2020 Fiscal Year Annual Research Report
Identification of novel and powerful constitutive promoter than CAG
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18K06039
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| Research Institution | Keio University |
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Principal Investigator |
中武 悠樹 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 講師 (20415251)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | 転写制御 / 恒常的プロモータ / 発現ベクター |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、既存のCAGプロモータを超える、汎用性の高いプロモータを同定することを目的としている。前年度までの解析の結果、検討したすべての候補遺伝子のプロモーターは、CAGプロモーターよりも活性が同程度か弱いことが明らかとなった。一方、CAGプロモーターに比べ、TPT1およびHSPA8のプロモータ活性は、活性の差が少なく、安定的なプロモーターであることが示唆された。
本年度は、申請者らが発表した論文報告（Nakatake et al. Cell Reports, 2020）のデータを活用できるため、前年度までで解析した遺伝子以外の発現量に着目し、In Silicoでの解析を追加した。また、前年度までで得られた解析結果の再現性チェックをおこない、論文発表のためのデータを取得した。
In Silicoの再解析については、申請時には得られていなかったデータセットと判定手法を加味して統合解析をおこなった。上述の申請者の発表論文より、ヒトＥＳ細胞において510の転写因子を誘導した2135のトランスクリプトームデータセットを抽出し、139の転写因子を誘導したマウスＥＳ細胞のデータセット、申請時におこなったマウスＧＮＦデータセットおよびIllumina社BodyMapデータセットを準備した。以前は、各データセットで発現強度の平均値が高いものをランク付けしていたのみであったが、更新した各データセットでは、中央値を重視してランク付けし、最大値および最小値の差をランク付けと加算する改変を施した。改変したデータテーブルの、上位30ランクの遺伝子には、ACTBおよび申請者が解析した８遺伝子を含むため、有意に改善されたデータテーブルと考えられた。今後、これらのデータを基に、前年度までに解析できなかった遺伝子について、同様の解析を進める必要があると考えられる。
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| Remarks |
慶應義塾大学によるプレス発表あり（リンク切れ）
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