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2019 Fiscal Year Annual Research Report

Structural and Functional Study of Binary Toxin Translocon by Cryo-EM and X-ray Crystallography

Research Project

Project/Area Number 18K06170
Research InstitutionKyoto Sangyo University

Principal Investigator

津下 英明  京都産業大学, 生命科学部, 教授 (40299342)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 吉田 徹  京都産業大学, 総合生命科学部, 研究員 (30724546)
Project Period (FY) 2018-04-01 – 2020-03-31
Keywordsウェルシュ菌 / イオタ毒素 / 二成分毒素 / タンパク質膜透過 / 膜結合 / アンフォールド / ADPリボシル化 / クライオ電子顕微鏡
Outline of Annual Research Achievements

ウェルシュ菌の産生するイオタ毒素は標的細胞の細胞骨格を形成するアクチンをADPリボシル化することで細胞の障害を起こす。イオタは二成分毒素でありADPリボシル化する酵素成分のIaと、Iaを膜を介して細胞内に透過させるIbからなる。Ibは標的細胞膜上で中央に孔を持つ可溶性オリゴマー(プレ膜孔)を形成しIaがこれに結合する。この複合体はエンドソームに取り込まれ、pHの低下によってIbオリゴマーは膜貫通型のβバレルを持つ膜孔に構造変化し(Ib膜孔)、Iaがこの膜孔を通過すると考えられている。
一方、炭疽菌は似た二成分毒素を持ち、特にIbに似たタンパク質透過装置であるPAと、Iaとは異なる機能と構造の酵素成分LF/EFからなる。2015年には単粒子解析によってPA膜孔の構造が解かれたが、酵素成分が通過すると考えられる中央の膜孔に直径6オングストロームしかない部分(φクランプ)があることが明らかにされた。この直径はタンパク質の二次構造よりも小さいことから、これまで透過の詳細なメカニズムが明らかにされていなかった。
興味深いのは、2つの二成分毒素は、似た構造の膜結合成分を用いて、構造も機能も異なる酵素成分を膜透過させることである。我々はクライオ電子顕微鏡を用いた単粒子構造解析によってIb膜孔とイオタ複合体(Iaが結合したIb膜孔)の高分解能における構造解析に成功した。さらにイオタ複合体は膜貫通するステムが短いものと長いものでそれぞれ2.8および2.9オングストロームの2つの状態での解析を行い、いかに膜結合のためのステムが形成されるかを明らかにした。これらの構造から、特異的なIaのIb膜孔への結合とこの結合によってIaN末端がほどかれる様子を明らかにした。高分解能の複合体解析により、IaのN末端がほどけ、Iaが狭いφクランプ(Ib膜孔)を透過する直前の様子を明らかにした。

Remarks

京都産業大学、大阪大学、筑波大学共同でプレス発表を行う。1,2、3
Nature Microbiolgy のcommunity blogへの招待をされ、記事を書いた。4

  • Research Products

    (10 results)

All 2020 2019 Other

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 1 results) Remarks (4 results)

  • [Journal Article] Cryo-EM structures reveal translocational unfolding in the clostridial binary iota toxin complex2020

    • Author(s)
      Yamada Tomohito、Yoshida Toru、Kawamoto Akihiro、Mitsuoka Kaoru、Iwasaki Kenji、Tsuge Hideaki
    • Journal Title

      Nature Structural & Molecular Biology

      Volume: 27 Pages: 288~296

    • DOI

      10.1038/s41594-020-0388-6

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Cryo-EM structure of clostridial binary toxin translocon Ib-pore2019

    • Author(s)
      Yamada T, Yoshida T, Kawamoto A, Mitsuoka K, Iwasaki K, and Tsuge H
    • Organizer
      European Workshops on Bacterial Protein Toxins - ETOX19
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Diarrheagenic activity of each component of CPILE as a new enterotoxin produced by Clostridium perfringens isolated from foodborne outbreaks2019

    • Author(s)
      Monma C, Saiki D, Shimojima Y, Suzuki J, Sadamasu K, Yamada T, Tsuge H, Kamata Y
    • Organizer
      CLOSPATH 11
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ウェルシュ菌2成分毒素 膜孔複合体の単粒子解析2019

    • Author(s)
      山田等仁、津下英明
    • Organizer
      生理研研究会 クライオ電子顕微鏡によるタンパク質の高分解能単粒子構造解析~みんなのクライオ電顕~
    • Invited
  • [Presentation] タンパク質膜透過チャネルの単粒子構造解析2019

    • Author(s)
      津下英明
    • Organizer
      第453回ビタミンB 研究協議会
  • [Presentation] Cryo-EM structure of clostridial binary toxin translocation channel Ib-pore2019

    • Author(s)
      山田等仁、吉田徹、川本暁大、光岡薫、岩崎憲司、津下英明
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会
  • [Remarks] クライオ電子顕微鏡により明らかにした細菌毒素タンパク質の膜透過機構

    • URL

      https://www.kyoto-su.ac.jp/news/20200303_400a_thnews.html

  • [Remarks] Press Release:クライオ電子顕微鏡により明らかにした細菌毒素タンパク質の膜透過機構

    • URL

      http://www.protein.osaka-u.ac.jp/mibunrui/press-release20200310_cryo

  • [Remarks] 細菌毒素タンパク質の膜透過機構の一端を解明

    • URL

      http://www.tsukuba.ac.jp/attention-research/p202003101400.html

  • [Remarks] Posing just before protein translocation

    • URL

      https://naturemicrobiologycommunity.nature.com/users/352568-hideaki-tsuge/posts/61288-posing-just-before-protein-translocation-in-bacterial-binary-toxin

URL: 

Published: 2021-01-27  

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