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2020 Fiscal Year Research-status Report

Biochemical study of maintenance DNA methylation regulated by histone modification(s)

Research Project

Project/Area Number 18K06095
Research InstitutionNakamura Gakuen College

Principal Investigator

末武 勲  中村学園大学, 栄養科学部, 教授 (80304054)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 茶谷 絵理  神戸大学, 理学研究科, 准教授 (00432493)
Project Period (FY) 2018-04-01 – 2022-03-31
KeywordsHP1 / ヒストン修飾 / DNAメチル化 / Dnmt1
Outline of Annual Research Achievements

本研究計画では「ヒストン修飾によるDNAメチル化維持活性促進機構の生化学的研究とその機能評価」という課題名をたて、研究を進行している。DNAメチル化は、生体にとって遺伝子発現制御という点で、非常に重要な機構であることは、広く知られていることとなっている。DNA複製・修復の過程で、DNA上のメチル化状態を維持する酵素であるDnmt1は、ヘテロクロマチンタンパク質(HP1)を介して、ヒストンメチル化修飾とも関連があるとの報告がある。

本年度は、Dnmt1の機能制御をさらに深く理解するために、HP1の分子運動性について、研究を進めてきた。具体的には、HP1分子の特定のアミノ酸に電子スピンを導入し、そのスピンを電子スピン共鳴装置(ESR)や電子-電子二重共鳴法(DEER)にて測定することにより分子の運動性やドメイン間の距離等を測定した。その結果、これまでHP1は2量体形成することが知られて、そのインターフェースであるドメイン(クロモシャドウドメイン(CSD))の2量体は結晶化されていた。今回のDEER測定の結果から、近傍に他のドメインが存在しても、その2量体はほとんど揺らがなく、安定な構造であることがわかった。さらに、溶液中でも、結晶構造とほぼ同じ分子配置をしていることが予想された。また、CSDのN末端側に存在する領域は、これまでNMR等で構造をとっていないと言われてきたHRが、CSDの運動性を優位に拘束することも分かった。つまり、HP1分子の運動性を追うことで、HP1分子のダイナミックな特性に新知見を集めることができており、今後エピジェネティクスをダイナミックに理解する手がかりを得たと考えている。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

これまでに、Dnmt1 の制御機構を考える上で、他因子が関与する事、またヒストン修飾が関与することが知られていた。しかし、それらは静的な分子間相互作用を基盤に理解されており、それがどのような動態で制御されいるかについては、手が付けられていなかった。私は、まず、ヒストンメチル化修飾を認識するHP1が、どのような分子の動きをしているかについて調べようと考え、HP1に電子スピンを導入し、その挙動を調べる系を立ち上げ、HP1分子において新特性を見出すことができている。
今後、さらに系を複雑にできれば、ダイナミックなエピジェネティクス制御を理解する第一歩になりうると考え、高い評価をつけたいところであるが、コロナの影響で研究への時間がなくなり、その進行が停滞したので、上記自己評価とした。

Strategy for Future Research Activity

今後は、まず、HP1分子の運動性について明らかにした点について、論文にまとめるのを最優先とする。現在、さらにHP1の新たな分子特性も見出しているので、今後は、その実験を進め、報告することを目標とする。 また、DNAメチル化とも関連づけた方向にも展開したいと考えている

Causes of Carryover

2020年は、コロナの影響を受け、予定より研究の遅れが出たためです。

  • Research Products

    (13 results)

All 2021 2020

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 1 results) Book (2 results)

  • [Journal Article] Chemical synthesis of palmitoylated histone H42020

    • Author(s)
      Hojo Hironobu、Suetake Isao
    • Journal Title

      Arkivoc

      Volume: 2021 Pages: 186~197

    • DOI

      10.24820/ark.5550190.p011.361

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Synaptic control of DNA methylation involves activity-dependent degradation of DNMT3A1 in the nucleus2020

    • Author(s)
      Bayraktar Gonca、Yuanxiang PingAn、Confettura Alessandro D.、Gomes Guilherme M.、Raza Syed A.、Stork Oliver、Tajima Shoji、Suetake Isao、Karpova Anna、Yildirim Ferah、Kreutz Michael R.
    • Journal Title

      Neuropsychopharmacology

      Volume: 45 Pages: 2120~2130

    • DOI

      10.1038/s41386-020-0780-2

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Epigenetic Protection of Vertebrate Lymphoid Progenitor Cells by Dnmt12020

    • Author(s)
      Iwanami Norimasa、Takeshita Kohei、Lawir Divine-Fondzenyuy、Suetake Isao、Tajima Shoji、Sikora Katarzyna、Trancoso In?s、?Meara Connor、Siamishi Iliana、Takahama Yousuke、Furutani-Seiki Makoto、Kondoh Hisato、Yonezawa Yasushige、Schorpp Michael、Boehm Thomas
    • Journal Title

      iScience

      Volume: 23 Pages: 101260~101260

    • DOI

      10.1016/j.isci.2020.101260

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Protective effects of nicotinamide mononucleotide against oxidative stress-induced PC12 cell death via mitochondrial enhancement2020

    • Author(s)
      Ito Shogo、Gotow Takahiro、Suetake Isao、Nagai Kaoru
    • Journal Title

      PharmaNutrition

      Volume: 11 Pages: 100175~100175

    • DOI

      10.1016/j.phanu.2019.100175

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 化学修飾認識タンパク質(HP1)の分子ダイナミクス2021

    • Author(s)
      末武勲
    • Organizer
      阪大 蛋白研セミナー「多角的な視点によるタンパク質修飾の機能解明」
    • Invited
  • [Presentation] パルミトイル化されたヒストンH4の化学合成および機能解析2021

    • Author(s)
      中谷 文香、末武 勲、北條 裕信
    • Organizer
      日本農芸化学会
  • [Presentation] Synthesis and functional study of histone proteins2020

    • Author(s)
      Toru Kawakami, Yuichi Mishima, Isao Suetake, Hironobu Hojo
    • Organizer
      The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2020
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] スピンラベルESRによるヘテロクロマチンタンパク質HP1の天然変性構造の動的研究:ヒンジDNA結合とN末端リン酸化2020

    • Author(s)
      荒田敏昭,佐藤和信,平居永名,武藤梨沙,三島優一,工位武治,川上徹,北條裕信,藤原敏道、宮田真人,末武勲
    • Organizer
      電子スピンサイエンス学会
  • [Presentation] Synthesis of Ubiquitinated Histone H3 and Its Effect on DNA Methyltransferase 12020

    • Author(s)
      Toru Kawakami, Yuichi Mishima, Masaya Takazawa, Hironobu Hojo, Isao Suetake
    • Organizer
      36th European and 12th International Peptide Symposium,
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] スピンラベルESRによるヘテロクロマチンタンパク質HP1の天然変性構造の動的研究:ヒンジDNA結合とN末 端リン酸化2020

    • Author(s)
      荒田敏昭、佐藤和信、平井永名、武藤梨沙、三島優一、工位武治、川上徹、北條裕信、藤原敏通、宮田真人、末武勲
    • Organizer
      第93回 日本生化学会大会
  • [Presentation] スピンラベルESRによるヘテロクロマチンタンパク質HP1の天然変性構造の動的研究:ヒンジDNA結合とN末端リン酸化の影響2020

    • Author(s)
      荒田敏昭、佐藤和信、平井永名、武藤梨沙、三島優一、工位武治、川上徹、北條裕信、藤原敏通、宮田真人、末武勲
    • Organizer
      第43回 日本分子生物学会
  • [Book] 腸内細菌由来の短鎖脂肪酸による生体調節機能2021

    • Author(s)
      田辺賢一、末武勲
    • Total Pages
      6
    • Publisher
      中村大学薬膳科学研究所 研究紀要 第13号
  • [Book] ガスバイオロジー -食物繊維と腸内細菌と水素ガス-2021

    • Author(s)
      末武勲,田辺賢一
    • Total Pages
      7
    • Publisher
      中村大学薬膳科学研究所 研究紀要 第13号

URL: 

Published: 2021-12-27  

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