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2019 Fiscal Year Research-status Report

Integrated analysis of the bacterial divisome using multiple probes

Research Project

Project/Area Number 18K06094
Research InstitutionRitsumeikan University

Principal Investigator

松村 浩由  立命館大学, 生命科学部, 教授 (30324809)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 吉澤 拓也  立命館大学, 生命科学部, 助教 (50779056)
田中 俊一  京都府立大学, 生命環境科学研究科, 准教授 (70591387)
Project Period (FY) 2018-04-01 – 2021-03-31
Keywords細胞分裂タンパク質 / 阻害剤開発 / 蛍光プローブ開発
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、(i)マルチプローブによるDivisome複合体による膜陥入モデルの構築、(ii)マルチプローブを用いた抗MRSA薬の開発基盤の構築を行った。
(i)については、高速AFMの観察条件を最適化することで、FtsZの離合集散過程の観察を行うことができ、分子レベルでの動的挙動とフィラメント形成に与える影響を詳細に調べ、解析することができた。さらに、阻害剤の結合構造から蛍光プローブBOFPを設計・開発し、SaFtsZ-BOFP複合体のX線結晶構造解析、ならびに阻害剤の親和性評価を行った(Sci. Rep. 9, 20092, 2019)。今後このFtsZ特異的蛍光プローブを用いることによって更なる解析を行う予定である。
(ii)については、マルチプローブを用いた抗MRSA薬の開発基盤の構築を行った。抗菌薬開発については、これまでブドウ球菌MRSAの細胞分裂タンパク質FtsZに結合する抗菌薬を開発したが(ACS Chem. Biol., 12, 1947, 2017)、さらにその阻害剤に改良を加えた新たな阻害剤を共同で開発することができ、その阻害剤とFtsZとの複合体構造をX線結晶解析法によって決定することができた。さらに、FtsZ阻害薬が効かないとされてきた肺炎桿菌や病原性大腸菌に対する阻害活性を測定したところ、肺炎桿菌や病原性大腸菌に対しても効果があることが分かった。これまで、肺炎桿菌由来FtsZ(KpFtsZ)と大腸菌由来FtsZ(EcFtsZ)については、構造解析の報告がなかったため、今回、発現系から構造解析までを行い、論文として発表した(Acta Cryst. F 76, 86-93, 2020)。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

(i)マルチプローブによるDivisome複合体による膜陥入モデルの構築、(ii)マルチプローブを用いた抗MRSA薬の開発基盤の構築、それぞれにおいて進展が見られ、おおむね順調に進展していると考えている。理由を以下に述べる。
(i)については、高速AFMを用いた詳細な解析を行うことができた。さらに、新たに阻害剤の結合構造から蛍光プローブBOFPを設計・開発し、SaFtsZ-BOFP複合体のX線結晶構造解析、ならびに阻害剤の親和性評価を行うことができたため(Sci. Rep. 9, 20092, 2019)、今後この蛍光プローブを用いることによって更なる解析が可能となった。
また、(ii)についても、新たな阻害剤の結合構造をX線結晶解析法によって決定することができた。また、その作用機序の理解を新たに展開させて、肺炎桿菌や病原性大腸菌に対しても阻害剤が効果を示すことが明らかとなった。そこでこれまで、構造解析の報告がなかった肺炎桿菌由来FtsZ(KpFtsZ)と大腸菌由来FtsZ(EcFtsZ)について、発現系から構造解析までを行い、その成果を論文として発表することができた(Acta Cryst. F 76, 86-93, 2020)。

Strategy for Future Research Activity

(i)マルチプローブによるDivisome複合体による膜陥入モデルの構築
Divisomeが「どのようにして膜を陥入させる駆動力を発揮するのか?」を解明するためにも更にマルチプローブによる解析を行う。具体的には、新たに開発したFtsZ特異的蛍光プローブを用いた離合集散解析を行う予定である。さらに、Divisomeタンパク質を結合させることによって、FtsZの挙動解析を行い、可能であればFtsZ-Divisomeタンパク質複合体のX線結晶解析を行う予定である。
(ii)マルチプローブを用いた抗MRSA薬の開発基盤の構築
新たな阻害剤が、FtsZ阻害薬が効かないとされてきた肺炎桿菌や病原性大腸菌に対しても効果があることが分かったため、肺炎桿菌や病原性大腸菌FtsZと阻害剤との複合体の構造解析を行い、それらの立体構造情報をもとに新たな抗MRSA薬の開発を行う予定である。

  • Research Products

    (18 results)

All 2020 2019

All Journal Article (2 results) Presentation (16 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Crystal structures of the cell-division protein FtsZ from Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli2020

    • Author(s)
      Yoshizawa Takuya、Fujita Junso、Terakado Haruna、Ozawa Mayuki、Kuroda Natsuko、Tanaka Shun-ichi、Uehara Ryo、Matsumura Hiroyoshi
    • Journal Title

      Acta Crystallographica Section F Structural Biology Communications

      Volume: 76 Pages: 86~93

    • DOI

      10.1107/S2053230X2000076X

  • [Journal Article] Structure-Guided Design of a Fluorescent Probe for the Visualization of FtsZ in Clinically Important Gram-Positive and Gram-Negative Bacterial Pathogens2019

    • Author(s)
      Ferrer-Gonzalez Edgar、Fujita Junso、Yoshizawa Takuya、Nelson Julia M.、Pilch Alyssa J.、Hillman Elani、Ozawa Mayuki、Kuroda Natsuko、Al-Tameemi Hassan M.、Boyd Jeffrey M.、LaVoie Edmond J.、Matsumura Hiroyoshi、Pilch Daniel S.
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 9 Pages: 20092

    • DOI

      10.1038/s41598-019-56557-x

  • [Presentation] 細胞分裂タンパク質FtsZに特異的に結合する蛍光プローブの開発2020

    • Author(s)
      黒田 奈津子、吉澤 拓也、上原 了、藤田 純三、小澤 真由季、寺門 榛名、Daniel S. Pilch、松村浩由
    • Organizer
      日本農芸化学会関西支部例会(第512回)
  • [Presentation] 毒性ポリペプチドによる相分離シャペロン阻害2019

    • Author(s)
      藤原彩乃、上原 武尊、上原 了、吉澤 拓也、松村 浩由
    • Organizer
      第4回LLPS研究会・ASUKA若手交流会2019
  • [Presentation] 光合成関連酵素の構造機能解析2019

    • Author(s)
      松村 浩由
    • Organizer
      新学術領域研究「新光合成」2019年度秋期領域会議
  • [Presentation] 30°Cおよび15°Cで栽培したホウレンソウRubiscoのX線構造解析2019

    • Author(s)
      西川 雄裕、上原 了、吉澤 拓也、松村 浩由
    • Organizer
      新学術領域研究「新光合成」2019年度秋期領域会議
  • [Presentation] 好熱性および常温性シアノバクテリアRubiscoの構造生物学的研究2019

    • Author(s)
      石原 拓弥、上原 了、吉澤 拓也、松村 浩由
    • Organizer
      新学術領域研究「新光合成」2019年度秋期領域会議
  • [Presentation] 炭酸固定酵素PEPCのフィードバック阻害脱感作機構の解明を目指した結晶学的研究2019

    • Author(s)
      堅川 舞陽、上原 了、吉澤 拓也、松村 浩由
    • Organizer
      新学術領域研究「新光合成」2019年度秋期領域会議
  • [Presentation] 植物光合成の高効率化に向けたカルビン回路タンパク質の構造機能解析2019

    • Author(s)
      篠原 航大、上原了、吉澤 拓也、松村 浩由
    • Organizer
      新学術領域研究「新光合成」2019年度秋期領域会議
  • [Presentation] Structural insight into the mechanism of Monobody-mediated alteration of enzyme substrate specificity2019

    • Author(s)
      Riki Iwamoto, Takuya Yoshizawa, Ryo Uehara, Kazufumi Takano, Shohei Koide, Hiroyoshi Matsumura, Shun-ichi Tanaka
    • Organizer
      JSBBA KANSAI 6th Student Forum
  • [Presentation] Structural analyses of the cell division protein FtsZ from E. coli and K. puemoniae2019

    • Author(s)
      Mayuki Ozawa, Haruna Terakado, Natsuko Kuroda, Ryo Uehara, Takuya Yoshizawa, Shun-ichi Tanaka, Hiroyoshi Matsumura
    • Organizer
      JSBBA KANSAI 6th Student Forum
  • [Presentation] Crystal structures of Rubisco purified from spinach grown at 30℃ and 15℃2019

    • Author(s)
      Takahiro Nishikawa, Ryo Uehara, Takuya Yoshizawa, Wataru Yamori, Hiroyoshi Matsumura
    • Organizer
      JSBBA KANSAI 6th Student Forum
  • [Presentation] Toxic poly-diptides target phase separation chaperone2019

    • Author(s)
      Ayano Fujiwara, Takeru Uehara, Ryo Uehara, Takuya Yoshizawa, Hiroyoshi Matumura
    • Organizer
      JSBBA KANSAI 6th Student Forum
  • [Presentation] Function and structure of multiheme-containing selenoprotein2019

    • Author(s)
      Ryuta Tobe, Takuya Yoshizawa, Yukiko Izu, Mst. Ishrat Jahan, Bunta Yoshimura, Hiroyoshi Matsumura, Hisaaki Mihara
    • Organizer
      第8回国際セレン学会
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] X-ray crystallographic analysis of S. aureus FtsZ complexed with inhibitors and a fluorescent probe2019

    • Author(s)
      Mayuki Ozawa, Junso Fujita, Takuya Yoshizawa, Natsuko Kuroda, Haruna Terakado, Ryo Uehara, Edgar Ferrer-Gonzalez, Julia M. Nelson, Alyssa J. Pilch, Elani Hillman, Ajit K. Parhi, Edmond J. LaVoie, Daniel S. Pilch, Hiroyoshi Matsumura
    • Organizer
      International Symposium on Diffraction Structure Biology 2019(ISDSB2019)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Structural insight into the mechanism of Monobody-mediated alteration of enzyme substrate specificity2019

    • Author(s)
      Riki Iwamoto, Takuya Yoshizawa, Ryo Uehara, Kazufumi Takano, Shohei Koide, Hiroyoshi Matsumura, Shun-ichi Tanaka
    • Organizer
      International Symposium on Diffraction Structure Biology 2019(ISDSB2019)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] C4光合成を調節する新規分子の動的構造機能解析2019

    • Author(s)
      松村浩由
    • Organizer
      新学術領域研究「新光合成」2019年度春期領域会議
  • [Presentation] Dynamic structural analysis and drug design of S. aureus FtsZ2019

    • Author(s)
      Hiroyoshi Matsumura, Junso Fujita, Haruna Terakado, Mayuki Ozawa, Nanami Ueda, Shun-ich Tanaka, Takuya Yoshizawa
    • Organizer
      日本細菌学会
    • Invited

URL: 

Published: 2021-01-27  

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