2019 Fiscal Year Research-status Report
in vitro enChIP法を利用した細胞系列特異的な染色体三次元構造の解明
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18K06176
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| Research Institution | Hirosaki University |
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Principal Investigator |
藤田 敏次 弘前大学, 医学研究科, 准教授 (10550030)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| Keywords | in vitro enChIP / enChIP / ChIP / locus-specific ChIP / CRISPR |
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| Outline of Annual Research Achievements |
染色体三次元構造の動的変化の理解には、解析対象とするゲノム領域と相互作用しているゲノム領域を網羅的に同定することが重要である。申請者らは、細胞から標的とするゲノム領域を特異的に単離する方法としてin vitro enChIP法を開発した。本方法に次世代シーケンス解析（NGS解析）を組み合わせることで、標的とするゲノム領域と相互作用しているゲノム領域を網羅的に同定することが可能である。
本研究では、in vitro enChIP法とNGS解析を組み合わせたin vitro enChIP-Seq法の最適化を通して、本技術を汎用的なゲノム領域間相互作用解析技術として確立する。さらに、細胞系列特異的な染色体三次元構造の解明を目的として、抗体産生B細胞の分化制御因子であるPax5をコードするPax5遺伝子と相互作用しているゲノム領域を網羅的に同定する。本研究では、B細胞特異的な染色体構造の解明に迫るとともに、ゲノム領域間相互作用の視点から、B細胞分化制御機構について解析する。
本年度は、in vitro enChIP-Seq法を行うことで、ヒトB細胞において共通して当該プロモーター領域と相互作用するゲノム領域を網羅的に同定した。次に、マウスB細胞およびヒトB細胞を用いたin vitro enChIP-Seq解析において、共通して検出されたゲノム領域を同定した。さらに、同定ゲノム領域をゲノム編集によって欠損させ、当該プロモーターからの遺伝子発現の影響を解析することで、同定ゲノム領域のゲノム機能を評価している。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
交付申請記載の研究計画に沿って、CRISPR系を利用したin vitro enChIP法によって、Pax5遺伝子プロモーター領域と相互作用するゲノム領域の網羅的同定ができた。現在、ヒトB細胞株を利用して、同定したゲノム領域をゲノム編集によって欠損させる実験を進めている。
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| Strategy for Future Research Activity |
ゲノム編集を利用した欠損実験による同定ゲノム領域のゲノム機能を評価に加え、エンハンサー領域などに濃縮されることが報告されているヒストン修飾に対するChIP（ChIP-Seq）解析などを行うことで、Pax5遺伝子プロモーター領域と相互作用しているゲノム領域について、エピジェネティックな評価も加える。
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| Causes of Carryover |
少額であり、試薬等の購入が難しいため、翌年度分と合わせて使用。
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