さらに、これらの短い領域から塩基配列情報を得ることができた。Blast分析の結果、サケとカラフトマスであることが分かった。
これらの短い断片の間にさらに小さな断片を増幅させてつなげることができると考えられた。
今後、より多数のサンプルについて、DNA分析による種判別を行う予定である。また、年代ごとの遺伝的な多様性が調べられるように、分析方法の検討を行う予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
当初、500年代以外の他の年代の焼骨片の分析を実施しようとしていたが、様々な焼骨片の中から魚類、特にサケ科魚類の焼骨片を探し出すのに時間を要したため、約500年前の焼骨片以外の分析ができなかった。今後、1200年前と2000年前の焼骨片について、分析を進める。
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| Strategy for Future Research Activity |
初年度で整理できた焼骨片について、DNA抽出を行っていく予定である。これらについて、常法でPCRとシーケンス分析を行う予定である。それにより、種判別を行い、情報を収集していく。同時に、多様性を比較するための分析方法の開発を行っていく。次世代シーケンサーなどの応用について検討する。
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| Causes of Carryover |
焼骨片からサケ科魚類の取り出しや整理整頓に時間がかかってしまったため、分析と解析が進まなかった。そのため、次年度への繰り越しが生じた。今年度は繰り越し金も使って研究を進める予定である。
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