Elucidation of the ancient genetic history of salmon using burnt bone fragments excavated from the Ichani Karikarius site

2020 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 18K05698
• Research Institution: Fisheries Research and Education Agency
• Principal Investigator: 柳本 卓 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水研機構(横浜), 主任研究員 (30443386)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 丹羽 洋智 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 水研機構(横浜), 主幹研究員 (60372083)
• Project Period (FY): 2018-04-01 – 2021-03-31
• Keywords: 焼骨片 / サケ / 環境ゲノム / コアレセントシミュレーション解析 / 多様性 / 伊茶仁カリカリウス遺跡

Outline of Annual Research Achievements

北海道標津町ポー川史跡自然公園で管理されている伊茶仁カリカリウス遺跡から出土したサケ科魚類の焼骨片を用いてDNA分析を行い、その種判別を行う。焼骨片がサケのものである場合、遺伝的多様性の変化を調べることを目的とする。約500年前に出土した焼骨片について、DNA分析により種判別が可能であった。しかし、1200年前と2000年前の焼骨片はうまくDNA分析ができなかった。そのため、用いる焼骨片について、できるだけ破損がなく、出土後、比較的新しいものを選び、DNA分析を行った。しかし、DNA分析を行うことができなかった。外見では分からないが、DNAの損傷が進んでいたと推測された。そのため、2008年、2019年、および2020年に採集されたサケのmtDNAのD-Loop領域の塩基配列のコアレセントシミュレーション解析を行い、系統樹を再構築することにより、遺伝的多様性の変化を調べた。サケ系統樹はXi-コアレセントと呼ばれる樹形に大きく歪められており、これは人工種苗放流によりサケ集団内の対立遺伝子頻度が短期間のうちに大きく変化していることを示唆している。また、焼骨片がサケ科魚類以外の可能性もあることから、生息している魚種を把握する必要がある。伊茶仁カリカリウス遺跡周辺の伊茶仁川から採水し、環境ゲノム分析を行った。これらの結果から推測された魚種種組成は過去に同地点で魚類採集調査で得られた結果と類似していた。このことから、環境ゲノム分析により伊茶仁仮カリウス遺跡周辺の魚類層が明らかになった。魚類のデータベースの構築に役立つ情報であると考えられる。