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2020 Fiscal Year Annual Research Report

Structural study on the function of chloride ion in photosystem II

Research Project

Project/Area Number 18K06158
Research InstitutionJichi Medical University

Principal Investigator

梅名 泰史  自治医科大学, 医学部, ポスト・ドクター (10468267)

Project Period (FY) 2018-04-01 – 2021-03-31
Keywords光合成 / 結晶構造 / プロトン排出機構
Outline of Annual Research Achievements

光化学系II蛋白質(PSII)の水分解反応に必須の塩素イオンの役割を解明するため、分子陰イオンに置換したPSII結晶の構造解析を行った。分子陰イオンとしてアジ化物イオン、硝酸イオン、亜硝酸イオン、酢酸イオン、4つの置換体の構造解析に成功した。それぞれ、塩素イオンから分子陰イオンに置き換わっていることを、塩素イオン由来の異常分散項差マップの消失、およびそれぞれの分子陰イオンの形状の電子密度マップを確認した。
分子陰イオンへの置換によって、塩素イオンに配位していたLys317残基が大きくフリップする構造変化を発見した。このLys残基の構造変化により、Asp61残基とLys317残基との塩橋構造が開裂していた。その結果、Asp61残基に結合していた水分子が消失しており、水分解反応中心Mn4Caクラスターから、PSIIの外へと通じる水素結合ネットワークが失わていた。これまで、塩素イオンの役割はプロトン排出機構と考えられていたことから、塩素イオンは水素結合ネットワークを保持しているLys残基とAsp残基との相互関係を維持するために、電荷状態を絶妙に支えていると考察した。
PSIIには2つ目の塩素イオン結合部位がMn4Caクラスターの近傍に存在している。この部位も分子陰イオンに置き換わっていたが、置換後には水分子も含めて大きな構造変化が起こっていなかった。塩素イオンを再補充すると活性が復活する原因は、塩素イオンによって繋ぎ止められている、D1サブユニットとCP43サブユニットからのMn4Caクラスターへの配位子が維持されているためと考察した。
これらの結果から、PSIIにおける塩素イオンの役割は、プロトン排出機構の経路となる水素結合ネットワークを維持しているLys残基とAsp残基の構造を維持し、また、活性中心Mn4Caクラスターの配位子構造を維持しているということがわかった。

  • Research Products

    (5 results)

All 2021 2020

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 4 results)

  • [Journal Article] Capturing structural changes of the S1 to S2 transition of photosystem II using time-resolved serial femtosecond crystallography2021

    • Author(s)
      Li H、Nakajima Y、Nomura T、Sugahara M、Yonekura S、Chan S-K、Nakane T、Yamane T、Umena Y、Suzuki M、Masuda T、Motomura T、Naitow H、Matsuura Y、Kimura T、Tono K、Owada S、Joti Y、Tanaka R、Nango E、Akita F、Kubo M、Iwata S、Shen J-R、Suga M
    • Journal Title

      IUCrJ

      Volume: 8 Pages: 431-443

    • DOI

      10.1107/S2052252521002177

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Time-Resolved X-ray Crystallography Using Synchrotron Radiation2021

    • Author(s)
      SATO-TOMITA Ayana、UMENA Yasufumi、ICHIYANAGI Kouhei、FUKAYA Ryo、HIKTA Masahide、MATSUGAKI Naohiro、MUTAI Toshiki
    • Journal Title

      Nihon Kessho Gakkaishi

      Volume: 63 Pages: 24~30

  • [Journal Article] Role of the Propionic Acid Side-Chain of C-Phycocyanin Chromophores in the Excited States for the Photosynthesis Process2020

    • Author(s)
      Mishima Kenji、Shoji Mitsuo、Umena Yasufumi、Boero Mauro、Shigeta Yasuteru
    • Journal Title

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      Volume: 93 Pages: 1509~1519

    • DOI

      10.1246/bcsj.20200187

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Formation of the High-Spin S2 State Related to the Extrinsic Proteins in the Oxygen Evolving Complex of Photosystem II2020

    • Author(s)
      Taguchi Shota、Shen Liangliang、Han Guangye、Umena Yasufumi、Shen Jian-Ren、Noguchi Takumi、Mino Hiroyuki
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      Volume: 11 Pages: 8908~8913

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.0c02411

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] X-ray fluorescence holography for soft matter2020

    • Author(s)
      Ang Artoni Kevin R.、Sato-Tomita Ayana、Shibayama Naoya、Umena Yasufumi、Happo Naohisa、Marumi Riho、Kimura Koji、Matsushita Tomohiro、Akagi Kazuto、Sasaki Takahiko、Sasaki Yuji C.、Hayashi Kouichi
    • Journal Title

      Japanese Journal of Applied Physics

      Volume: 59 Pages: 010505~010505

    • DOI

      10.7567/1347-4065/ab5d55

    • Peer Reviewed

URL: 

Published: 2021-12-27  

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